Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
Texto Completo: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30174 |
Resumo: | A quantidade de informação de um sistema pode ser medida pela entropia. Um caso particular de sistema é uma rede formada pela interação entre genes, conhecida como redes gênicas. Neste trabalho estuda-se como uma entropia não-extensiva, a entropia de Tsallis, pode fornecer a maior quantidade de informação para as redes gênicas, através da escolha do melhor parâmetro não-extensivo q. Mostra-se que é possível obter numericamente o melhor parâmetro, e que ele depende do número de graus de liberdade do sistema, no caso binário o melhor valor sendo aproximadamente 2, 46. Esse resultado é testado no contexto da inferências de redes gênicas, inicialmente com portas lógicas, seguido de redes gênicas artificiais e por último com dados experimentais obtidos no desafio DREAM4. Por m, são comparados com resultados de trabalhos anteriores, indicando a adequação da entropia de Tsallis na inferência de redes gênicas. |
id |
UTFPR-12_1cda9e344810c354c748baff45f4a40e |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.utfpr.edu.br:1/30174 |
network_acronym_str |
UTFPR-12 |
network_name_str |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
repository_id_str |
|
spelling |
2022-11-24T15:53:16Z2022-11-24T15:53:16Z2021-12-21AMADOR, Cassio Henrique dos Santos. Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2021.http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30174A quantidade de informação de um sistema pode ser medida pela entropia. Um caso particular de sistema é uma rede formada pela interação entre genes, conhecida como redes gênicas. Neste trabalho estuda-se como uma entropia não-extensiva, a entropia de Tsallis, pode fornecer a maior quantidade de informação para as redes gênicas, através da escolha do melhor parâmetro não-extensivo q. Mostra-se que é possível obter numericamente o melhor parâmetro, e que ele depende do número de graus de liberdade do sistema, no caso binário o melhor valor sendo aproximadamente 2, 46. Esse resultado é testado no contexto da inferências de redes gênicas, inicialmente com portas lógicas, seguido de redes gênicas artificiais e por último com dados experimentais obtidos no desafio DREAM4. Por m, são comparados com resultados de trabalhos anteriores, indicando a adequação da entropia de Tsallis na inferência de redes gênicas.The amount of information in a system can be measured by entropy. A particular case of a system is a network formed by the interaction between genes, known as gene networks. In this work we study how one type of non-extensive entropy, Tsallis entropy, can provide the greatest amount of information for gene networks, through the choice of the best non-extensive parameter q. It is shown that it is possible to obtain numerically the best parameter, and that it depends on the number of degrees of freedom of the system, in the binary case the best value being approximately 2.46. This result is tested in the context of gene network inferences, initially with logic gates, followed by artificial gene networks and finally with experimental data obtained from the DREAM4 challenge. At last, these results are compared with results from previous works, indicating the adequacy of Tsallis entropy for the inference of gene networks.porUniversidade Tecnológica Federal do ParanáCornelio ProcopioPrograma de Pós-Graduação em BioinformáticaUTFPRBrasilCNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRAEngenharia/Tecnologia/GestãoEntropiaInferência (Lógica)Álgebra booleanaEntropyInferenceAlgebra, BooleanEstudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisCornélio ProcópioLopes, Fabricio Martinshttp://orcid.org/0000-0002-8786-3313http://lattes.cnpq.br/1660070580824436Kashiwabara, Andre Yoshiakihttp://lattes.cnpq.br/3194328548975437Vicente, Fabio Fernandes da Rochahttp://lattes.cnpq.br/5799700325728628Lopes, Fabricio Martinshttp://lattes.cnpq.br/1660070580824436Hashimoto, Ronaldo Fumiohttp://lattes.cnpq.br/9283304583756076https://orcid.org/0000-0001-7111-0619http://lattes.cnpq.br/6506728481019083Amador, Cassio Henrique dos Santosinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALentropiadetsallisredesgenicas.pdfapplication/pdf1669056http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/1/entropiadetsallisredesgenicas.pdfcb4fb96e9900286bd43aa69a504ed61aMD51TEXTentropiadetsallisredesgenicas.pdf.txtentropiadetsallisredesgenicas.pdf.txtExtracted texttext/plain106111http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/2/entropiadetsallisredesgenicas.pdf.txtb3fe676cdc75b2c050067c3ab7303f27MD52THUMBNAILentropiadetsallisredesgenicas.pdf.jpgentropiadetsallisredesgenicas.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1223http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/3/entropiadetsallisredesgenicas.pdf.jpgd04b12043604097491180f122325cd58MD531/301742022-11-25 04:06:53.401oai:repositorio.utfpr.edu.br:1/30174Repositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2022-11-25T06:06:53Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
title |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
