Montagem e anotação do genoma de Scaptotrigona postica, uma importante abelha nativa sem ferrão

• Autor(a) principal: Stella, André Augusto
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-04102023-165627/
• topic: Scaptotrigona postica; Scaptotrigona postica; Draft assembly; Draft assembly; Genômica; Genomics; Long read; Sequência curta; Sequência longa; Short read

O declínio de abelhas, sejam elas nativas ou exóticas, é uma ameaça iminente aos serviços ecossistêmicos de polinização e, consequentemente, à segurança alimentar mundial e a preservação e conservação dos recursos naturais. Dada a importância desses polinizadores é necessário obter as informações sobre o genoma dessas espécies. A constante evolução de tecnologias, bem como as análises dos dados gerados, permite analisar um grande volume de dados com qualidade e precisão em um curto período e com menos custos financeiros. Neste contexto, a utilização de tecnologia de sequenciamento de leituras longas tem se apresentado de grande utilidade para geração de novos genomas. Ainda, destaca-se a abordagem híbrida de montagem de genoma com a união das tecnologias de sequenciamento de leituras curtas, a fim de diminuir as taxas de erro das leituras longas e aumentar a precisão da montagem. Além de uma montagem de genoma de boa qualidade, em estudos genômicos, a anotação funcional é responsável por estabelecer uma correlação entre o sequenciamento e os estudos sobre a biologia dos organismos. O presente trabalho se propôs a montar um draft e anotar o genoma da abelha Scaptotrigona postica, uma importante abelha nativa sem ferrão. Foram testados os montadores de genoma Flye e MaSuRCA, utilizando uma abordagem com apenas sequências longas (∽26.000 pb) e uma híbrida, com sequências longas e curtas (50 pb). O tamanho do genoma foi estimado em 278.791.247 pb. Também foi feita a anotação de genes codificadores de proteínas. Usamos duas ferramentas de anotação funcional, EggNOG e Blast2GO, esta última auxiliada pelo programa Diamond, para verificar se há diferenças significativas entre elas com relação aos resultados, com dados gerado da predição de genes pelo software AUGUSTUS (15.168 genes preditos). A anotação funcional pelo blast2GO e Diamond apresentou aproximadamente 9.200 genes anotados funcionalmente e 15.168 de sequências proteicas anotadas pelo InterPro, enquanto o eggNOG gerou 9.906 genes anotados. Tais análises buscam fornecer o primeiro contato com o genoma desta espécie, a fim de fornecer importantes recursos para futuros estudos genéticos, assim como proporcionar um recurso valioso como referência para futuras pesquisas genéticas e evolutivas neste gênero.