Prospecção de SNPs por eletroforese capilar e sua identificação em genes candidatos relacionados à resistência de caprinos a nematóides gastrintestinais

• Autor(a) principal: Donatoni, Flavia Aline Bressani
• Data de Publicação: 2012
• Tipo de documento: Tese
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/75/75135/tde-24072012-163708/
• topic: caprinos; goats; marcadores; markers; SNP; SNP

Citocinas são pequenas moléculas de sinalização celular que desempenham um papel muito importante no sistema imunológico e atuam na comunicação intracelular. Escolheu-se cinco genes pertencentes a essa família com o objetivo de se estudar SNPs que possam estar associados com a resistência à verminose gastrintestinal em caprinos. São eles: IL2, IL4, IL13, IFNg e TNFa. Para isso foi estudada uma população de 229 caprinos. Estes animais foram produzidos na Embrapa Caprinos e Ovinos (Sobral, CE) a partir de animais das Raças Saanen, raça considerada susceptível a endoparasitas gastrintestinais e Anglo-nubiana, raça considerada resistente aos mesmos endoparasitas. Após dois cruzamentos a terceira geração de animais, considerada F2, possuía 229 animais. Foram coletadas amostras de sangue para posteriores etapas de extração de DNA e quantificação; foram coletadas também amostras de fezes para contagem de ovos por grama de fezes (OPG). Os dados foram transformados em log10(n+1), onde n é número de ovos por grama de fezes, e analisados usando o procedimento dos modelos mistos do SAS (2002/2003). Os efeitos fixos incluídos no modelo foram sexo, coleta e idade a coleta e a variável animal foi utilizada como efeito aleatório. Com base no resultado dessa análise escolheu-se 44 animais com fenótipos extremos para resistência. Visando a prospecção de SNPs foram sequenciadas duas regiões do gene IL2, uma região do gene IL4, duas regiões do gene IL13, três regiões do gene IFNg e quatro regiões do gene TNFa. Foram encontrados dois SNPs no gene IL2 (intron 1 e intron 2), um SNP no gene IL4 (intron 3), um SNP no gene IL13 (intron 1), seis SNPs no gene IFNg (dois no exon 1, um no intron 1, um no intron 2, um no exon 3 e um no exon 4) e dez SNPs no gene TNFa (dois deles na região promotora do gene, dois no intron 2 e seis no exon 4). Verificou-se que há alteração de aminoácido na sequência de apenas um dos SNPs encontrados em regiões codificadoras de proteínas. A troca ocorre no segundo SNP localizado no exon 1 do gene IFNg (A/C), onde há alteração do aminoácido asparagina (considerando o alelo A) para treonina (alelo C). O estudo da associação entre as amostras extremos para resistência e os marcadores tipo SNP foi realizado com o teste de Fisher e observou-se que, dentre os vinte SNPs encontrados, oito deles apresentaram um valor de P ≤0,05, o que indica que os SNPs são potenciais marcadores moleculadores para resistência à verminose gastrintestinal, ou seja, provavelmente associados ao fenótipo estudado. Para essa associação ser validada é necessário estudar o efeito desses SNPs na população completa e em outras populações.