Caracterização molecular de isolados ambientais de Enterobacterales resistentes aos antimicrobianos e tolerantes aos metais

• Autor(a) principal: Rosa, Rafael da Silva
• Data de Publicação: 2023
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
• Texto Completo: https://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/60/60141/tde-29082023-161207/
• topic: Antimicrobial resistance; Enterobacterales; Enterobacterales; Metal tolerance; One health; Resistência aos antimicrobianos; Saúde única; Sequenciamento completo do genoma; Tolerância aos metais; Whole genome sequencing

As espécies da ordem Enterobacterales são micro-organismos oportunistas envolvidos em uma grande variedade de infecções, principalmente em seres humanos. Essas infecções são agravadas quando associadas às linhagens multidrogas resistentes (MDR). As Enterobacterales estão amplamente distribuídas em diferentes nichos, incluindo fontes ambientais. Os ecossistemas aquáticos são reconhecidos como importantes reservatórios de bactérias MDR e seus genes de resistências aos antimicrobianos (ARGs), os quais podem atuar co-selecionando bactérias tolerantes aos metais através da aquisição de plasmídeos. Nesse sentido, este estudo teve como objetivo caracterizar fenotipicamente e molecularmente isolados ambientais de Enterobacterales obtidos de diferentes mananciais do estado de São Paulo. Um total de 86 amostras de água foram coletadas de 57 cidades. A partir disso, 254 isolados foram obtidos, sendo 56 deles pertencentes a ordem Enterobacterales, incluindo Klebsiella pneumoniae, Klebsiella quasipneumoniae, Escherichia coli, Serratia marcescens e complexo Enterobacter cloacae. Dentre os isolados obtidos, 46 foram classificados como MDR, visto que exibiram amplos perfis de resistência aos β-lactâmicos, aos aminoglicosídeos, às fluorquinolonas, às tetraciclinas, às sulfonamidas, aos fenicóis e à colistina. Um total de 415 amplicons de ARGs foram encontrados, destacando os genes blaKPC, blaNDM, blaCTX-M-like e blaGES Dentre os ARGs detectados, os genes blaTEM, oqxA, oqxB, sul2, tetA e aac(3\')-IIa foram os mais prevalentes. Em relação a tolerância aos metais, foi detectada tolerância à prata, ao cobre, ao cádmio e ao mercúrio, e os seguintes genes de tolerância (MTGs) foram encontrados: rncA, silA, pcoA, merA e chrA. Além disso, uma grande variedade de replicons de plasmídeos foi identificada, incluindo ColE-like, IncF, IncN, IncA/C, IncFIB, IncFIA, IncR, IncI, IncH1, IncU e IncP. A análise baseada em sequência de genoma completo revelou que os isolados de K. pneumoniae pertenciam ao grupo pandêmico clonal 258. O gene blaKPC-2 foi identificado em um plasmídeo IncN-pST15 associado ao Tn4401, enquanto que o gene blaNDM-1 foi encontrado no plasmídeo IncC3 associado ao Tn125-like. O gene blaCTX-M-15 foi detectado em um plasmídeo multireplicon IncF abrigando a estrutura genética ISEcp1-blaCTX-M-15-Δorf477-ΔTn3-like. A presença de Enterobacterales MDR em mananciais sugere que esse ambiente continua atuando como reservatório de bactérias MDR e seus ARGs e também MTGs, contribuindo para a evolução e a disseminação da resistência entre diferentes nichos e espécies.