Análise bioinformática de RNAs não-codificantes no genoma de coffea canephora

• Autor(a) principal: Lemos, Samara Mireza Correia de
• Data de Publicação: 2018
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da UTFPR (da Universidade Tecnológica Federal do Paraná (RIUT))
• Texto Completo: http://repositorio.utfpr.edu.br/jspui/handle/1/3421
• topic: CNPQ::CIENCIAS EXATAS E DA TERRA; Genômica; Café; Bioinformática; Genomics; Coffee; Bioinformatics; Genética

Coffea canephora, também conhecida como café Robusta, tem grande importância comercial e pertence ao gênero Coffea, da família Rubiaceae. Seus grãos são commodities altamente comercializadas no mundo inteiro e sua produção corresponde a aproximadamente 40% da produção mundial e 24% da produção brasileira. É a única espécie do gênero com dados públicos de genoma sequenciado até o momento. RNAs não codificadores (ncRNAs) são importantes produtos transcricionais por estarem envolvidos na regulação do genomas, nas respostas ao ambiente e ao desenvolvimento dos organismos. Em plantas há poucos estudos sobre ncRNAs em comparação com animais; quase nenhum desses estudo avalia ncRNAs em nível genômico, e os estudos genômicos estão limitados a classes específicas sobretudo de espécies vegetais modelo. Deste modo, este estudo tem por objetivo a identificação computacional de ncRNAs no genoma de C. canephora. Realizamos a identificação de seis classes de ncRNAs - tRNAs, rRNAs, miRNAs, snRNAs, snoRNAs e lncRNAs - com busca por identidade de nucleotídeos e similaridade estrutural, com validação das anotações em dados de transcriptoma. Identificamos 589 RNAs transportadores, 86 RNAs ribossomais, 3 microRNAs, 115 RNAs pequenos nucleares, 99 RNAs pequenos nucleolares e 3176 RNAs longos não-codificantes. Estes dados consistem no maior catálogo genômico curado de ncRNAs em Coffea até o momento. Os dados são comparáveis a outras espécies angiospermas, mas há amplo grau de variação entre as abordagens de identificação de ncRNAs. A principal contribuição deste trabalho consiste na disponibilização de dados que auxiliarão na elaboração de hipóteses mais robustas em futuros estudos de genômica comparativa, regulação gênica e dinâmica de componentes do genoma. Estas informações podem auxiliar na compreensão da base molecular da domesticação, adaptação ao ambiente, resistência à pragas e doenças, e aspectos relacionados à produtividade no cafeeiro.