Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Oliveira Neto, Mario de
Data de Publicação: 2008
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
Texto Completo: http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18112008-132202/
Resumo: O espalhamento de raios X a baixo ângulo tem se mostrado uma poderosa ferramenta na ánalise estrutural de proteínas em solução. Estudos em condições próximas ao estado nativo podem ser realizados, permitindo a visualização tridimensional de proteínas ou complexos formados. A tese apresentada aborda a teoria envolvida para utilização desta ferramenta. Uma nova metodologia foi proposta para a determinação da massa molecular de proteínas em solução, utilizando apenas uma curva de SAXS em unidades arbitrárias, visto que até o momento, este procedimento era realizado em comparação com outra proteína padrão de peso molecular conhecido. Com relação à instrumentação científica, um equipamento de SAXS foi desenvolvido no Instituto de Física de São Carlos, permitindo agora que medidas de SAXS em proteínas em solução sejam realizadas no instituto. Clonagem, expressão e purificação foram realizadas para o domínio de ligação ao DNA da isoforma do receptor tireoideano humano, a caracterização experimental desta proteína foi realizada por anisotropia de fluorescência, crosslink e SAXS. Após formação do complexo DNA-proteína, F2-DBD hTR, o mesmo foi submetido a cristalização, os cristais obtidos para o complexo não apresentaram padrão de difração e modelos de baixa resolução foram gerados utilizando SAXS. Além disso, estudos de baixo ângulo foram realizados linha de SAXS do LNLS para a enzima ferredoxina redutase de leptospira interrogans e para o complexo formado por interleucina-22 e pelo receptor interleucina-22, sendo seus modelos tridimensionais resolvidos.
id USP_fcaa9a73b66113df1024fd7d701a41d5
oai_identifier_str oai:teses.usp.br:tde-18112008-132202
network_acronym_str USP
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository_id_str 2721
spelling Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínasSmall Angle X ray Scattering applied to protein characterization studiesSAXS. nuclear receptor. IL-22/IL-22R1. ferredoxinSAXS. receptores nucleares. IL-22/IL-22R1. ferredoxina.O espalhamento de raios X a baixo ângulo tem se mostrado uma poderosa ferramenta na ánalise estrutural de proteínas em solução. Estudos em condições próximas ao estado nativo podem ser realizados, permitindo a visualização tridimensional de proteínas ou complexos formados. A tese apresentada aborda a teoria envolvida para utilização desta ferramenta. Uma nova metodologia foi proposta para a determinação da massa molecular de proteínas em solução, utilizando apenas uma curva de SAXS em unidades arbitrárias, visto que até o momento, este procedimento era realizado em comparação com outra proteína padrão de peso molecular conhecido. Com relação à instrumentação científica, um equipamento de SAXS foi desenvolvido no Instituto de Física de São Carlos, permitindo agora que medidas de SAXS em proteínas em solução sejam realizadas no instituto. Clonagem, expressão e purificação foram realizadas para o domínio de ligação ao DNA da isoforma do receptor tireoideano humano, a caracterização experimental desta proteína foi realizada por anisotropia de fluorescência, crosslink e SAXS. Após formação do complexo DNA-proteína, F2-DBD hTR, o mesmo foi submetido a cristalização, os cristais obtidos para o complexo não apresentaram padrão de difração e modelos de baixa resolução foram gerados utilizando SAXS. Além disso, estudos de baixo ângulo foram realizados linha de SAXS do LNLS para a enzima ferredoxina redutase de leptospira interrogans e para o complexo formado por interleucina-22 e pelo receptor interleucina-22, sendo seus modelos tridimensionais resolvidos.Small angle X-ray scattering has been proven to be a powerful tool in the structural analysis of proteins in solution. This technique permits the three-dimensional visualization of native proteins envelop at the level of nanometers. In this study we discuss the small angle X-ray scattering theory and we proposed a new methodology to determine the molecular weight of proteins in solution, using only SAXS curve in arbitrary units. Prior the development of this method, the proteins molecular weighs were calculated by comparison with another of known size, usually bovine serum albumin. We also assembled SAXS equipment at the Physics Institute of São Carlos, which will permits in house measurements; as well as the cloning, expression and purification of DBD hTR, followed by the characterization of this protein by fluorescence anisotropy, crosslink and SAXS. The DNA-protein complex, F2-DBD hTR, was subjected to crystallization assays. Although, the crystals obtained for the complex showed no pattern of diffraction we were able to generate low-resolution models for the F2-DBD hTR using SAXS analysis. Moreover, the studies of the protein LepFNR and the complex IL-22/IL-22R1 by small angle X-ray scattering were performed in the line of SAXS of the LNLS, and their threedimensional models were resolvedBiblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USPPolikarpov, IgorOliveira Neto, Mario de2008-09-26info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesisapplication/pdfhttp://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18112008-132202/reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USPinstname:Universidade de São Paulo (USP)instacron:USPLiberar o conteúdo para acesso público.info:eu-repo/semantics/openAccesspor2016-07-28T16:09:57Zoai:teses.usp.br:tde-18112008-132202Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://www.teses.usp.br/PUBhttp://www.teses.usp.br/cgi-bin/mtd2br.plvirginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.bropendoar:27212016-07-28T16:09:57Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)false
dc.title.none.fl_str_mv Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
Small Angle X ray Scattering applied to protein characterization studies
title Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
spellingShingle Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
Oliveira Neto, Mario de
SAXS. nuclear receptor. IL-22/IL-22R1. ferredoxin
SAXS. receptores nucleares. IL-22/IL-22R1. ferredoxina.
