DNA barcoding para discriminação de espécies congêneras de Cambeva (Teleostei)
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Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Dissertação |
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Título da fonte: | Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
Texto Completo: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/27950 |
Resumo: | O rio Iguaçu é um curso d’água com várias quedas de água e sua geomorfologia permitiu um elevado endemismo da ictiofauna. Sua exuberante foz, as Cataratas do Iguaçu, tornam a bacia conhecida mundialmente, com grande apelo ao turismo, sendo extremamente importante ainda para o fornecimento básico de água, produção de energia elétrica, pesca, agricultura, dentre outros. Devido a esta grande utilização dos seus recursos também recebe altas cargas de poluição antrópica, sendo catalogado como o segundo rio mais poluído do Brasil. Dentre as espécies endêmicas de peixes encontradas no rio Iguaçu está o Cambeva mboycy, a qual encontra-se em risco de extinção (categoria em perigo), sem estudos a seu respeito. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi utilizar a técnica de DNA Barcoding para avaliar a diversidade genética e compreender os padrões filogeográficos de espécies de peixes do gênero Cambeva e comparar com populações de dois locais geograficamente separados na região do Baixo Iguaçu. Os animais foram obtidos em tributários localizados nas cidades de Dois Vizinhos e Cascavel, nas regiões sudoeste e oeste do estado do Paraná, respectivamente. Foram coletados 113 indivíduos e realizado a extração do DNA a partir de um fragmento de músculo do peixe. Após isso, o DNA individual foi amplificado por PCR, utilizando um fragmento do gene COI. O DNA amplificado foi sequenciado e 45 amostras foram obtidas. As sequências foram editadas e alinhadas manualmente com o programa BioEdit, comparada por meio do programa MEGA X e a árvore filogenética foi construída utilizando algoritmo neighbor-joining. As sequências de DNA barcoding, juntamente com outras informações, serão disponibilizadas no banco de dados mundial para os peixes; Fish Barcode of Life Initiative (FISH BOL). Percebeu-se que as variações genéticas observadas nas espécies de Cambeva associaram-se às localidades, sendo possível observar através da árvore filogenética, ao invés de espécies, deixando sugestivamente que a geomorfologia do rio Iguaçu impõe uma barreira geográfica para a troca gênica, contribuindo para o processo de especiação do gênero e aumentando o endemismo. |
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Dentre as espécies endêmicas de peixes encontradas no rio Iguaçu está o Cambeva mboycy, a qual encontra-se em risco de extinção (categoria em perigo), sem estudos a seu respeito. Neste sentido, o objetivo do presente trabalho foi utilizar a técnica de DNA Barcoding para avaliar a diversidade genética e compreender os padrões filogeográficos de espécies de peixes do gênero Cambeva e comparar com populações de dois locais geograficamente separados na região do Baixo Iguaçu. Os animais foram obtidos em tributários localizados nas cidades de Dois Vizinhos e Cascavel, nas regiões sudoeste e oeste do estado do Paraná, respectivamente. Foram coletados 113 indivíduos e realizado a extração do DNA a partir de um fragmento de músculo do peixe. Após isso, o DNA individual foi amplificado por PCR, utilizando um fragmento do gene COI. O DNA amplificado foi sequenciado e 45 amostras foram obtidas. As sequências foram editadas e alinhadas manualmente com o programa BioEdit, comparada por meio do programa MEGA X e a árvore filogenética foi construída utilizando algoritmo neighbor-joining. As sequências de DNA barcoding, juntamente com outras informações, serão disponibilizadas no banco de dados mundial para os peixes; Fish Barcode of Life Initiative (FISH BOL). Percebeu-se que as variações genéticas observadas nas espécies de Cambeva associaram-se às localidades, sendo possível observar através da árvore filogenética, ao invés de espécies, deixando sugestivamente que a geomorfologia do rio Iguaçu impõe uma barreira geográfica para a troca gênica, contribuindo para o processo de especiação do gênero e aumentando o endemismo.The Iguaçu River is a watercourse with several waterfalls and its geomorphology allowed a high endemism of the ichthyofauna. Its exuberant mouth, the Iguaçu Falls, make the basin known worldwide, with great appeal to tourism, being extremely important