Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Melo, Gladys Villas Bôas do Prado
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-03072020-164232/
Resumo: Serratia marcescens é um agente oportunista, mais frequentemente associado a infecção hospitalar. Tem elevada capacidade de adaptação ao meio e de adquirir resistência aos antimicrobianos. Este estudo é uma coorte retrospectiva de pacientes colonizados ou infectados por Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos (SmRc) entre os anos 2010 e 2013, internados no Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Foi feito o levantamento dos dados epidemiológicos através da revisão de prontuários e análise de isolados disponíveis em banco de cepas. Foram avaliados fatores de risco para infecção e perfil de sensibilidade por microdiluição em caldo. Também investigamos mecanismos de resistência através de PCR, PFGE e Sequenciamento completo do genoma. Sessenta e três pacientes foram incluídos, 43 colonizados e 20 com infecção, incluindo 12 de corrente sanguínea. Uso de polimixina, insuficiência renal e uso de cateter nos 30 dias que antecederam o isolamento da S. marcescens resistente a carbapenêmicos e transplante de células-tronco hematopoiéticas foram correlacionados à infecção na análise bivariada e uso de polimixina foi o único que se manteve na análise multivariada. Quarenta e dois isolados foram analisados, de 35 pacientes e 3 amostras ambientais. O teste de CIM revelou 4 isolados sensíveis aos carbapenêmicos, 42% de sensibilidade a amicacina e 27% de sensibilidade a tigeciclina. Vinte e cinco dos 42 isolados portavam blaKPC-2, que foi a carbapenemase mais frequente. Um isolado carregava blaNDM. O resultado do PFGE indica que há um clone predominante, ao qual pertencem 71% dos isolados. O mesmo perfil foi também encontrado no ambiente. Concluímos que o uso prévio de polimixina como fator de risco independente para infecção por Serratia marcescens resistente a carbapenêm reforça a necessidade de políticas de uso racional de antimicrobianos. A elevada clonalidade entre as amostras foi uma forte evidência de transmissão cruzada. A presença da blaKPC-2, blaNDM e de plasmídeos espectro amplo confirmam a capacidade de aquisição de genes de resisstência interespécies. A Serratia marcescens é uma espécie pouco estudada e acreditamos que conseguimos acrescentar conhecimento sobre esse patógeno que constitui uma ameaça constante no cuidado de pacientes críticos
id USP_af8efbac7915b07dff2dddc2090ee683
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-03072020-164232
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípicaCarbapenemic resistant Serratia marcescens: epidemiology, genotypic and phenotypic evaluationBeta-lactamasesBetalactamasesCarbapenem-resistant EnterobacteriaceaeCarbapenêmicosCarbapenemsCross infectionEnterobacteriáceas resistentes a carbapenêmicosInfecção hospitalarSequenciamento completo do genomaSerratia marcescensSerratia marcescensWhole genome sequencingSerratia marcescens é um agente oportunista, mais frequentemente associado a infecção hospitalar. Tem elevada capacidade de adaptação ao meio e de adquirir resistência aos antimicrobianos. Este estudo é uma coorte retrospectiva de pacientes colonizados ou infectados por Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos (SmRc) entre os anos 2010 e 2013, internados no Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Foi feito o levantamento dos dados epidemiológicos através da revisão de prontuários e análise de isolados disponíveis em banco de cepas. Foram avaliados fatores de risco para infecção e perfil de sensibilidade por microdiluição em caldo. Também investigamos mecanismos de resistência através de PCR, PFGE e Sequenciamento completo do genoma. Sessenta e três pacientes foram incluídos, 43 colonizados e 20 com infecção, incluindo 12 de corrente sanguínea. Uso de polimixina, insuficiência renal e uso de cateter nos 30 dias que antecederam o isolamento da S. marcescens resistente a carbapenêmicos e transplante de células-tronco hematopoiéticas foram correlacionados à infecção na análise bivariada e uso de polimixina foi o único que se manteve na análise multivariada. Quarenta e dois isolados foram analisados, de 35 pacientes e 3 amostras ambientais. O teste de CIM revelou 4 isolados sensíveis aos carbapenêmicos, 42% de sensibilidade a amicacina e 27% de sensibilidade a tigeciclina. Vinte e cinco dos 42 isolados portavam blaKPC-2, que foi a carbapenemase mais frequente. Um isolado carregava blaNDM. O resultado do PFGE indica que há um clone predominante, ao qual pertencem 71% dos isolados. O mesmo perfil foi também encontrado no ambiente. Concluímos que o uso prévio de polimixina como fator de risco independente para infecção por Serratia marcescens resistente a carbapenêm reforça a necessidade de políticas de uso racional de antimicrobianos. A elevada clonalidade entre as amostras foi uma forte evidência de transmissão cruzada. A presença da blaKPC-2, blaNDM e de plasmídeos espectro amplo confirmam a capacidade de aquisição de genes de resisstência interespécies. A Serratia marcescens é uma espécie pouco estudada e acreditamos que conseguimos acrescentar conhecimento sobre esse patógeno que constitui uma ameaça constante no cuidado de pacientes críticosSerratia marcescens is an opportunistic agent, most often associated with nosocomial infection. It has high adaptability to the environment and ability to acquire antimicrobial resistance. This study is a retrospective cohort of patients colonized or infected with carbapenem-resistant Serratia marcescens (CrSm) between 2010 and 2013, admitted to the Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Epidemiological data were collected through medical records and we analysed the isolates available in a strain bank. Risk factors for infection and sensitivity profile for broth microdilution were evaluated. We also investigated resistance mechanisms through PCR, PFGE and Whole Genome Sequencing.Sixty-three patients were included, 43 colonized and 20 with infection, including 12 