Desenvolvimento de um biomarcador molecular baseado no comprimento de telômeros em peixes da espécie Rhamdia quelen (ordem siluriforme)
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Data de Publicação: | 2021 |
Tipo de documento: | Trabalho de conclusão de curso |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) |
Texto Completo: | http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/29466 |
Resumo: | Nas últimas décadas, o Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal (CONCEA) visa estabelecer a diretriz dos 3Rs: do inglês Replace (Substituição), Reduce (Redução) e Refine (Refinamento). Neste contexto, há a necessidade de adaptar ensaios ecotoxicológicos para novos bioindicadores, sendo priorizado a adoção de peixes nas novas pesquisas. Um campo que vem ganhando destaque nos últimos anos é a mensuração de telômeros, sendo que estes são estruturas presentes nas extremidades dos cromossomos sendo constituídos de DNA não codificante atuam na proteção do DNA e na regulação da senescência celular, retardando o encurtamento cromossômico e a eventual perda de regiões de genes codificantes a cada divisão celular. Nesse panorama, esta pesquisa tem por objetivo a elaboração de um protocolo padronizado de mensuração de telômeros, capaz de analisar o estresse oxidativo causado por poluentes em peixes de clima neotropical da espécie Rhamdia quelen, popularmente conhecido como Jundiá. Para esta pesquisa foram adquiridos cinco indivíduos provenientes do grupo controle de um bioensaio de exposição a efluente têxtil na piscicultura da UTFPR - Campus Dois Vizinhos. Foi coletado amostras de músculo dos indivíduos, sendo estes armazenados em temperatura de -80°C até posterior etapa de extração e amplificação do DNA. A amplificação do DNA foi realizada por duas técnicas, a primeira, denominada PCR endpoint caracterizada por ser uma técnica qualitativa e que foi utilizada para fornecer parâmetros iniciais para amplificar a região telomérica, uma vez que está técnica é mais acessível que a segunda técnica utilizada nesta pesquisa, denominada qPCR, também denominada PCR quantitativa. Através da qPCR é possível efetivamente mensurar o tamanho relativo dos telômeros com base na mensuração de um gene endógeno, aqui utilizado o gene GAPDH. A padronização foi obtida com sucesso tanto para telômeros quanto para o gene GAPDH, com cycle threshold (Ct) médio de 15,251 e 29,773, respectivamente. Através dos Cts médios foi possível calcular o valor de ACt, o qual fornece a diferença na quantidade de moléculas, em ciclos, da região alvo e do gene endógeno. A diferença entre a região telomérica de Rhamdia quelen e o gene endógeno GAPDH é de 14,522, ou seja, são necessários 14,5 ciclos a mais para iniciar o sinal de amplificação do gene GAPDH. Através da obtenção deste valor, pode-se concluir que, em ensaios ecotoxicológicos futuros, valores abaixo de 14,522 podem significar alteração em telômeros, resultado de estresse oxidativo causados por um ou mais poluentes presentes no meio em que o bioindicador está exposto. |
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2022-08-31T13:24:10Z2022-08-31T13:24:10Z2021-12-10ZIMMER, Douglas Fernando. Desenvolvimento de um biomarcador molecular baseado no comprimento de telômeros em peixes da espécie Rhamdia quelen (ordem siluriforme). 2021. Trabalho de Conclusão de Curso (Graduação em Ciências Biológicas) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná, Dois Vizinhos, 2021.http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/29466Nas últimas décadas, o Conselho Nacional de Controle de Experimentação Animal (CONCEA) visa estabelecer a diretriz dos 3Rs: do inglês Replace (Substituição), Reduce (Redução) e Refine (Refinamento). Neste contexto, há a necessidade de adaptar ensaios ecotoxicológicos para novos bioindicadores, sendo priorizado a adoção de peixes nas novas pesquisas. Um campo que vem ganhando destaque nos últimos anos é a mensuração de telômeros, sendo que estes são estruturas presentes nas extremidades dos cromossomos sendo constituídos de DNA não codificante atuam na proteção do DNA e na regulação da senescência celular, retardando o encurtamento cromossômico e a eventual perda de regiões de genes codificantes a cada divisão celular. Nesse