for the basic supply of water, production of electricity, fishing, agriculture, among others. Due to this great use of its resources, it also receives high loads of anthropogenic pollution, being ranked as the second most polluted river in Brazil. Among the endemic species of fish found in the Iguaçu River is the Cambeva mboycy, which is at risk of extinction (endangered category), with no studies about it. In this sense, the aim of the present work was to use the technique of DNA Barcoding to assess the genetic diversity and understand the phylogeographic patterns of fish species of the genus Cambeva and compare them with populations from two geographically separated locations in the Baixo Iguaçu region. The animals were obtained from tributaries located in the cities of Dois Vizinhos and Cascavel, in the southwest and west regions of the state of Paraná, respectively. 113 individuals were collected and DNA extraction from a fish muscle fragment was performed. After that, the individual DNA was amplified by PCR, using a fragment of the COI gene. Amplified DNA was sequenced and 45 samples were obtained. The sequences were edited and aligned manually with the BioEdit program, compared using the MEGA X program and the phylogenetic tree was built using the neighbor-joining algorithm. The barcoding DNA sequences, along with other information, will be made available in the world fish database; Fish Barcode of Life Initiative (FISH-BOL). It was noticed that the genetic variations observed in Cambeva species were associated with localities, making it possible to observe through the phylogenetic tree, instead of species, suggesting that the geomorphology of the Iguaçu River imposes a geographic barrier to gene exchange, contributing to the speciation process of the genus and increasing endemism.Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES)Fundação Araucária de Apoio ao Desenvolvimento Científico e Tecnológico do ParanáporUniversidade Tecnológica Federal do ParanáDois VizinhosPrograma de Pós-Graduação em AgroecossistemasUTFPRBrasilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICAS::GENETICA::GENETICA ANIMALAgronomiaPeixes - PesquisaÁgua - PoluiçãoGenética animalFishes - ResearchWater - PollutionAnimal geneticsDNA barcoding para discriminação de espécies congêneras de Cambeva (Teleostei)DNA barcoding for discrimination of Cambeva species (Teleostei)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisDois VizinhosOliveira, Elton Celton dehttps://orcid.org/0000-0003-1066-5404http://lattes.cnpq.br/6913303562015770Maniglia, Thiago Cintrahttps://orcid.org/0000-0002-8741-3777http://lattes.cnpq.br/6369955002305436Oliveira, Elton Celton dehttps://orcid.org/0000-0003-1066-5404http://lattes.cnpq.br/6913303562015770Mota, Thais Fernandes Mendonçahttps://orcid.org/0000-0002-4813-6834http://lattes.cnpq.br/9466213477060438Fabrin, Thomaz Mansini Carrenhohttps://orcid.org/0000-0002-4529-7106http://lattes.cnpq.br/9081574432311495https://orcid.org/0000-0002-1592-640Xhttp://lattes.cnpq.br/1771716882986766Silva, Indianara Carniel dareponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALdnabarcodingespeciescambeva.pdfapplication/pdf1643489http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/27950/1/dnabarcodingespeciescambeva.pdf37f2bccd1e65917f5d3b1d0522a7eb9cMD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8805http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/27950/4/license_rdf4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347MD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81290http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/27950/5/license.txtb9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95bMD55TEXTdnabarcodingespeciescambeva.pdf.txtdnabarcodingespeciescambeva.pdf.txtExtracted texttext/plain64386http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/27950/6/dnabarcodingespeciescambeva.pdf.txtea970a832ac32b634a993e3d50be4315MD56THUMBNAILdnabarcodingespeciescambeva.pdf.jpgdnabarcodingespeciescambeva.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1211http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/27950/7/dnabarcodingespeciescambeva.pdf.jpgecd5515a73889e3f35addefd7f46a55eMD571/279502022-04-12 03:07:08.83oai:repositorio.utfpr.edu.br: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ório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2022-04-12T06:07:08Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false |
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