Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ana Carla Medeiros
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://doi.org/10.11606/T.17.2020.tde-11022020-134336
Resumo: SAMHD1 é uma proteína de 626 aminoácidos com um motivo N-terminal SAM e um domínio contendo histidina e ácido aspártico (HD). O domínio SAM é envolvido em interações do tipo proteína-proteína e proteína-DNA/RNA. Proteínas com o domínio HD fazem parte de uma superfamília de fosfohidrolases comumente envolvidas no metabolismo de ácidos nucléicos. SAMHD1 tem a função de diminuir o pool de dNTPs intracelular, e mutações no gene de SAMHD1 está associada a Síndrome de Aicardi-Goutières (AGS). Nesse trabalho, avaliamos a especificidade de anticorpos comerciais anti-SAMHD1 em diferentes linhagens celulares, determinamos sua localização subcelular em resposta ao dano no DNA induzido por camptotecina (CPT) que induz duplas quebras na fita de DNA (DSBs - DoubleStrand Breaks). Por último, investigamos a possibilidade de existência de uma forma alternativa truncada endógena de SAMHD1. Vimos que o anticorpo anti-SAMHD1 monoclonal possui reatividade cruzada com uma proteína de aproximadamente 50 kDa, de função ainda desconhecida, enquanto que o anticorpo policlonal reconhece especificamente uma banda de massa molecular correspondente a SAMHD1. Além disso, identificamos que a hiperexpressão de SAMHD1 produz uma forma truncada SAMHD1(ATG2) sem os 114 primeiros aminoácidos, incluindo o domínio SAM. Esta forma foi produzida graças a um códon de início alternativo localizado a 345 nucleotídeos upstream do ATG1, do gene SAMHD1. Por fim, concluímos que SAMHD1 ativa a resposta ao dano, porém não é recrutada para o foci nuclear, diferente do que foi recentemente publicado na literatura.
id USP_a75c332667f66bf331f8e0eadea95066
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-11022020-134336
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1 Biochemical and subcellular characterization of SAMHD1 protein 2019-08-16Marcelo Damario GomesEmer Suavinho FerroMalson Neilson de LucenaAdriano Silva SebollelaAna Carla MedeirosUniversidade de São PauloBioquímicaUSPBR Alternative translation start DSBs DSBs Início alternativo de tradução SAMHD1 SAMHD1 SAMHD1 é uma proteína de 626 aminoácidos com um motivo N-terminal SAM e um domínio contendo histidina e ácido aspártico (HD). O domínio SAM é envolvido em interações do tipo proteína-proteína e proteína-DNA/RNA. Proteínas com o domínio HD fazem parte de uma superfamília de fosfohidrolases comumente envolvidas no metabolismo de ácidos nucléicos. SAMHD1 tem a função de diminuir o pool de dNTPs intracelular, e mutações no gene de SAMHD1 está associada a Síndrome de Aicardi-Goutières (AGS). Nesse trabalho, avaliamos a especificidade de anticorpos comerciais anti-SAMHD1 em diferentes linhagens celulares, determinamos sua localização subcelular em resposta ao dano no DNA induzido por camptotecina (CPT) que induz duplas quebras na fita de DNA (DSBs - DoubleStrand Breaks). Por último, investigamos a possibilidade de existência de uma forma alternativa truncada endógena de SAMHD1. Vimos que o anticorpo anti-SAMHD1 monoclonal possui reatividade cruzada com uma proteína de aproximadamente 50 kDa, de função ainda desconhecida, enquanto que o anticorpo policlonal reconhece especificamente uma banda de massa molecular correspondente a SAMHD1. Além disso, identificamos que a hiperexpressão de SAMHD1 produz uma forma truncada SAMHD1(ATG2) sem os 114 primeiros aminoácidos, incluindo o domínio SAM. Esta forma foi produzida graças a um códon de início alternativo localizado a 345 nucleotídeos upstream do ATG1, do gene SAMHD1. Por fim, concluímos que SAMHD1 ativa a resposta ao dano, porém não é recrutada para o foci nuclear, diferente do que foi recentemente publicado na literatura. SAMHD1 is a 626 amino acid protein in an N-terminal SAM motif and a domain containing histidine and aspartic acid (HD). The SAM domain is involved in protein-protein and proteinDNA / RNA interactions. Proteins with the HD domain are part of a superfamily of phosphohydrolases commonly involved in the metabolism of nucleic acids. SAMHD1 has the function of decreasing the pool of intracellular dNTPs, and mutations in the SAMHD1 gene are associated with Aicardi-Goutières Syndrome (AGS). In this work, we evaluated the specificity of commercial anti-SAMHD1 antibodies in different cell lines, determined their subcellular location in response to DNA damage