Pipeline OligoY para desenho de sondas oligopaint do cromossomo Y incluindo sequências repetitivas

• Autor(a) principal: Almeida, Isabela Pimentel de
• Data de Publicação: 2022
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-11032022-185158/
• topic: Bioinformática; Bioinformatics; Citogenética; Cytogenetics; FISH; FISH; heterochromatin; Heterocromatina

Um dos principais obstáculos em estudos com o cromossomo Y está relacionado ao estado heterocromático e altamente repetitivo desta estrutura, levando a dificuldades de montagem de scaffolds e contigs e, assim, na falta de sequências finais montadas para o mesmo. O cromossomo Y de Drosophila melanogaster, organismo modelo utilizado nessa pesquisa, tem tamanho estimado em 41 Mb de sequências ricas em repetições, mas apenas 10% das mesmas estão montadas na versão mais recente do genoma. Em contrapartida, o protocolo para desenho de sondas utilizadas em experimentos de marcação fluorescente de cromossomo completo (FISH Oligopaint) não inclui sequências repetitivas para evitar hibridização fora da região alvo. Por esse motivo, existem atualmente menos de 1500 sondas oligopaint para este cromossomo Y modelo, quantidade esta ao menos dez vezes menor quando comparada com a de outros cromossomos da mesma espécie. Além disso, essa quantidade é insuficiente para realizar ensaios de FISH Oligopaint com eficiência. O objetivo principal desta pesquisa é desenvolver uma pipeline que permita desenhar sondas oligopaint para o cromossomo Y de qualquer espécie de interesse. A pipeline final inclui a utilização de ferramentas livres e existentes em Bioinformática, identificação de sequências exclusivas do cromossomo de interesse, garante ao usuário a autonomia para escolha de parâmetros e efetivamente usa sequências repetitivas exclusivas do cromossomo alvo para desenhar sondas, maximizando assim a eficiência geral dos experimentos de citogenética. Após extensos testes e validações in silico e in situ, foi constatado que a aplicação da pipeline desenvolvida, OligoY, permite marcar o cromossomo Y sem gerar sinal fora do alvo, apesar da utilização de sequências repetitivas para desenho das sondas oligopaint.