Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Crivellari, Augusto Cesar
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-12092023-112731/
Resumo: Pesquisadores demonstraram que o fungos podem produzir produz pequenos RNAs papel relevante no processo de estabelecimento de uma infecção em seu hospedeiro, suprimindo a expressão de proteínas relevantes ao hospedeiro, sugerindo que não somente proteínas poderiam agir como efetoras no estabelecimento da infecção. O presente trabalho prospectou em 27 genomas de fungos patogênicos de relevância comercial, retrotranposons que serviram de base para passos de busca, por análise de semelhança, de possíveis pequenos RNAs efetores. Também foi averiguado nos genomas de fungos escolhidos a presença de enzima relevantes no processamento de pequenos RNAs como a Argonauta e Dicer. Ficou claro que não há aparente relação na presença e distribuição das enzimas do maquinário de processamento de mirRNAs e as estratégias ecológicas de cada fungos. A análise de semelhança utilizada no alinhamento dos retrotransposons encontrados nos genomas dos fungos e os genomas das plantas hospedeiras de cada fungo, foi capaz de encontrar 210 sequências distintas de pequenos RNAs, os quais apresentaram 109 ocorrências de alinhamentos contra genes relacionado à defesa vegetal. Estas sequências encontradas, a presença de proteínas associadas ao processamento de pequenos RNAs nos fungos estudados e o locus de inserção destes pequenos RNAs no retrotransposons estudados, indicam que a estratégia deste trabalho foi bem- sucedida em encontrar potencias pequenos RNAs, que poderiam apresentar uma função interespecífica. Entretanto, este trabalho se beneficiaria da ampliação do universo amostral para confirmação estatística dos dados apresentados.
id USP_a5af370d25554991e3eded9f9638f64d
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-12092023-112731
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeirossmallRNA bioinformatics to surveil the relationship between pathogenic fungi and its hosts.Fitopathogenic FungiFungos fitopatogênicospequenos RNAs não-codificantesRetrotransposonsRetrotransposonssmall non-coding RNAsPesquisadores demonstraram que o fungos podem produzir produz pequenos RNAs papel relevante no processo de estabelecimento de uma infecção em seu hospedeiro, suprimindo a expressão de proteínas relevantes ao hospedeiro, sugerindo que não somente proteínas poderiam agir como efetoras no estabelecimento da infecção. O presente trabalho prospectou em 27 genomas de fungos patogênicos de relevância comercial, retrotranposons que serviram de base para passos de busca, por análise de semelhança, de possíveis pequenos RNAs efetores. Também foi averiguado nos genomas de fungos escolhidos a presença de enzima relevantes no processamento de pequenos RNAs como a Argonauta e Dicer. Ficou claro que não há aparente relação na presença e distribuição das enzimas do maquinário de processamento de mirRNAs e as estratégias ecológicas de cada fungos. A análise de semelhança utilizada no alinhamento dos retrotransposons encontrados nos genomas dos fungos e os genomas das plantas hospedeiras de cada fungo, foi capaz de encontrar 210 sequências distintas de pequenos RNAs, os quais apresentaram 109 ocorrências de alinhamentos contra genes relacionado à defesa vegetal. Estas sequências encontradas, a presença de proteínas associadas ao processamento de pequenos RNAs nos fungos estudados e o locus de inserção destes pequenos RNAs no retrotransposons estudados, indicam que a estratégia deste trabalho foi bem- sucedida em encontrar potencias pequenos RNAs, que poderiam apresentar uma função interespecífica. Entretanto, este trabalho se beneficiaria da ampliação do universo amostral para confirmação estatística dos dados apresentados.Researchers have demonstrated that fungi can produce small RNAs that are relevant in the process of establishing an infection in their host, suppressing the expression of relevant proteins to the host, suggesting that not only proteins could act as effectors in the establishment of an infection. The present work prospected in 27 genomes of pathogenic fungi of commercial relevance, retrotransposons that served as a basis for search steps, by analysis of similarity, of possible small effector RNAs. It was also verified in the selected fungi genomes the presence of enzymes relevant in the processing of small RNAs such as Argonauta and Dicer. It was clear that there is no apparent relationship in the presence and distribution of the miRNA processing machinery enzymes and the ecological strategies of each fungi. The analysis of similarity used in the alignment of the retrotransposons found in the genomes of the fungi and the genomes of the host plants of each fungus, was able to find 210 distinct sequences of small RNAs, which presented 109 loci related to plant immunity. These sequences, the presence of proteins associated to the processing of small RNAs in the fungi studied and the locus of insertion of these small RNAs in the studied retrotransposons, indicate that the strategy of this work was successful in finding small RNAs, which could present an interspecific function. However, an expanded data set could provide stastistical confidence to the data.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPSluys, Marie Anne vanCrivellari, Augusto Cesar2019-08-16info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-12092023-112731/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPReter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-09-15T14:50:02Zoai:teses.usp.br:tde-12092023-112731Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-09-15T14:50:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
smallRNA bioinformatics to surveil the relationship between pathogenic fungi and its hosts.
title Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
spellingShingle Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
Crivellari, Augusto Cesar
Fitopathogenic Fungi
Fungos fitopatogênicos
pequenos RNAs não-codificantes
Retrotransposons
Retrotransposons
small non-coding RNAs
title_short Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
title_full Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
title_fullStr Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
title_full_unstemmed Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
title_sort Prospecção por Bioinformática de pequenos RNAs na relação de fungos fitopatogênicos e seus hospedeiros
author Crivellari, Augusto Cesar
author_facet Crivellari, Augusto Cesar
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Sluys, Marie Anne van
dc.contributor.author.fl_str_mv Crivellari, Augusto Cesar
dc.subject.por.fl_str_mv Fitopathogenic Fungi
Fungos fitopatogênicos
pequenos RNAs não-codificantes
Retrotransposons
Retrotransposons
small non-coding RNAs
topic Fitopathogenic Fungi
Fungos fitopatogênicos
pequenos RNAs não-codificantes
Retrotransposons
Retrotransposons
small non-coding RNAs
description Pesquisadores demonstraram que o fungos podem produzir produz pequenos RNAs papel relevante no processo de estabelecimento de uma infecção em seu hospedeiro, suprimindo a expressão de proteínas relevantes ao hospedeiro, sugerindo que não somente proteínas poderiam agir como efetoras no estabelecimento da infecção. O presente trabalho prospectou em 27 genomas de fungos patogênicos de relevância comercial, retrotranposons que serviram de base para passos de busca, por análise de semelhança, de possíveis pequenos RNAs efetores. Também foi averiguado nos genomas de fungos escolhidos a presença de enzima relevantes no processamento de pequenos RNAs como a Argonauta e Dicer. Ficou claro que não há aparente relação na presença e distribuição das enzimas do maquinário de processamento de mirRNAs e as estratégias ecológicas de cada fungos. A análise de semelhança utilizada no alinhamento dos retrotransposons encontrados nos genomas dos fungos e os genomas das plantas hospedeiras de cada fungo, foi capaz de encontrar 210 sequências distintas de pequenos RNAs, os quais apresentaram 109 ocorrências de alinhamentos contra genes relacionado à defesa vegetal. Estas sequências encontradas, a presença de proteínas associadas ao processamento de pequenos RNAs nos fungos estudados e o locus de inserção destes pequenos RNAs no retrotransposons estudados, indicam que a estratégia deste trabalho foi bem- sucedida em encontrar potencias pequenos RNAs, que poderiam apresentar uma função interespecífica. Entretanto, este trabalho se beneficiaria da ampliação do universo amostral para confirmação estatística dos dados apresentados.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-08-16
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-12092023-112731/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/87/87131/tde-12092023-112731/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Reter o conteúdo por motivos de patente, publicação e/ou direitos autoriais.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815256993199292416

Registros relacionados