induced by camptothecin (CPT) that induces double strand breaks (DSBs). Finally, we investigated the possibility of an endogenous truncated alternative form of SAMHD1. We have seen that the anti-SAMHD1 monoclonal antibody has cross-reactivity with a protein of approximately 50 kDa, of yet unknown function, whereas the polyclonal antibody specifically recognizes a band of molecular mass corresponding to SAMHD1. In addition, we have identified that the overexpression of SAMHD1 produces a truncated form SAMHD1 (ATG2) without the first 114 amino acids, including the SAM domain. This form was produced thanks to an alternative start codon located at 345 nucleotides upstream of the ATG1, SAMHD1 gene. Finally, we conclude that SAMHD1 activates the response to the damage, but it is not recruited to the nuclear foci, different from what has recently been published in the literature. https://doi.org/10.11606/T.17.2020.tde-11022020-134336info:eu-repo/semantics/openAccessporreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USP2023-12-21T18:40:21Zoai:teses.usp.br:tde-11022020-134336Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-12-22T12:28:41.572005Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.pt.fl_str_mv Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
dc.title.alternative.en.fl_str_mv Biochemical and subcellular characterization of SAMHD1 protein
title Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
spellingShingle Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
Ana Carla Medeiros
title_short Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
title_full Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
title_fullStr Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
title_full_unstemmed Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
title_sort Caracterização subcelular e bioquímica da proteína SAMHD1
author Ana Carla Medeiros
author_facet Ana Carla Medeiros
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Marcelo Damario Gomes
dc.contributor.referee1.fl_str_mv Emer Suavinho Ferro
dc.contributor.referee2.fl_str_mv Malson Neilson de Lucena
dc.contributor.referee3.fl_str_mv Adriano Silva Sebollela
dc.contributor.author.fl_str_mv Ana Carla Medeiros
contributor_str_mv Marcelo Damario Gomes
Emer Suavinho Ferro
Malson Neilson de Lucena
Adriano Silva Sebollela
description SAMHD1 é uma proteína de 626 aminoácidos com um motivo N-terminal SAM e um domínio contendo histidina e ácido aspártico (HD). O domínio SAM é envolvido em interações do tipo proteína-proteína e proteína-DNA/RNA. Proteínas com o domínio HD fazem parte de uma superfamília de fosfohidrolases comumente envolvidas no metabolismo de ácidos nucléicos. SAMHD1 tem a função de diminuir o pool de dNTPs intracelular, e mutações no gene de SAMHD1 está associada a Síndrome de Aicardi-Goutières (AGS). Nesse trabalho, avaliamos a especificidade de anticorpos comerciais anti-SAMHD1 em diferentes linhagens celulares, determinamos sua localização subcelular em resposta ao dano no DNA induzido por camptotecina (CPT) que induz duplas quebras na fita de DNA (DSBs - DoubleStrand Breaks). Por último, investigamos a possibilidade de existência de uma forma alternativa truncada endógena de SAMHD1. Vimos que o anticorpo anti-SAMHD1 monoclonal possui reatividade cruzada com uma proteína de aproximadamente 50 kDa, de função ainda desconhecida, enquanto que o anticorpo policlonal reconhece especificamente uma banda de massa molecular correspondente a SAMHD1. Além disso, identificamos que a hiperexpressão de SAMHD1 produz uma forma truncada SAMHD1(ATG2) sem os 114 primeiros aminoácidos, incluindo o domínio SAM. Esta forma foi produzida graças a um códon de início alternativo localizado a 345 nucleotídeos upstream do ATG1, do gene SAMHD1. Por fim, concluímos que SAMHD1 ativa a resposta ao dano, porém não é recrutada para o foci nuclear, diferente do que foi recentemente publicado na literatura.
publishDate 2019
dc.date.issued.fl_str_mv 2019-08-16
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://doi.org/10.11606/T.17.2020.tde-11022020-134336
url https://doi.org/10.11606/T.17.2020.tde-11022020-134336
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.publisher.none.fl_str_mv Universidade de São Paulo
dc.publisher.program.fl_str_mv Bioquímica
dc.publisher.initials.fl_str_mv USP
dc.publisher.country.fl_str_mv BR
publisher.none.fl_str_mv Universidade de São Paulo
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1794502644255948800