Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Campion, Fernanda Smaniotto
Data de Publicação: 2023
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15052023-165909/
Resumo: A soja é uma das principais oleaginosas no mercado mundial e o Brasil está entre os três principais produtores mundiais desta commodity. Sendo assim, a manutenção e incremento da produção e produtividade desta cultura em território brasileiro é de grande importância não apenas para o Brasil, mas também para o mercado mundial. Dentre os principais fatores que afetam a produtividade, e consequentemente a produção da soja estão as pragas. Dentre estas, os percevejos estão entre as principais pragas da soja, sendo o percevejo verde pequeno (Piezodorus guildinii) de especial interesse devido à maior severidade dos danos causados por sua picada no grão. A fim de se minimizar os efeitos negativos do ataque de percevejos na lavoura de soja, melhoristas vêm buscando fatores de resistência contra estas pragas, muitas vezes buscando fontes de resistência dentro da própria espécie, em variedades resistentes. A variedade IAC100, utilizada neste estudo, é uma conhecida variedade brasileira de soja resistente ao complexo de percevejos. Assim, este trabalho buscou estudar a expressão dos genes desta variedade sob as condições de infestação e não infestação com o percevejo verde pequeno, a fim de se identificar genes candidatos para futuros estudos e possível posterior inserções em programas de melhoramento de soja visando resistência ao percevejo verde-pequeno. Para isso, foi utilizada a técnica de RNA-seq e a consecutiva análise dos dados obtidos com ferramentas como Hisat2, Samtools, R, AgriGO e Blast2GO. Em concordância com outros estudos publicados, este trabalho encontrou uma participação expressiva de peroxidases e proteínas PR. No entanto, outros genes ainda pouco estudados como proteína induzida por ferimento WIN2, Proteína tipo associada à snoRNP U3 e HSPRO2 também foram identificadas entre os genes significativos.
id USP_ee3aa53e233a256233a9611414a80cc1
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-15052023-165909
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildiniiDifferential expression analysis of Glycine max under the condition of infestation with Piezodorus guildiniiDifferential expressionExpressão diferencialIAC100IAC100Insect resistancePercevejo verde pequenoRed banded stinkbugResistência a insetosRNA-seqRNA-seqSojaSoybeanA soja é uma das principais oleaginosas no mercado mundial e o Brasil está entre os três principais produtores mundiais desta commodity. Sendo assim, a manutenção e incremento da produção e produtividade desta cultura em território brasileiro é de grande importância não apenas para o Brasil, mas também para o mercado mundial. Dentre os principais fatores que afetam a produtividade, e consequentemente a produção da soja estão as pragas. Dentre estas, os percevejos estão entre as principais pragas da soja, sendo o percevejo verde pequeno (Piezodorus guildinii) de especial interesse devido à maior severidade dos danos causados por sua picada no grão. A fim de se minimizar os efeitos negativos do ataque de percevejos na lavoura de soja, melhoristas vêm buscando fatores de resistência contra estas pragas, muitas vezes buscando fontes de resistência dentro da própria espécie, em variedades resistentes. A variedade IAC100, utilizada neste estudo, é uma conhecida variedade brasileira de soja resistente ao complexo de percevejos. Assim, este trabalho buscou estudar a expressão dos genes desta variedade sob as condições de infestação e não infestação com o percevejo verde pequeno, a fim de se identificar genes candidatos para futuros estudos e possível posterior inserções em programas de melhoramento de soja visando resistência ao percevejo verde-pequeno. Para isso, foi utilizada a técnica de RNA-seq e a consecutiva análise dos dados obtidos com ferramentas como Hisat2, Samtools, R, AgriGO e Blast2GO. Em concordância com outros estudos publicados, este trabalho encontrou uma participação expressiva de peroxidases e proteínas PR. No entanto, outros genes ainda pouco estudados como proteína induzida por ferimento WIN2, Proteína tipo associada à snoRNP U3 e HSPRO2 também foram identificadas entre os genes significativos.Soybean (Glycine max) is one of the main oilseeds in the world market and Brazil is among the three main world producers of this commodity. Therefore, maintaining and increasing the production and productivity of this crop in Brazilian territory is of great importance not only for Brazil, but also for the world market. Among the main factors that affect productivity, and consequently soybean production, are pests. Stinkbugs are among the main pests of soybeans, of which the red banded stinkbug (Piezodorus guildinii) is of special interest due to the greater severity of the damage caused by its punture in the grain. In order to minimize the negative effects of stinkbugs on soybean crops, breeders have been