panorama, esta pesquisa tem por objetivo a elaboração de um protocolo padronizado de mensuração de telômeros, capaz de analisar o estresse oxidativo causado por poluentes em peixes de clima neotropical da espécie Rhamdia quelen, popularmente conhecido como Jundiá. Para esta pesquisa foram adquiridos cinco indivíduos provenientes do grupo controle de um bioensaio de exposição a efluente têxtil na piscicultura da UTFPR - Campus Dois Vizinhos. Foi coletado amostras de músculo dos indivíduos, sendo estes armazenados em temperatura de -80°C até posterior etapa de extração e amplificação do DNA. A amplificação do DNA foi realizada por duas técnicas, a primeira, denominada PCR endpoint caracterizada por ser uma técnica qualitativa e que foi utilizada para fornecer parâmetros iniciais para amplificar a região telomérica, uma vez que está técnica é mais acessível que a segunda técnica utilizada nesta pesquisa, denominada qPCR, também denominada PCR quantitativa. Através da qPCR é possível efetivamente mensurar o tamanho relativo dos telômeros com base na mensuração de um gene endógeno, aqui utilizado o gene GAPDH. A padronização foi obtida com sucesso tanto para telômeros quanto para o gene GAPDH, com cycle threshold (Ct) médio de 15,251 e 29,773, respectivamente. Através dos Cts médios foi possível calcular o valor de ACt, o qual fornece a diferença na quantidade de moléculas, em ciclos, da região alvo e do gene endógeno. A diferença entre a região telomérica de Rhamdia quelen e o gene endógeno GAPDH é de 14,522, ou seja, são necessários 14,5 ciclos a mais para iniciar o sinal de amplificação do gene GAPDH. Através da obtenção deste valor, pode-se concluir que, em ensaios ecotoxicológicos futuros, valores abaixo de 14,522 podem significar alteração em telômeros, resultado de estresse oxidativo causados por um ou mais poluentes presentes no meio em que o bioindicador está exposto.In recent decades, the National Council for Control of Animal Experimentation (CONCEA) has aimed to establish the 3Rs guideline: Replace, Reduce, and Refine. In this context, there is a need to adapt ecotoxicological tests to new bioindicators, with the adoption of fish being prioritized in new research. A field that has been gaining prominence in recent years is the measurement of telomeres, which are structures present at the ends of chromosomes and are composed of non-coding DNA, acting in DNA protection and regulation of cell senescence, delaying chromosome shortening and the eventual loss of coding gene regions at each cell division. In this scenario, this research aims to develop a standardized protocol for measuring telomeres, capable of analyzing oxidative stress caused by pollutants in neotropical fish of the species Rhamdia quelen, popularly known as Jundiá. For this research, five individuals from the control group of a bioassay of exposure to textile effluent at the UTFPR fish farm - Campus Dois Vizinhos were acquired. Muscle samples were collected from the individuals and stored at -80'C until the next DNA extraction and amplification step. DNA amplification was performed by two techniques, the first, called endpoint PCR, characterized as a qualitative technique that was used to provide initial parameters for amplifying the telomeric region, since this technique is more accessible than the second technique used in this research, called qPCR, also known as quantitative PCR. Through qPCR, it is possible to effectively measure the relative size of telomeres based on the measurement of an endogenous gene, here used the GAPDH gene. The standardization was successfully obtained for both telomeres and the GAPDH gene, with a mean cycle threshold (Ct) of 15.251 and 29.773, respectively. Using the average Cts it was possible to calculate the value of Act, which provides the difference in the amount of molecules, in cycles, of the target region and the endogenous gene. The difference between the telomeric region of Rhamdia quelen and the endogenous GAPDH gene is 14.522, that is, 14.5 more cycles are needed to start the amplification signal of the GAPDH gene. By obtaining this value, we can conclude that, in future ecotoxicological tests, values below 14.522 may mean changes in telomeres as a result of oxidative stress caused by one or more