Diversidade genética das regiões regulatórias e codificantes dos genes SLC45A2 e TYR em amostra da população brasileira

• Autor(a) principal: Fracasso, Nádia Carolina de Aguiar
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-31082020-111652/
• topic: Brazilian population; Pigmentação; Pigmentation; População brasileira; SLC45A2; SLC45A2; SNPs; SNPs; TYR; TYR

O gene SLC45A2 codifica a proteína MATP, envolvida na síntese de melanina através do processamento e transporte intracelular da tirosinase e transporte de prótons para o melanossomo. Por sua vez, a tirosinase, codificada pelo gene TYR, catalisa os dois primeiros passos da conversão de tirosina em melanina, além de atuar em uma etapa final da biossíntese de eumelanina. Considerando que polimorfismos nestes genes influenciam a variação de características normais de pigmentação, que somente recentemente mais informações sobre a função do gene SLC45A2 foram descobertas e que diversas questões sobre o envolvimento da tirosinase nos fenótipos normais de pigmentação ainda permanecem sem total compreensão, é necessário o melhor entendimento das interações entre as variantes desses genes de pigmentação e moléculas regulatórias, assim como o conhecimento sobre a diversidade de tais genes em uma população miscigenada como a brasileira. Dessa forma, o presente trabalho teve como objetivo analisar a diversidade genética das regiões, promotora, codificante e 3\'UTR dos genes SLC45A2 e TYR em uma amostra da população brasileira. As regiões regulatórias e codificadoras dos genes SLC45A2 e TYR foram analisadas por sequenciamento de nova geração em uma amostra de 340 indivíduos, estratificados de acordo com a pigmentação dos olhos, cabelos e pele, bem como quanto à presença ou ausência de sardas. Bibliotecas de DNA foram preparadas utilizando o Haloplex Target Enrichment System (Agilent Technologies) e sequenciadas por meio da plataforma MiSeq (Illumina). Os softwares cutadapt, BWA e GATK/VCFx foram utilizados para trimagem dos adaptadores, alinhamento e chamada de variantes, respectivamente. O programa PHASE foi utilizado para a reconstrução dos haplótipos. Um total de 58 variantes foram identificadas no gene SLC45A2. Destas, 28 foram associadas a pelo menos uma das características de pigmentação avaliadas. Embora as regiões não-codificadoras tenham apresentado maior diversidade genética, associações significativas também foram encontradas em regiões exônicas. Dentre estas, destaca-se a associação do alelo rs16891982*G (exon 5, Leu374Phe) com pele clara (p = 9,54 x 10-35, OR = 22,66) e cabelos loiros (p = 1,59 x 10-26, OR = 31,72). Quando observamos os haplótipos inferidos para as regiões codificantes das isoformas 1 e 2 que possuem esse SNP e as associações encontradas, podemos notar que os únicos haplótipos associados com fenótipos de pigmentação claros para ambas isoformas [\"Iso2cds1\": pele clara (p = 3,65 x 10-29, OR = 22,63) e cabelos loiros (p = 6,34 x 10-23, OR = 26,19); \"Iso1cds1\": pele clara (p = 1,08 x 10-24, OR = 17,38) e cabelos loiros (p = 1,94 x 10-22, OR = 22,93)] possuem como diferença em relação a todos os outros haplótipos associados com pigmentação escura o alelo rs16891982*G. Para o gene TYR foram identificadas 42 variantes e 15 se mostraram associadas a algum dos fenótipos de pigmentação avaliados. A maior parte da diversidade desse gene foi encontrada na região intrônica, com ênfase para a associação do genótipo rs1393350*A/A com olhos azuis (p = 0,0253, OR = 13,06) e cabelos castanho-claros (p = 0,0019, OR = 16,07). Ao analisarmos as associações encontradas para os haplótipos inferidos para essa região, podemos notar que os haplótipos \"cds5\" (p = 1,71 x 10-05, OR = 21,26), \"cds7\" (p = 0,0061, OR = 23,70) e \"cds9\" (p = 0,0017, OR = 29,25) estão associados a pele escura e o haplótipo \"cds12\" (p = 0,015, OR = 21,61) a ausência de sardas. Quando nos atentamos a composição desses haplótipos em relação ao SNP rs1393350, podemos perceber que todos os haplótipos possuem o alelo referência (rs1393350*G), o que é consistente com a associação entre o genótipo (rs1393350*A/A) e fenótipos de pigmentação claros. Os resultados aqui encontrados reafirmam a importância desempenhada pelos genes SLC45A2 e TYR na geração da diversidade de fenótipos de pigmentação.