Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Araujo, Thaís Fenz
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-13022020-110430/
Resumo: A rotina de exames para o diagnóstico de infertilidade masculina não sofreu alterações nos últimos vinte anos e os atuais testes genéticos disponíveis são capazes de determinar a etiologia de apenas 4% dos pacientes inférteis não selecionados, portanto, para criar novos testes diagnósticos é necessária a melhor compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos da infertilidade masculina. Embora o sequenciamente de nova geração tenha permitido a análise simultânea de centenas de genes, poucos genes candidatos possuem evidência suficiente para serem definitivamente associados à infertilidade masculina. Esse trabalho teve como objetivo realizar o sequenciamento completo do exoma de 16 pacientes brasileiros portadores de azoospermia não obstrutiva e analisar um conjunto de genes previamente associados à infertilidade masculina, em busca de variantes causais. Foram selecionados 37 genes associados aos fenótipos apresentandos de azoospermia não obstrutiva, aplasia de células germinativas e parada de maturação de células germinativas. As variantes encontradas foram confirmadas pelo sequenciamento direto de Sanger e a sua patogenicidade foi prevista por programas de análise in silico. A seleção racional de genes permitiu a detecção de variantes raras e potencialmente patogênicas em seis pacientes. Duas variantes, c.671A> G em DMRT1 e c.91C> T no gene REC8, foram previamente descritas em pacientes azoospérmicos. Também encontramos novas variantes em genes com evidência moderada de associação a defeitos na espermatogênese (TEX15, KLHL10); em genes com evidência limitada (DNMT3B, TEX14) e em um gene ainda sem evidência de associação à infertilidade (SYCE1L). Adicionalmente este trabalho visou estabelecer um protocolo para realização do estudo funcional de variantes identificadas nos genes NR5A1 e DMRT1. Demonstramos que o ensaio da luciferase, tal como descrito para o gene NR5A1, pode ser aplicado para análise do gene DMRT1 humano, apesar de ainda não ser possível tirar conclusões sobre o efeito das variantes selecionados sobre a expressão dos genes analisados.
id USP_63f08d303ed529efd37317d6775db120
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-13022020-110430
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutivaAnalysis of candidate genes related to infertility in patients with nonobstructive azoospermiaAzoospermia não obstrutivaCandidate genesEnsaio da luciferaseGenes candidatosLuciferase assayNon-obstructive azoospermiaSequenciamento completo do exomaWhole exome sequencingA rotina de exames para o diagnóstico de infertilidade masculina não sofreu alterações nos últimos vinte anos e os atuais testes genéticos disponíveis são capazes de determinar a etiologia de apenas 4% dos pacientes inférteis não selecionados, portanto, para criar novos testes diagnósticos é necessária a melhor compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos da infertilidade masculina. Embora o sequenciamente de nova geração tenha permitido a análise simultânea de centenas de genes, poucos genes candidatos possuem evidência suficiente para serem definitivamente associados à infertilidade masculina. Esse trabalho teve como objetivo realizar o sequenciamento completo do exoma de 16 pacientes brasileiros portadores de azoospermia não obstrutiva e analisar um conjunto de genes previamente associados à infertilidade masculina, em busca de variantes causais. Foram selecionados 37 genes associados aos fenótipos apresentandos de azoospermia não obstrutiva, aplasia de células germinativas e parada de maturação de células germinativas. As variantes encontradas foram confirmadas pelo sequenciamento direto de Sanger e a sua patogenicidade foi prevista por programas de análise in silico. A seleção racional de genes permitiu a detecção de variantes raras e potencialmente patogênicas em seis pacientes. Duas variantes, c.671A> G em DMRT1 e c.91C> T no gene REC8, foram previamente descritas em pacientes azoospérmicos. Também encontramos novas variantes em genes com evidência moderada de associação a defeitos na espermatogênese (TEX15, KLHL10); em genes com evidência limitada (DNMT3B, TEX14) e em um gene ainda sem evidência de associação à infertilidade (SYCE1L). Adicionalmente este trabalho visou estabelecer um protocolo para realização do estudo funcional de variantes identificadas nos genes NR5A1 e DMRT1. Demonstramos que o ensaio da luciferase, tal como descrito para o gene NR5A1, pode ser aplicado para análise do gene DMRT1 humano, apesar de ainda não ser possível tirar conclusões sobre o efeito das variantes selecionados sobre a expressão dos genes analisados.Understanding molecular and genetic mechanisms of male infertility is urgent, in order to create new diagnostic assays, once the routine diagnostic work-up have not changed over the last twenty years and the current available genetic tests are able to determine the etiology of only 4% of unselected infertile patients. The aim of this study was to perform the whole exome sequencing of 16 Brazilian patients with non-obstructive azoospermia searching for causal variants in a set of genes previously associated