Estudo da poliadenilação alternativa: efeito dos polimorfismos nos elementos em cis no RNA e de transcritos em antissenso

• Autor(a) principal: Ezquina, Suzana Andreoli Marques
• Data de Publicação: 2012
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://teses.usp.br/teses/disponiveis/95/95131/tde-20230725-114611/
• topic: Bioinformática; Expressão gênica; Neoplasias; Transcrição gênica

A clivagem e a poliadenilação são processos essenciais na formação do mRNA, que têm a função de estabelecer a extremidade 3’ e garantir a estabilidade do mRNA, sua localização no citoplasma e sua tradução. Os elementos presentes na região 3’ não traduzida (3’UTR) dos genes participam na regulação da expressão gênica e da tradução. A estabilidade dos mRNAs é alterada no câncer. Alterações genéticas observadas em diversos tipos de câncer são capazes de desregular o nível de expressão do mRNA mutado. Mais de 7000 genes humanos tem sítios alternativos de poliadenilação e a escolha do sítio depende do tecido no qual o gene é expresso, da fase do ciclo celular ou de fatores externos que influenciam a regulação da expressão gênica. Foram avaliadas as ocorrências relativas dos sinais de poliadenilação nos diversos tipos de transcritos e variantes. Os sinais canônicos AATAAAA e ATT AAA são os mais frequentes, ocorrendo em 46% e 15% respectivamente, no caso dos transcritos de referência humanos, em todos os genes. Dentre os genes com eventos de poliadenilação alternativa, a proporção dos sinais é bastante semelhante, sendo que 20% dos variantes curtos não possui sinal contra 11 % dos variantes longos. O estudo da poliadenilação alternativa deve levar em conta as regiões downstream aos sítios de clivagem, que têm papel importante na ligação da maquinaria de poliadenilação. Para tanto foi criado um score para estimar a força da ligação da proteína CstF à região downstream ao mRNA. Podemos observar que dentre os genes com poliadenilação alternativa, os sinais canônicos são mais afetados por SNPs em variantes curtos que em variantes longos. Neste trabalho analisamos a presença de transcritos mais curtos e mais longos no transcriptoma de células de cultura de câncer de mama HCC1954 e demonstramos também que é possível diferenciar os variantes de poliadenilação através de probes de microarray