title_short Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
title_full Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
title_fullStr Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
title_full_unstemmed Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
title_sort Espalhamento de raios-X a baixo ângulo aplicado ao estudo estrutural de proteínas
author Oliveira Neto, Mario de
author_facet Oliveira Neto, Mario de
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Polikarpov, Igor
dc.contributor.author.fl_str_mv Oliveira Neto, Mario de
dc.subject.por.fl_str_mv SAXS. nuclear receptor. IL-22/IL-22R1. ferredoxin
SAXS. receptores nucleares. IL-22/IL-22R1. ferredoxina.
topic SAXS. nuclear receptor. IL-22/IL-22R1. ferredoxin
SAXS. receptores nucleares. IL-22/IL-22R1. ferredoxina.
description O espalhamento de raios X a baixo ângulo tem se mostrado uma poderosa ferramenta na ánalise estrutural de proteínas em solução. Estudos em condições próximas ao estado nativo podem ser realizados, permitindo a visualização tridimensional de proteínas ou complexos formados. A tese apresentada aborda a teoria envolvida para utilização desta ferramenta. Uma nova metodologia foi proposta para a determinação da massa molecular de proteínas em solução, utilizando apenas uma curva de SAXS em unidades arbitrárias, visto que até o momento, este procedimento era realizado em comparação com outra proteína padrão de peso molecular conhecido. Com relação à instrumentação científica, um equipamento de SAXS foi desenvolvido no Instituto de Física de São Carlos, permitindo agora que medidas de SAXS em proteínas em solução sejam realizadas no instituto. Clonagem, expressão e purificação foram realizadas para o domínio de ligação ao DNA da isoforma do receptor tireoideano humano, a caracterização experimental desta proteína foi realizada por anisotropia de fluorescência, crosslink e SAXS. Após formação do complexo DNA-proteína, F2-DBD hTR, o mesmo foi submetido a cristalização, os cristais obtidos para o complexo não apresentaram padrão de difração e modelos de baixa resolução foram gerados utilizando SAXS. Além disso, estudos de baixo ângulo foram realizados linha de SAXS do LNLS para a enzima ferredoxina redutase de leptospira interrogans e para o complexo formado por interleucina-22 e pelo receptor interleucina-22, sendo seus modelos tridimensionais resolvidos.
publishDate 2008
dc.date.none.fl_str_mv 2008-09-26
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/doctoralThesis
format doctoralThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18112008-132202/
url http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/76/76132/tde-18112008-132202/
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.none.fl_str_mv
dc.rights.driver.fl_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
info:eu-repo/semantics/openAccess
rights_invalid_str_mv Liberar o conteúdo para acesso público.
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.coverage.none.fl_str_mv
dc.publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
publisher.none.fl_str_mv Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
dc.source.none.fl_str_mv
reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
instname:Universidade de São Paulo (USP)
instacron:USP
instname_str Universidade de São Paulo (USP)
instacron_str USP
institution USP
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da USP - Universidade de São Paulo (USP)
repository.mail.fl_str_mv virginia@if.usp.br|| atendimento@aguia.usp.br||virginia@if.usp.br
_version_ 1815257115604811776