Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ribeiro, Yasmin de Araújo
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-09092021-133246/
Resumo: A anidrobiose, termo derivado do grego \"vida sem água\", é um curioso estado de animação suspensa no qual determinados organismos adentram em resposta a dessecação extrema. Atualmente, organismos representantes de todos os reinos já foram identificados com essa capacidade, incluindo o nematoide utilizado neste estudo, Panagrolaimus superbus. O estado anidrobiótico permite a tolerância a uma grande diversidade de estresses físicos como extremos de temperatura, hiperaceleração e imersão em gálio. Devido as interessantes propriedades que a anidrobiose confere aos organismos, a melhor compreensão desse fenômeno tem despertado o interesse da comunidade científica. Nesse sentido, uma questão central é a caracterização do estado ametabólico, ainda pouco aceito pela comunidade científica. Paralelamente, o gene daf-2 codifica uma proteína que direciona o desenvolvimento do nematoide Caenorhabditis elegans, sendo sua atuação essencial para a anidrobiose. Considerando o contexto, o presente estudo objetiva contribuir para melhor definição do metabolismo de organismos anidrobiontes e investigar a proteína codificada por daf-2 em busca de possíveis assinaturas moleculares da anidrobiose. Dessa forma, o organismo anidrobionte P. superbus foi mantido por um, três, e seis meses em câmara anóxica e analisamos in silico (e.g., composição, modelagem estrutural, análise e alinhamento de estruturas primárias e terciárias) a proteína DAF-2 em organismos anidrobiontes e não-anidrobiontes. Os resultados encontrados sugerem que a proteína de organismos anidrobiontes é significantemente mais básica, embora não apresente divergências em suas estruturas terciárias. Demonstramos também que a exposição de P. superbus dessecados em câmara anóxica de N2 por um, três, e seis meses, não impacta negativamente em sua viabilidade, quando comparada com seus respectivos grupos controles. Portanto, nós somamos novas evidências a hipótese de ametabolismo durante a anidrobiose e pontuamos a característica de basicidade como algo de importância para este interessante estado.
id USP_b981fa02a23e7c5cad7ba33aad48aa51
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-09092021-133246
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)In silico analysis of DAF-2 and exposure of Panagrolaimus superbus in anoxic nitrogen (N2) chamberAmetabolismAmetabolismoAnhydrobiosisAnidrobioseAnoxiaAnóxiaP. superbusP. superbusA anidrobiose, termo derivado do grego \"vida sem água\", é um curioso estado de animação suspensa no qual determinados organismos adentram em resposta a dessecação extrema. Atualmente, organismos representantes de todos os reinos já foram identificados com essa capacidade, incluindo o nematoide utilizado neste estudo, Panagrolaimus superbus. O estado anidrobiótico permite a tolerância a uma grande diversidade de estresses físicos como extremos de temperatura, hiperaceleração e imersão em gálio. Devido as interessantes propriedades que a anidrobiose confere aos organismos, a melhor compreensão desse fenômeno tem despertado o interesse da comunidade científica. Nesse sentido, uma questão central é a caracterização do estado ametabólico, ainda pouco aceito pela comunidade científica. Paralelamente, o gene daf-2 codifica uma proteína que direciona o desenvolvimento do nematoide Caenorhabditis elegans, sendo sua atuação essencial para a anidrobiose. Considerando o contexto, o presente estudo objetiva contribuir para melhor definição do metabolismo de organismos anidrobiontes e investigar a proteína codificada por daf-2 em busca de possíveis assinaturas moleculares da anidrobiose. Dessa forma, o organismo anidrobionte P. superbus foi mantido por um, três, e seis meses em câmara anóxica e analisamos in silico (e.g., composição, modelagem estrutural, análise e alinhamento de estruturas primárias e terciárias) a proteína DAF-2 em organismos anidrobiontes e não-anidrobiontes. Os resultados encontrados sugerem que a proteína de organismos anidrobiontes é significantemente mais básica, embora não apresente divergências em suas estruturas terciárias. Demonstramos também que a exposição de P. superbus dessecados em câmara anóxica de N2 por um, três, e seis meses, não impacta negativamente em sua viabilidade, quando comparada com seus respectivos grupos controles. Portanto, nós somamos novas evidências a hipótese de ametabolismo durante a anidrobiose e pontuamos a característica de basicidade como algo de importância para este interessante estado.Anhydrobiosis, a term derived from the Greek \"life without water\", is a curious state of suspended animation into which certain organisms enter in response to extreme desiccation. Currently, organisms representing all kingdoms have already been identified with this ability, including the nematode used in this study, Panagrolaimus superbus. The anhydrobiotic state allows tolerance to a wide variety of physical stresses such as temperature extremes, hyperacceleration, and immersion in gallium. Due to the interesting properties that anhydrobiosis gives to organisms, a better understanding of this phenomenon has aroused the interest of the scientific