Filogenia molecular de Tachinidae (Diptera, Brachycera, Calyptratae) baseado em sequenciamento de nova geração, com enfoque nos limites e relações subfamiliares
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
Texto Completo: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-20072021-104959/ |
Resumo: | Tachinidae é uma das maiores famílias da ordem Diptera. Elas são encontradas em praticamente todos os ambientes terrestres pelo mundo, incluindo desertos, florestas, pastagens, montanhas e tundra. Apresentamos aqui a primeira análise filogenômica dessa família utilizando dados transcriptômicos. A análise é baseada em 36 espécies do grupo interno que compõem os taquinídeos, e 23 espécies do grupo externo, representando as outras famílias de Oestroidea. Três matrizes foram montadas: 100% de cobertura (92 genes codificadores de proteínas de cópia única), 75% de cobertura (1304 genes codificadores de proteínas de cópia única) e 50% de cobertura (1890 genes codificadores de proteínas de cópia única). De modo geral, as topologias são bem resolvidas, com alto suporte nos nós e com poucas alterações entre as três árvores obtidas com variação de cobertura e com diferentes métodos de análise (máxima verossimilhança, máxima parcimônia). A maioria dos nós na análise de Máxima Verossimilhança possui 100% de suporte de ultrafast bootstrap. As análises de Máxima Parcimônia também possuem estabilidade de 100% de jackknife ou bootstrap em quase todos os nós. Entretanto, a árvore de máxima parcimônia também apresenta mais variação em suas análises de suporte por Bremer, variando entre 125 e 18442. Esse estudo recuperou as quatro subfamílias de Tachinidae com o seguinte relacionamento: Phasiinae + Dexiinae e Tachininae + Exoristinae. Importante ressaltar alguns resultados interessantes obtidos no estudo. A tribo Myiophasiini (Tachininae) formou uma linhagem separada, aparecendo como grupo-irmão de todos os outros Tachinidae. A tribo Neotropical Iceliini (previamente em Tachininae) é recuperada dentro de Exoristinae, irmão de Winthemia. Por fim, Masyphyini (previamente em Exoristinae) é recuperado dentro de Dexiinae, próximo de Dexiini. De modo geral, nossos resultados são congruentes com estudos recentes envolvendo a família Tachinidae. Espera-se que esses resultados possam formar uma base para estudos futuros sobre a filogenia de Tachinidae. |
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Filogenia molecular de Tachinidae (Diptera, Brachycera, Calyptratae) baseado em sequenciamento de nova geração, com enfoque nos limites e relações subfamiliaresMolecular phylogeny of Tachinidae (Diptera, Brachycera, Calyptratae) based on next-generation sequencing, focusing on subfamilies boundaries and relationships1. Tachinidae1. Tachinidae2. Subfamilias2. Subfamilies3. Transcriptoma3. Transcriptome4. Filogenômica4. PhylogenomicTachinidae é uma das maiores famílias da ordem Diptera. Elas são encontradas em praticamente todos os ambientes terrestres pelo mundo, incluindo desertos, florestas, pastagens, montanhas e tundra. Apresentamos aqui a primeira análise filogenômica dessa família utilizando dados transcriptômicos. A análise é baseada em 36 espécies do grupo interno que compõem os taquinídeos, e 23 espécies do grupo externo, representando as outras famílias de Oestroidea. Três matrizes foram montadas: 100% de cobertura (92 genes codificadores de proteínas de cópia única), 75% de cobertura (1304 genes codificadores de proteínas de cópia única) e 50% de cobertura (1890 genes codificadores de proteínas de cópia única). De modo geral, as topologias são bem resolvidas, com alto suporte nos nós e com poucas alterações entre as três árvores obtidas com variação de cobertura e com diferentes métodos de análise (máxima verossimilhança, máxima parcimônia). A maioria dos nós na análise de Máxima Verossimilhança possui 100% de suporte de ultrafast bootstrap. As análises de Máxima Parcimônia também possuem estabilidade de 100% de jackknife ou bootstrap em quase todos os nós. Entretanto, a árvore de máxima parcimônia também apresenta mais variação em suas análises de suporte por Bremer, variando entre 125 e 18442. Esse estudo recuperou as quatro subfamílias de Tachinidae com o seguinte relacionamento: Phasiinae + Dexiinae e Tachininae + Exoristinae. Importante ressaltar alguns resultados interessantes obtidos no estudo. A tribo Myiophasiini (Tachininae) formou uma linhagem separada, aparecendo como grupo-irmão de todos os outros Tachinidae. A tribo Neotropical Iceliini (previamente em Tachininae) é recuperada dentro de Exoristinae, irmão de Winthemia. Por fim, Masyphyini (previamente em Exoristinae) é recuperado dentro de Dexiinae, próximo de Dexiini. De modo geral, nossos resultados são congruentes com estudos recentes envolvendo a família Tachinidae. Espera-se que esses resultados possam formar uma base para estudos futuros sobre a filogenia de Tachinidae.The Tachinidae is one of the largest families of Diptera. They are found in nearly all terrestrial environments throughout the world, including deserts, forests, grasslands, mountains, and tundra. The first phylogenomic analyses of Tachinidae using transcriptomic data is presented here. The analyses are based on 36 species for the ingroup, composing the tachinids, and 23 species for the outgroup, representing the other Oestroidea families. Were constructed three datasets: 100% coverage (92 single-copy protein-coding genes), 75% coverage (1304 single-copy protein-coding genes), and 50% coverage (1890 single-copy protein-coding genes). Overall, the obtained topologies are well resolved, with strong node support and small changes among the trees obtained with variation of coverage and different approaches (maximum likelihood, maximum parsimony). Most nodes in Maximum Likelihood analyses have 100% ultrafast bootstrap support. The Maximum Parsimony analyses also show stability with 100% support with jackknife and bootstrap in almost every node. However, the maximum parsimony tree presents more variation with Bremer support ranging from 125 to 18442. The analyses recovered the four tachinid subfamilies with the following relationship: Phasiinae + Dexiinae and Tachininae + Exoristinae. Interestingly, the tribe Myiophasiini (Tachininae) forms a different lineage, a clade sister to all the remaining Tachinidae. The Neotropical tribe Iceliini (former Tachininae) is recovered within Exoristinae, sister to Winthemia. Also, Masyphyini (former Exoristinae) is recovered within Dexiinae, close to Dexiini. In general, results presented herein are congruent with recent studies that include tachinids. Hopefully, these results can be a scaffold for future studies with Tachinidae phylogeny.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPLahr, Daniel José GalafasseNihei, Silvio ShigueoPaula, Letícia Chiara Baldassio de2021-04-28info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/41/41133/tde-20072021-104959/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-07-20T12:58:12Zoai:teses.usp.br:tde-20072021-104959Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-07-20T12:58:12Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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