pollutants present in the environment to which the bioindicator is exposed.Conselho Nacional do Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq)porUniversidade Tecnológica Federal do ParanáDois VizinhosLicenciatura em Ciências BiológicasUTFPRBrasilAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessCNPQ::CIENCIAS BIOLOGICASTelômeroPeixesDNATelomereFishesDesenvolvimento de um biomarcador molecular baseado no comprimento de telômeros em peixes da espécie Rhamdia quelen (ordem siluriforme)Development of a molecular biomarker based on the length of telomeres in fish of the species Rhamdia quelen (siluriform order)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisDois VizinhosGhisi, Nédia de CastilhosBarros, Flavia Regina Oliveira deLeite, Deborah Catharine de AssisHernández, Hilda Vanessa PoquiomaPerini, Hugo FelixZimmer, Douglas Fernandoreponame:Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))instname:Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)instacron:UTFPRORIGINALprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdfprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdfapplication/pdf652248http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/29466/1/protocolotelomerorhamdiaquelen.pdf095685bcb03ae80a4b5a0c2156839f59MD51CC-LICENSElicense_rdflicense_rdfapplication/rdf+xml; charset=utf-8805http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/29466/2/license_rdf4460e5956bc1d1639be9ae6146a50347MD52LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81290http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/29466/3/license.txtb9d82215ab23456fa2d8b49c5df1b95bMD53TEXTprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.txtprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.txtExtracted texttext/plain62420http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/29466/4/protocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.txt9030e08aed51cbb25fe268a63a8f239bMD54THUMBNAILprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.jpgprotocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1251http://repositorio.utfpr.edu.br:8080/jspui/bitstream/1/29466/5/protocolotelomerorhamdiaquelen.pdf.jpg250e4c7fa70d16f760b99e484fcb9416MD551/294662022-09-01 03:07:12.751oai:repositorio.utfpr.edu.br:1/29466TmEgcXVhbGlkYWRlIGRlIHRpdHVsYXIgZG9zIGRpcmVpdG9zIGRlIGF1dG9yIGRhIHB1YmxpY2HDp8OjbywgYXV0b3Jpem8gYSBVVEZQUiBhIHZlaWN1bGFyLCAKYXRyYXbDqXMgZG8gUG9ydGFsIGRlIEluZm9ybWHDp8OjbyBlbSBBY2Vzc28gQWJlcnRvIChQSUFBKSBlIGRvcyBDYXTDoWxvZ29zIGRhcyBCaWJsaW90ZWNhcyAKZGVzdGEgSW5zdGl0dWnDp8Ojbywgc2VtIHJlc3NhcmNpbWVudG8gZG9zIGRpcmVpdG9zIGF1dG9yYWlzLCBkZSBhY29yZG8gY29tIGEgTGVpIG5vIDkuNjEwLzk4LCAKbyB0ZXh0byBkZXN0YSBvYnJhLCBvYnNlcnZhbmRvIGFzIGNvbmRpw6fDtWVzIGRlIGRpc3BvbmliaWxpemHDp8OjbyByZWdpc3RyYWRhcyBubyBpdGVtIDQgZG8gCuKAnFRlcm1vIGRlIEF1dG9yaXphw6fDo28gcGFyYSBQdWJsaWNhw6fDo28gZGUgVHJhYmFsaG9zIGRlIENvbmNsdXPDo28gZGUgQ3Vyc28gZGUgR3JhZHVhw6fDo28gZSAKRXNwZWNpYWxpemHDp8OjbywgRGlzc2VydGHDp8O1ZXMgZSBUZXNlcyBubyBQb3J0YWwgZGUgSW5mb3JtYcOnw6NvIGUgbm9zIENhdMOhbG9nb3MgRWxldHLDtG5pY29zIGRvIApTaXN0ZW1hIGRlIEJpYmxpb3RlY2FzIGRhIFVURlBS4oCdLCBwYXJhIGZpbnMgZGUgbGVpdHVyYSwgaW1wcmVzc8OjbyBlL291IGRvd25sb2FkLCB2aXNhbmRvIGEgCmRpdnVsZ2HDp8OjbyBkYSBwcm9kdcOnw6NvIGNpZW50w61maWNhIGJyYXNpbGVpcmEuCgogIEFzIHZpYXMgb3JpZ2luYWlzIGUgYXNzaW5hZGFzIHBlbG8ocykgYXV0b3IoZXMpIGRvIOKAnFRlcm1vIGRlIEF1dG9yaXphw6fDo28gcGFyYSBQdWJsaWNhw6fDo28gZGUgClRyYWJhbGhvcyBkZSBDb25jbHVzw6NvIGRlIEN1cnNvIGRlIEdyYWR1YcOnw6NvIGUgRXNwZWNpYWxpemHDp8OjbywgRGlzc2VydGHDp8O1ZXMgZSBUZXNlcyBubyBQb3J0YWwgCmRlIEluZm9ybWHDp8OjbyBlIG5vcyBDYXTDoWxvZ29zIEVsZXRyw7RuaWNvcyBkbyBTaXN0ZW1hIGRlIEJpYmxpb3RlY2FzIGRhIFVURlBS4oCdIGUgZGEg4oCcRGVjbGFyYcOnw6NvIApkZSBBdXRvcmlh4oCdIGVuY29udHJhbS1zZSBhcnF1aXZhZGFzIG5hIEJpYmxpb3RlY2EgZG8gQ8OibXB1cyBubyBxdWFsIG8gdHJhYmFsaG8gZm9pIGRlZmVuZGlkby4gCk5vIGNhc28gZGUgcHVibGljYcOnw7VlcyBkZSBhdXRvcmlhIGNvbGV0aXZhIGUgbXVsdGljw6JtcHVzLCBvcyBkb2N1bWVudG9zIGZpY2Fyw6NvIHNvYiBndWFyZGEgZGEgCkJpYmxpb3RlY2EgY29tIGEgcXVhbCBvIOKAnHByaW1laXJvIGF1dG9y4oCdIHBvc3N1YSB2w61uY3Vsby4KRepositório de PublicaçõesPUBhttp://repositorio.utfpr.edu.br:8080/oai/requestopendoar:2022-09-01T06:07:12Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT)) - Universidade Tecnológica Federal do Paraná (UTFPR)false |
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