community. In this sense, a central issue is the characterization of the ametabolic state, still little accepted by the scientific community. In parallel, the daf-2 gene encodes a protein that directs the development of the nematode Caenorhabditis elegans, its role being essential for anhydrobiosis. Considering the context, this study aims to contribute to a better definition of the metabolism of anhydrobiotic organisms and to investigate the protein encoded by daf-2 in search of possible anhydrobiosis-related molecular signatures. Thus, the anhydrobiont organism P. superbus was kept for one, three, and six months in an anoxic chamber, and we in silico analyzed (e.g., composition, structural modeling, analysis, and alignment of primary and tertiary structures) the DAF-2 protein in anhydrobiont organisms and non-anhydrobionts. The results found suggest that the protein of anhydrobiont organisms is significantly more basic, although it does not present divergences in its tertiary structures. We also demonstrated that the exposure of P. superbus desiccated in an anoxic N2 chamber for one, three, and six months, does not negatively impact its viability, when compared to their respective control group. Therefore, we add new evidence to the hypothesis of ametabolism during anhydrobiosis and we point out the basicity characteristic as something of importance for this interesting state.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPereira, Tiago CamposRibeiro, Yasmin de Araújo2021-06-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-09092021-133246/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2021-10-06T17:51:02Zoai:teses.usp.br:tde-09092021-133246Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212021-10-06T17:51:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
In silico analysis of DAF-2 and exposure of Panagrolaimus superbus in anoxic nitrogen (N2) chamber
title Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
spellingShingle Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
Ribeiro, Yasmin de Araújo
Ametabolism
Ametabolismo
Anhydrobiosis
Anidrobiose
Anoxia
Anóxia
P. superbus
P. superbus
title_short Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
title_full Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
title_fullStr Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
title_full_unstemmed Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
title_sort Análises in silico de DAF-2 e exposição de Panagrolaimus superbus em câmara anóxica de nitrogênio (N2)
author Ribeiro, Yasmin de Araújo
author_facet Ribeiro, Yasmin de Araújo
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Pereira, Tiago Campos
dc.contributor.author.fl_str_mv Ribeiro, Yasmin de Araújo
dc.subject.por.fl_str_mv Ametabolism
Ametabolismo
Anhydrobiosis
Anidrobiose
Anoxia
Anóxia
P. superbus
P. superbus
topic Ametabolism
Ametabolismo
Anhydrobiosis
Anidrobiose
Anoxia
Anóxia
P. superbus
P. superbus
description A anidrobiose, termo derivado do grego \"vida sem água\", é um curioso estado de animação suspensa no qual determinados organismos adentram em resposta a dessecação extrema. Atualmente, organismos representantes de todos os reinos já foram identificados com essa capacidade, incluindo o nematoide utilizado neste estudo, Panagrolaimus superbus. O estado anidrobiótico permite a tolerância a uma grande diversidade de estresses físicos como extremos de temperatura, hiperaceleração e imersão em gálio. Devido as interessantes propriedades que a anidrobiose confere aos organismos, a melhor compreensão desse fenômeno tem despertado o interesse da comunidade científica. Nesse sentido, uma questão central é a caracterização do estado ametabólico, ainda pouco aceito pela comunidade científica. Paralelamente, o gene daf-2 codifica uma proteína que direciona o desenvolvimento do nematoide Caenorhabditis elegans, sendo sua atuação essencial para a anidrobiose. Considerando o contexto, o presente estudo objetiva contribuir para melhor definição do metabolismo de organismos anidrobiontes e investigar a proteína codificada por daf-2 em busca de possíveis assinaturas moleculares da anidrobiose. Dessa forma, o organismo anidrobionte P. superbus foi mantido por um, três, e seis meses em câmara anóxica e analisamos in silico (e.g., composição, modelagem estrutural, análise e alinhamento de estruturas primárias e terciárias) a proteína DAF-2 em organismos anidrobiontes e não-anidrobiontes. Os resultados encontrados sugerem que a proteína de organismos anidrobiontes é significantemente mais básica, embora não apresente divergências em suas estruturas terciárias. Demonstramos também que a exposição de P. superbus dessecados em câmara anóxica de N2 por um, três, e seis meses, não impacta negativamente em sua viabilidade, quando comparada com seus respectivos grupos controles. Portanto, nós somamos novas evidências a hipótese de ametabolismo durante a anidrobiose e pontuamos a característica de basicidade como algo de importância para este interessante estado.
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021-06-28
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-09092021-133246/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-09092021-133246/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1809090556371927040