spellingShingle |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas Amador, Cassio Henrique dos Santos CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA Entropia Inferência (Lógica) Álgebra booleana Entropy Inference Algebra, Boolean Engenharia/Tecnologia/Gestão |
title_short |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
title_full |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
title_fullStr |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
title_full_unstemmed |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
title_sort |
Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas |
author |
Amador, Cassio Henrique dos Santos |
author_facet |
Amador, Cassio Henrique dos Santos |
author_role |
author |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Lopes, Fabricio Martins |
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv |
http://orcid.org/0000-0002-8786-3313 |
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/1660070580824436 |
dc.contributor.referee1.fl_str_mv |
Kashiwabara, Andre Yoshiaki |
dc.contributor.referee1Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/3194328548975437 |
dc.contributor.referee2.fl_str_mv |
Vicente, Fabio Fernandes da Rocha |
dc.contributor.referee2Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/5799700325728628 |
dc.contributor.referee3.fl_str_mv |
Lopes, Fabricio Martins |
dc.contributor.referee3Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/1660070580824436 |
dc.contributor.referee4.fl_str_mv |
Hashimoto, Ronaldo Fumio |
dc.contributor.referee4Lattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/9283304583756076 |
dc.contributor.authorID.fl_str_mv |
https://orcid.org/0000-0001-7111-0619 |
dc.contributor.authorLattes.fl_str_mv |
http://lattes.cnpq.br/6506728481019083 |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Amador, Cassio Henrique dos Santos |
contributor_str_mv |
Lopes, Fabricio Martins Kashiwabara, Andre Yoshiaki Vicente, Fabio Fernandes da Rocha Lopes, Fabricio Martins Hashimoto, Ronaldo Fumio |
dc.subject.cnpq.fl_str_mv |
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA |
topic |
CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA Entropia Inferência (Lógica) Álgebra booleana Entropy Inference Algebra, Boolean Engenharia/Tecnologia/Gestão |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Entropia Inferência (Lógica) Álgebra booleana Entropy Inference Algebra, Boolean |
dc.subject.capes.pt_BR.fl_str_mv |
Engenharia/Tecnologia/Gestão |
description |
A quantidade de informação de um sistema pode ser medida pela entropia. Um caso particular de sistema é uma rede formada pela interação entre genes, conhecida como redes gênicas. Neste trabalho estuda-se como uma entropia não-extensiva, a entropia de Tsallis, pode fornecer a maior quantidade de informação para as redes gênicas, através da escolha do melhor parâmetro não-extensivo q. Mostra-se que é possível obter numericamente o melhor parâmetro, e que ele depende do número de graus de liberdade do sistema, no caso binário o melhor valor sendo aproximadamente 2, 46. Esse resultado é testado no contexto da inferências de redes gênicas, inicialmente com portas lógicas, seguido de redes gênicas artificiais e por último com dados experimentais obtidos no desafio DREAM4. Por m, são comparados com resultados de trabalhos anteriores, indicando a adequação da entropia de Tsallis na inferência de redes gênicas. |
publishDate |
2021 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2021-12-21 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2022-11-24T15:53:16Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2022-11-24T15:53:16Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
AMADOR, Cassio Henrique dos Santos. Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2021. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30174 |
identifier_str_mv |
AMADOR, Cassio Henrique dos Santos. Estudo da entropia de tsallis para a inferência de redes gênicas. 2021. Dissertação (Mestrado em Bioinformática) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Cornélio Procópio, 2021. |
url |
http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/30174 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná Cornelio Procopio |
dc.publisher.program.fl_str_mv |
Programa de Pós-Graduação em Bioinformática |
dc.publisher.initials.fl_str_mv |
UTFPR |
dc.publisher.country.fl_str_mv |
Brasil |
publisher.none.fl_str_mv |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná Cornelio Procopio |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) instacron:UTFPR |
instname_str |
Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) |
instacron_str |
UTFPR |
institution |
UTFPR |
reponame_str |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
collection |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/1/entropiadetsallisredesgenicas.pdf http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/2/entropiadetsallisredesgenicas.pdf.txt http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/30174/3/entropiadetsallisredesgenicas.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
cb4fb96e9900286bd43aa69a504ed61a b3fe676cdc75b2c050067c3ab7303f27 d04b12043604097491180f122325cd58 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR) |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1805923205373755392 |