looking for resistance factors against these pests, often looking for sources of resistance within the species itself, in resistant varieties. The IAC100 variety, used in this study, is a well-known Brazilian soybean variety resistant to the stinkbug complex. Thus, this work sought to study the expression of the genes of this variety under the conditions of infestation and non-infestation with the small green stinkbug, in order to identify candidate genes for future studies and possible subsequent insertions in soybean breeding programs for resistance to the small green bug. For this, the RNA-seq technique was used and the consecutive analysis of the data obtained was made with tools such as Hisat2, Samtools, R, AgriGO and Blast2GO. In agreement with other published studies, this work found an expressive participation of peroxidases and PR proteins. However, other scarcely studied genes such as wound-induced protein WIN2, U3 snoRNP-associated protein-like and Nematode resistance protein- like HSPRO2 were also identified among the significant genes.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPinheiro, Jose BaldinCampion, Fernanda Smaniotto2023-03-14info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15052023-165909/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2023-05-17T18:03:53Zoai:teses.usp.br:tde-15052023-165909Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212023-05-17T18:03:53Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
Differential expression analysis of Glycine max under the condition of infestation with Piezodorus guildinii
title Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
spellingShingle Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
Campion, Fernanda Smaniotto
Differential expression
Expressão diferencial
IAC100
IAC100
Insect resistance
Percevejo verde pequeno
Red banded stinkbug
Resistência a insetos
RNA-seq
RNA-seq
Soja
Soybean
title_short Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
title_full Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
title_fullStr Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
title_full_unstemmed Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
title_sort Análise da expressão diferencial de Glycine max sob condição de infestação com Piezodorus guildinii
author Campion, Fernanda Smaniotto
author_facet Campion, Fernanda Smaniotto
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Pinheiro, Jose Baldin
dc.contributor.author.fl_str_mv Campion, Fernanda Smaniotto
dc.subject.por.fl_str_mv Differential expression
Expressão diferencial
IAC100
IAC100
Insect resistance
Percevejo verde pequeno
Red banded stinkbug
Resistência a insetos
RNA-seq
RNA-seq
Soja
Soybean
topic Differential expression
Expressão diferencial
IAC100
IAC100
Insect resistance
Percevejo verde pequeno
Red banded stinkbug
Resistência a insetos
RNA-seq
RNA-seq
Soja
Soybean
description A soja é uma das principais oleaginosas no mercado mundial e o Brasil está entre os três principais produtores mundiais desta commodity. Sendo assim, a manutenção e incremento da produção e produtividade desta cultura em território brasileiro é de grande importância não apenas para o Brasil, mas também para o mercado mundial. Dentre os principais fatores que afetam a produtividade, e consequentemente a produção da soja estão as pragas. Dentre estas, os percevejos estão entre as principais pragas da soja, sendo o percevejo verde pequeno (Piezodorus guildinii) de especial interesse devido à maior severidade dos danos causados por sua picada no grão. A fim de se minimizar os efeitos negativos do ataque de percevejos na lavoura de soja, melhoristas vêm buscando fatores de resistência contra estas pragas, muitas vezes buscando fontes de resistência dentro da própria espécie, em variedades resistentes. A variedade IAC100, utilizada neste estudo, é uma conhecida variedade brasileira de soja resistente ao complexo de percevejos. Assim, este trabalho buscou estudar a expressão dos genes desta variedade sob as condições de infestação e não infestação com o percevejo verde pequeno, a fim de se identificar genes candidatos para futuros estudos e possível posterior inserções em programas de melhoramento de soja visando resistência ao percevejo verde-pequeno. Para isso, foi utilizada a técnica de RNA-seq e a consecutiva análise dos dados obtidos com ferramentas como Hisat2, Samtools, R, AgriGO e Blast2GO. Em concordância com outros estudos publicados, este trabalho encontrou uma participação expressiva de peroxidases e proteínas PR. No entanto, outros genes ainda pouco estudados como proteína induzida por ferimento WIN2, Proteína tipo associada à snoRNP U3 e HSPRO2 também foram identificadas entre os genes significativos.
publishDate 2023
dc.date.none.fl_str_mv 2023-03-14
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15052023-165909/
url https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/11/11137/tde-15052023-165909/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257021983752192