with male infertility. We selected 37 genes associated with non-obstructive azoospermia, germ cell aplasia and maturation arrest of germ cells. The variants we found were confirmed by Sanger sequencing and their pathogenicity was predicted by in silico programs. The rational selection of genes allowed the detection of rare and potentially pathogenic variants is six patients. Two variants, c.671A> G in DMRT1 and c.91C> T in the REC8 gene, were previously described in azoospermic patients. We also found new variants in genes with moderate evidence of association with defects in spermatogenesis (TEX15, KLHL10); in genes with limited evidence (DNMT3B, TEX14) and in a gene without evidence so far (SYCE1L). In addition, this work aimed to establish a protocol to perform the functional study of variants identified in the NR5A1 and DMRT1 genes. We demonstrated that the luciferase assay, as it is described for the NR5A1 gene, can be applied for analysis of the human DMRT1 gene, although it was not possible to draw conclusions about the effect of the selected variants on the expression of the genes analysed.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSimões, Aguinaldo LuizAraujo, Thaís Fenz2019-09-13info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-13022020-110430/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2020-04-28T17:50:02Zoai:teses.usp.br:tde-13022020-110430Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212020-04-28T17:50:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
Analysis of candidate genes related to infertility in patients with nonobstructive azoospermia
title Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
spellingShingle Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
Araujo, Thaís Fenz
Azoospermia não obstrutiva
Candidate genes
Ensaio da luciferase
Genes candidatos
Luciferase assay
Non-obstructive azoospermia
Sequenciamento completo do exoma
Whole exome sequencing
title_short Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
title_full Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
title_fullStr Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
title_full_unstemmed Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
title_sort Análise de genes candidatos associados à infertilidade em pacientes portadores de azoospermia não obstrutiva
author Araujo, Thaís Fenz
author_facet Araujo, Thaís Fenz
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Simões, Aguinaldo Luiz
dc.contributor.author.fl_str_mv Araujo, Thaís Fenz
dc.subject.por.fl_str_mv Azoospermia não obstrutiva
Candidate genes
Ensaio da luciferase
Genes candidatos
Luciferase assay
Non-obstructive azoospermia
Sequenciamento completo do exoma
Whole exome sequencing
topic Azoospermia não obstrutiva
Candidate genes
Ensaio da luciferase
Genes candidatos
Luciferase assay
Non-obstructive azoospermia
Sequenciamento completo do exoma
Whole exome sequencing
description A rotina de exames para o diagnóstico de infertilidade masculina não sofreu alterações nos últimos vinte anos e os atuais testes genéticos disponíveis são capazes de determinar a etiologia de apenas 4% dos pacientes inférteis não selecionados, portanto, para criar novos testes diagnósticos é necessária a melhor compreensão dos mecanismos moleculares e genéticos da infertilidade masculina. Embora o sequenciamente de nova geração tenha permitido a análise simultânea de centenas de genes, poucos genes candidatos possuem evidência suficiente para serem definitivamente associados à infertilidade masculina. Esse trabalho teve como objetivo realizar o sequenciamento completo do exoma de 16 pacientes brasileiros portadores de azoospermia não obstrutiva e analisar um conjunto de genes previamente associados à infertilidade masculina, em busca de variantes causais. Foram selecionados 37 genes associados aos fenótipos apresentandos de azoospermia não obstrutiva, aplasia de células germinativas e parada de maturação de células germinativas. As variantes encontradas foram confirmadas pelo sequenciamento direto de Sanger e a sua patogenicidade foi prevista por programas de análise in silico. A seleção racional de genes permitiu a detecção de variantes raras e potencialmente patogênicas em seis pacientes. Duas variantes, c.671A> G em DMRT1 e c.91C> T no gene REC8, foram previamente descritas em pacientes azoospérmicos. Também encontramos novas variantes em genes com evidência moderada de associação a defeitos na espermatogênese (TEX15, KLHL10); em genes com evidência limitada (DNMT3B, TEX14) e em um gene ainda sem evidência de associação à infertilidade (SYCE1L). Adicionalmente este trabalho visou estabelecer um protocolo para realização do estudo funcional de variantes identificadas nos genes NR5A1 e DMRT1. Demonstramos que o ensaio da luciferase, tal como descrito para o gene NR5A1, pode ser aplicado para análise do gene DMRT1 humano, apesar de ainda não ser possível tirar conclusões sobre o efeito das variantes selecionados sobre a expressão dos genes analisados.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-09-13
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-13022020-110430/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-13022020-110430/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257003192221696