from the bloodstream. Polymyxin use, renal failure, and catheter use within 30 days prior to isolation of CrSm and haematopoietic stem cell transplantation were correlated with infection in the univariate analysis and polymyxin use was the only one that remained in the analysis. multivariate. Forty-two isolates were analyzed from 35 patients and 3 environmental samples. MIC testing revealed 4 carbapenem-sensitive isolates, 42% sensitivity to amikacin and 27% sensitivity to tigecycline. Twenty-five of the 42 isolates carried blaKPC-2, which was the most frequent carbapenemase. An isolate carried blaNDM. The result of the PFGE indicates that there is a predominant clone, to which 71% of the isolates belong.We conclude that the previous use of polymyxin as an independent risk factor for carbapenem-resistant Serratia marcescens infection reinforces the need for rational antimicrobial use policies. The high clonality between the samples was strong evidence of cross transmission. The presence of blaKPC-2, blaNDM and broad spectrum plasmids confirm the ability to acquire interspecies resistance genes. Serratia marcescens is a poorly studied species and we believe we have been able to add knowledge about this pathogen which is a constant threat in the care of critically ill patientsBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPCosta, Silvia FigueiredoMelo, Gladys Villas Bôas do Prado2020-01-15info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-03072020-164232/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2020-07-03T23:14:02Zoai:teses.usp.br:tde-03072020-164232Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212020-07-03T23:14:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
Carbapenemic resistant Serratia marcescens: epidemiology, genotypic and phenotypic evaluation
title Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
spellingShingle Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
Melo, Gladys Villas Bôas do Prado
Beta-lactamases
Betalactamases
Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Carbapenêmicos
Carbapenems
Cross infection
Enterobacteriáceas resistentes a carbapenêmicos
Infecção hospitalar
Sequenciamento completo do genoma
Serratia marcescens
Serratia marcescens
Whole genome sequencing
title_short Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
title_full Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
title_fullStr Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
title_full_unstemmed Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
title_sort Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos: epidemiologia, avaliação genotípica e fenotípica
author Melo, Gladys Villas Bôas do Prado
author_facet Melo, Gladys Villas Bôas do Prado
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Costa, Silvia Figueiredo
dc.contributor.author.fl_str_mv Melo, Gladys Villas Bôas do Prado
dc.subject.por.fl_str_mv Beta-lactamases
Betalactamases
Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Carbapenêmicos
Carbapenems
Cross infection
Enterobacteriáceas resistentes a carbapenêmicos
Infecção hospitalar
Sequenciamento completo do genoma
Serratia marcescens
Serratia marcescens
Whole genome sequencing
topic Beta-lactamases
Betalactamases
Carbapenem-resistant Enterobacteriaceae
Carbapenêmicos
Carbapenems
Cross infection
Enterobacteriáceas resistentes a carbapenêmicos
Infecção hospitalar
Sequenciamento completo do genoma
Serratia marcescens
Serratia marcescens
Whole genome sequencing
description Serratia marcescens é um agente oportunista, mais frequentemente associado a infecção hospitalar. Tem elevada capacidade de adaptação ao meio e de adquirir resistência aos antimicrobianos. Este estudo é uma coorte retrospectiva de pacientes colonizados ou infectados por Serratia marcescens resistente a carbapenêmicos (SmRc) entre os anos 2010 e 2013, internados no Instituto Central do Hospital das Clínicas de São Paulo (ICHC-FMUSP). Foi feito o levantamento dos dados epidemiológicos através da revisão de prontuários e análise de isolados disponíveis em banco de cepas. Foram avaliados fatores de risco para infecção e perfil de sensibilidade por microdiluição em caldo. Também investigamos mecanismos de resistência através de PCR, PFGE e Sequenciamento completo do genoma. Sessenta e três pacientes foram incluídos, 43 colonizados e 20 com infecção, incluindo 12 de corrente sanguínea. Uso de polimixina, insuficiência renal e uso de cateter nos 30 dias que antecederam o isolamento da S. marcescens resistente a carbapenêmicos e transplante de células-tronco hematopoiéticas foram correlacionados à infecção na análise bivariada e uso de polimixina foi o único que se manteve na análise multivariada. Quarenta e dois isolados foram analisados, de 35 pacientes e 3 amostras ambientais. O teste de CIM revelou 4 isolados sensíveis aos carbapenêmicos, 42% de sensibilidade a amicacina e 27% de sensibilidade a tigeciclina. Vinte e cinco dos 42 isolados portavam blaKPC-2, que foi a carbapenemase mais frequente. Um isolado carregava blaNDM. O resultado do PFGE indica que há um clone predominante, ao qual pertencem 71% dos isolados. O mesmo perfil foi também encontrado no ambiente. Concluímos que o uso prévio de polimixina como fator de risco independente para infecção por Serratia marcescens resistente a carbapenêm reforça a necessidade de políticas de uso racional de antimicrobianos. A elevada clonalidade entre as amostras foi uma forte evidência de transmissão cruzada. A presença da blaKPC-2, blaNDM e de plasmídeos espectro amplo confirmam a capacidade de aquisição de genes de resisstência interespécies. A Serratia marcescens é uma espécie pouco estudada e acreditamos que conseguimos acrescentar conhecimento sobre esse patógeno que constitui uma ameaça constante no cuidado de pacientes críticos
publishDate 2020
dc.date.none.fl_str_mv 2020-01-15
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-03072020-164232/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5134/tde-03072020-164232/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815256640983662592