Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2007 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
Texto Completo: | http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-16032007-152130/ |
Resumo: | A utilização de metodologias Bayesianas tem se tornado freqüuente nas aplicações em Genética, em particular em mapeamento de QTLs usando marcadores moleculares. Mapear um QTL implica em identificar sua posição no genoma, bem como seus efeitos genéticos. A abordagem Bayesiana combina, através do Teorema de Bayes, a verossimilhança dos dados fenotípicos com distribuições a priori atribuídas a todos os parâmetros desconhecidos (número, localização e efeito do QTL) induzindo distribuições a posteriori a respeito dessas quantidades. Métodos de mapeamento Bayesiano podem tratar o número desconhecido de QTLs como uma variável aleatória, resultando em complicações na obtençãao da amostra aleatória da distribuição conjunta a posteriori, uma vez que a dimensão do espaço do modelo pode variar. O Método MCMC com Saltos Reversíveis (MCMC-SR), proposto por Green(1995), é excelente para explorar distribuições a posteriori nesse contexto. O método proposto foi avaliado usando dados simulados no WinQTLCart, onde o maior objetivo foi avaliar diferentes prioris atribuídas para o número de QTLs. |
id |
USP_a1d9e76ace686046f49463f6466c9842 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:teses.usp.br:tde-16032007-152130 |
network_acronym_str |
USP |
network_name_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository_id_str |
2721 |
spelling |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveisA Bayesian approach to detect quantitative trait loci using reversible-jump MCMCBayesian approachGenética estatísticaGenetics mappingInferência bayesianaMapeamento genéticoMarcador molecularMCMC methodsMétodos MCMCMolecular markersStastical geneticsA utilização de metodologias Bayesianas tem se tornado freqüuente nas aplicações em Genética, em particular em mapeamento de QTLs usando marcadores moleculares. Mapear um QTL implica em identificar sua posição no genoma, bem como seus efeitos genéticos. A abordagem Bayesiana combina, através do Teorema de Bayes, a verossimilhança dos dados fenotípicos com distribuições a priori atribuídas a todos os parâmetros desconhecidos (número, localização e efeito do QTL) induzindo distribuições a posteriori a respeito dessas quantidades. Métodos de mapeamento Bayesiano podem tratar o número desconhecido de QTLs como uma variável aleatória, resultando em complicações na obtençãao da amostra aleatória da distribuição conjunta a posteriori, uma vez que a dimensão do espaço do modelo pode variar. O Método MCMC com Saltos Reversíveis (MCMC-SR), proposto por Green(1995), é excelente para explorar distribuições a posteriori nesse contexto. O método proposto foi avaliado usando dados simulados no WinQTLCart, onde o maior objetivo foi avaliar diferentes prioris atribuídas para o número de QTLs.The use of Bayesian methodology in genetical applications has grown increasingly popular, in particular in the analysis of quantitative trait loci (QTL) for studies using molecular markers. In such analyses the aim is mapping QTLs, estimating their locations in the genome and their genotypic effects. The Bayesian approach proceeds by setting up a likelihood function for the phenotype and assigning prior distributions to all unknowns in the problem (number of QTL, chromosome, locus, genetics effects). These induce a posterior distribution on the unknown quantities that contains all of the available information for inference of the genetic architecture of the trait. Bayesian mapping methods can treat the unknown number of QTL as a random variable, which has several advantages but results in the complication of varying the dimension of the model space. The reversible jump MCMC algorithm offers a powerful and general approach to exploring posterior distributions in this setting. The method was evaluated by analyzing simulated data, where the major goal was evaluate if different priors distributions on the QTL numbers.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPLeandro, Roseli AparecidaSilva, Joseane Padilha da2007-02-07info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-16032007-152130/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:09:50Zoai:teses.usp.br:tde-16032007-152130Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:50Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
dc.title.none.fl_str_mv |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis A Bayesian approach to detect quantitative trait loci using reversible-jump MCMC |
title |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
spellingShingle |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis Silva, Joseane Padilha da Bayesian approach Genética estatística Genetics mapping Inferência bayesiana Mapeamento genético Marcador molecular MCMC methods Métodos MCMC Molecular markers Stastical genetics |
title_short |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
title_full |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
title_fullStr |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
title_full_unstemmed |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
title_sort |
Uma abordagem Bayesiana para o mapeamento de QTLs utilizando o método MCMC com saltos reversíveis |
author |
Silva, Joseane Padilha da |
author_facet |
Silva, Joseane Padilha da |
author_role |
author |
dc.contributor.none.fl_str_mv |
Leandro, Roseli Aparecida |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Silva, Joseane Padilha da |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Bayesian approach Genética estatística Genetics mapping Inferência bayesiana Mapeamento genético Marcador molecular MCMC methods Métodos MCMC Molecular markers Stastical genetics |
topic |
Bayesian approach Genética estatística Genetics mapping Inferência bayesiana Mapeamento genético Marcador molecular MCMC methods Métodos MCMC Molecular markers Stastical genetics |
description |
A utilização de metodologias Bayesianas tem se tornado freqüuente nas aplicações em Genética, em particular em mapeamento de QTLs usando marcadores moleculares. Mapear um QTL implica em identificar sua posição no genoma, bem como seus efeitos genéticos. A abordagem Bayesiana combina, através do Teorema de Bayes, a verossimilhança dos dados fenotípicos com distribuições a priori atribuídas a todos os parâmetros desconhecidos (número, localização e efeito do QTL) induzindo distribuições a posteriori a respeito dessas quantidades. Métodos de mapeamento Bayesiano podem tratar o número desconhecido de QTLs como uma variável aleatória, resultando em complicações na obtençãao da amostra aleatória da distribuição conjunta a posteriori, uma vez que a dimensão do espaço do modelo pode variar. O Método MCMC com Saltos Reversíveis (MCMC-SR), proposto por Green(1995), é excelente para explorar distribuições a posteriori nesse contexto. O método proposto foi avaliado usando dados simulados no WinQTLCart, onde o maior objetivo foi avaliar diferentes prioris atribuídas para o número de QTLs. |
publishDate |
2007 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2007-02-07 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-16032007-152130/ |
url |
http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11134/tde-16032007-152130/ |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.relation.none.fl_str_mv |
|
dc.rights.driver.fl_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. info:eu-repo/semantics/openAccess |
rights_invalid_str_mv |
Liberar o conteúdo para acesso público. |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.coverage.none.fl_str_mv |
|
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
publisher.none.fl_str_mv |
Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP instname:Universidade de São Paulo (USP) instacron:USP |
instname_str |
Universidade de São Paulo (USP) |
instacron_str |
USP |
institution |
USP |
reponame_str |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
collection |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
repository.name.fl_str_mv |
Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP) |
repository.mail.fl_str_mv |
virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br |
_version_ |
1815257014747529216 |