Marcadores moleculares e variabilidade genética em búfalos do Brasil
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2005 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP |
Texto Completo: | https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14082024-160451/ |
Resumo: | O conhecimento da variabilidade genética é de fundamental importância para elaborar estratégia de conservação e melhoramento animal. Devido a uma redução no efetivo populacional, dois grupos genéticos de búfalos existentes no Brasil são considerados ameaçados de extinção e vêm sendo mantidos no Banco de Germoplasma Animal da Amazônia - BAGAM, da Embrapa Amazônia Oriental na Ilha do Marajó, no Pará. Dentro deste contexto, foram caracterizados geneticamente os grupos Carabao e Baio que estão sendo conservados, assim como os grupos Murrah, Jafarabadi e Mediterrâneo, considerados comerciais. Dois tipos de marcadores moleculares, RAPD e microssatélites, foram utilizados para analisar, respectivamente, 233 e 382 bubalinos amostrados em 12 rebanhos dos Estados do Pará, Goiás, São Paulo e Rio Grande do Sul e do Distrito Federal. O DNA genômico foi extraído dos linfócitos. Um total de 98 marcadores RAPD foi gerado com bandas variando de 344 a 2036 pb a partir da amplificação de amostras utilizando 21 primers de 10 - mers. Para esses marcadores a análise de variância molecular (AMOVA) dos cinco grupos estimou a variabilidade genética entre e dentro dos desses grupos em 26,5% e 73,5%, respectivamente, sugerindo uma divergência genética significativa (P<0,0001) entre eles. Para a genotipagem dos locos microssatélites, utilizaram-se sistemas multiplex e fluorescentes, sendo a eletroforese realizada em um seqüenciador automático modelo ABI 3100. Com base nas freqüências alélicas para 13 locos microssatélites, foi possível caracterizar a diversidade dos bubalinos tendo por base os seguintes resultados: foi detectado um total de 121 alelos, variando de quatro a treze por loco, com média igual a 9,31. As médias para o Conteúdo de Informação Polimórfica (PIC) e a Heterozigosidade esperada (HE) foram, respectivamente, 0,624 e 0,656. A análise de variância molecular (AMOVA), baseada nos dados com microssatélites, estimou a variabilidade genética entre e dentro dos grupos em 12,27% e 87,73% respectivamente. Esses resultados confirmam uma divergência genética significativa (P<0,0001), já encontrada nas análises com RAPD. Portanto, a combinação dos resultados obtida pelas duas metodologias, permite concluir que tanto os marcadores RAPD como os microssatélites podem ser usados com eficiência para a quantificação da variabilidade e da diferenciação de grupamentos genéticos de búfalos no Brasil. Conclui-se, também, que os cinco grupos genéticos estudados podem ser considerados populações geneticamente distintas, reforçando a necessidade de conservação dos grupos Carabao e Baio. |
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O DNA genômico foi extraído dos linfócitos. Um total de 98 marcadores RAPD foi gerado com bandas variando de 344 a 2036 pb a partir da amplificação de amostras utilizando 21 primers de 10 - mers. Para esses marcadores a análise de variância molecular (AMOVA) dos cinco grupos estimou a variabilidade genética entre e dentro dos desses grupos em 26,5% e 73,5%, respectivamente, sugerindo uma divergência genética significativa (P<0,0001) entre eles. Para a genotipagem dos locos microssatélites, utilizaram-se sistemas multiplex e fluorescentes, sendo a eletroforese realizada em um seqüenciador automático modelo ABI 3100. Com base nas freqüências alélicas para 13 locos microssatélites, foi possível caracterizar a diversidade dos bubalinos tendo por base os seguintes resultados: foi detectado um total de 121 alelos, variando de quatro a treze por loco, com média igual a 9,31. 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Conclui-se, também, que os cinco grupos genéticos estudados podem ser considerados populações geneticamente distintas, reforçando a necessidade de conservação dos grupos Carabao e Baio.The knowledge of the genetic diversity is a main issue to elaborate goals for conservation of genetic diversity, as well as for the overall improvement of the breeds. Aspects regarding population reduction profoundly impacted genome variation in two groups of buffaloes from Brazil and they are now considered threatened populations, at risk of extinction. Brazilian genetic stocks of buffaloes have been maintained in the Animal Germplasm Bank of East Amazon (BAGAM) in the Marajó lsland, which is the germplasm bank for the conservation of animal genetic resources of Embrapa East Amazon. ln Brazil there are four buffaloes breeds: Murah, Jafarabadi, Mediterrâneo and Carabao as well as Baio Type. The Baio and the Carabao breeds constitute the small populations at risk of extinction mentioned above. Murah, Jafarabadi and Mediterrâneo are improved breeds maintained with commercial purposes. Twelve stocks from different places in Brazil, ranging from the very North to the very South were used to assay for genetic markers, totalizing 233 buffaloes studied for RAPD and 382 for microsatellite markers. 21 primers were used to amplify fragments varying from 344 to 2036 bp, which generated a total of 98 RAPD markers. The structure and genetic variation among the five groups were tested through the molecular variance decomposition (AMOVA). Genetic variability within and between the groups gave values of respectively, 73.5% and 26.5%. Microsatellite DNA markers were analyzed by using Real-time PCR (ABI 3100), with 13 primers pairs, and a fluorescent dye was used for the detection of the PCR products. The results revealed a total of 121 alleles. The highest number of alleles (13) was detected at the CSSM33 locos and the lowest (4) at the ILSTS05 locos. On average 9.31 polymorphic alleles per locos were found. The estimated gene frequencies for the 13 microsatellite loci permitted us to calculate genetic diversity. Polymorphic information content was estimated as 0.624 and expected heterozygosity as 0.625. The AMOVA analysis for the microsatellite loci gave values of 87.73% and 12.27% for the genetic variability within and between the five groups, respectively. Our analysis revealed high genetic diversity in all examined populations (P<0.0001) which had already been verified with de RAPD markers. The combination of the two methodologies permitted us to conclude that both genetic markers are efficient to quantify variability in stocks of buffaloes in Brazil, and also to conclude that the five studied groups are distinct genetic populations. This fact reinforces the necessity of a plan of conservation for Carabao and Baio groups.Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPContel, Eucleia Primo BetioliAlbuquerque, Maria do Socorro Maués2005-05-03info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttps://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/17/17135/tde-14082024-160451/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2024-08-14T19:17:02Zoai:teses.usp.br:tde-14082024-160451Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212024-08-14T19:17:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false |
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