miRQuest: um middleware para investigação de miRNAs

• Autor(a) principal: Ambrosio, Rosana Ressa Aguiar
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))
• Texto Completo: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/2899
• topic: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA; Bioinformática; Ácido ribonucleico - Síntese; Teoria da previsão; Bioinformatics; RNA - Synthesis; Prediction theory; Ciência da Computação

RNAs não codificadores são RNAs transcritos, mas não traduzidos, que possuem funções importantíssimas para a regulação dos processos biológicos celulares. Dentre as diversas classes de ncRNAs, a dos miRNAs é a que desperta maior interesse de pesquisa pela comunidade científica atualmente. miRNAs são pequenos RNAs, que contêm cerca de 22 nucleotídeos (nt), que atuam como inibidores/silenciadores pós-transcricionais. Dada sua importância, identificar essa classe de ncRNA permite descobrir possíveis novos microRNAs, bem como seu papel regulatório que pode estar ligado a diversos processos biológicos. A bioinformática, por meio da análise in silico dos microRNA, via abordagens de reconhecimento de padrões, por exemplo, contribuiu muito para identificação e anotação dessa classe de ncRNA. Isso permitiu o desenvolvimento de novas técnicas, métodos e abordagens computacionais que fossem capazes de contribuir, de maneira mais eficiente, com as análises e interpretação da grande massa de dados biológicos que vêm sendo gerados com maior frequência, principalmente nos últimos anos. Apesar de existir grande variedade de abordagens computacionais descritas para a identificação de microRNAs, em sua grande maioria, estas apresentam algum tipo de limitação (e.g. desatualizadas, não mais disponíveis). Desse modo, este trabalho apresenta o miRQuest, um sistema integrado que foi construído, utilizando-se um padrão de desenvolvimento em camadas, via tecnologia de middleware, em uma plataforma web para a investigação miRNA que contém duas funções principais: (i) a integração de diferentes ferramentas de previsão miRNA para identificação miRNA em um ambiente amigável; e (ii) a comparação entre essas ferramentas de previsão. O miRQuest não introduz um novo modelo computacional para predição de miRNAs, mas, sim, uma nova metodologia que permite executar simultaneamente diferentes técnicas de identificação de miRNA.