Degenerate-bases: criação de bancos de dados a partir de oligonucleotídeos com bases degeneradas / Degenerate-bases: databases creation from oligonucleotides with degenerated bases

• Autor(a) principal: Galvão, Paulo Vinícius Castro
• Data de Publicação: 2021
• Outros Autores: Nascimento, Whendel Mesquita do, Barbosa Filho, Roberto Alexandre Alves
• Tipo de documento: Artigo
• Idioma: por
• Título da fonte: Revista Veras
• Texto Completo: https://ojs.brazilianjournals.com.br/ojs/index.php/BRJD/article/view/40982
• topic: Bioinformática; Banco de dados; Algoritmo; Biotecnologia.

Nas últimas décadas, o uso de oligonucleotídeos desenhados pela Bioinformática tem aumentado consideravelmente devido à criação de novas tecnologias que fazem uso dessas moléculas. Dentro desse contexto, a utilização de oligonucleotídeos contendo bases degeneradas tem sido observada em variações da PCR, sequenciamento, na produção de sondas, aptâmeros entre outras moléculas. Diante desse cenário, torna-se necessária a criação de uma ferramenta capaz de gerar todas as possibilidades que uma sequência com bases degeneradas pode fornecer, tornando possível a criação de um banco de dados local para análises in silico. Este artigo descreve um software desenvolvido para analisar uma sequência de oligonucleotídeos contendo bases degeneradas e gerar, a partir dessa sequência, um arquivo com todas as sequências possíveis com as bases não degeneradas considerando a conversão das bases degeneradas em bases convencionais. O software obteve sucesso nos testes de validação com sequências de comprimentos variados, contendo bases convencionais e degeneradas, o que influencia diretamente o tempo de processamento.