Phenotypic profiles and detection of target genes by PCR in isolates from different sources and reference strains, identified as Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Warnken, Márcia Barbosa
Data de Publicação: 2012
Outros Autores: Brandão, Marcelo Luiz Lima, Souza, Aline Encarnação, Romão, Célia Maria Carvalho Pereira Araújo, Nogueira, Ana Cristina Martins de Almeida, Destro, Maria Teresa
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/9190
Resumo: Cronobacter (Enterobacter sakazakii) é um novo gênero da família Enterobacteriaceae, reconhecido como responsável pelo elevado número de casos fatais em neonatos após consumo de fórmulas infantis. Os métodos convencionais de detecção desses micro-organismos são demorados e de sensibilidade inadequada. A ISO/TS 22964:2006 é a metodologia padronizada mais recentemente para detecção de Cronobacter. Este estudo teve como objetivo identificar como Cronobacter spp. os isolados brasileiros previamente classificados como E. sakazakii, comparar as características de 37 culturas de Cronobacter e não-Cronobacter e avaliar os kits miniaturizados e a ISO/TS 22964:2006. Foi também desenvolvido um protocolo convencional de PCR com alvo em dnaG. A maioria dos isolados brasileiros não foi confirmada como Cronobacter spp., e o enriquecimento seletivo da metodologia ISO foi inibitório para algumas cepas de Cronobacter. O kit ID 32E demonstrou desempenho mais confiável. O protocolo de PCR com alvo em gluA apresentou resultados consistentes com o ID 32E, e o protocolo com alvo em dnaG foi 100% sensível e específico. Portanto, os protocolos de PCR com alvo em gluA e dnaG podem ser usados para complementar a detecção e identificação de Cronobacter spp. após o emprego de métodos de isolamento e identificação convencionais.
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Este estudo teve como objetivo identificar como Cronobacter spp. os isolados brasileiros previamente classificados como E. sakazakii, comparar as características de 37 culturas de Cronobacter e não-Cronobacter e avaliar os kits miniaturizados e a ISO/TS 22964:2006. Foi também desenvolvido um protocolo convencional de PCR com alvo em dnaG. A maioria dos isolados brasileiros não foi confirmada como Cronobacter spp., e o enriquecimento seletivo da metodologia ISO foi inibitório para algumas cepas de Cronobacter. O kit ID 32E demonstrou desempenho mais confiável. O protocolo de PCR com alvo em gluA apresentou resultados consistentes com o ID 32E, e o protocolo com alvo em dnaG foi 100% sensível e específico. Portanto, os protocolos de PCR com alvo em gluA e dnaG podem ser usados para complementar a detecção e identificação de Cronobacter spp. após o emprego de métodos de isolamento e identificação convencionais.Cronobacter, formerly known as Enterobacter sakazakii, is a novel genus of the Enterobacteriaceae family recognized as a cause of high number of fatal cases in neonates, after consuming infant formula. The conventional methods for detecting these organisms are time-consuming and lack sensitivity. The ISO/TS 22964:2006 is the most recently standardized methodology for detecting Cronobacter in powdered infant formula. This study aimed at confirming the Brazilian isolates previously identified as E. sakazakiias Cronobacter spp. by biochemical assays, and also to compare characteristics of 37 Cronobacter andnon-Cronobacter isolates; and the miniaturized kits and the ISO/TS methodology were evaluated. Aconventional PCR protocol targeting dnaG was also developed and a previously described gluA targeting protocol was used. The majority of the Brazilian isolates were not confirmed as Cronobacter spp., and the selective enrichment step of ISO/TS methodology was inhibitory to some Cronobacter strains. The ID 32E was the most reliable kit. The PCR protocol targeting gluA showed consistent results with ID 32E and the developed dnaG PCR protocol was 100% sensitive and specific. Thus, the PCR protocols targeting gluAand dnaG might be used to complement the Cronobacter spp. detection or identification after performing the conventional isolation and identification methods.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Departamento de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Departamento de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Departamento de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Departamento de Microbiologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Departamento de Imunologia. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade de São Paulo. Faculdade de Ciências Farmacêuticas. Departamento de Alimentos e Nutrição Experimental. São Paulo, SP, Brasil.engInstituto Adolfo LutzCronobacter spp.Enterobacter sakazakiiISO/TS 22964:2006PCRCaracterização FenotípicaCronobacter spp.Enterobacter sakazakiiISO/TS 22964:2006PCRPhenotypic CharacterizationCronobacter sakazakiiContaminação de AlimentosNormas TécnicasReação em Cadeia da PolimeraseFenótipoPhenotypic profiles and detection of target genes by PCR in isolates from different sources and reference strains, identified as Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii)Perfis fenotípicos e detecção de genes alvo por PCR em isolados de diferentes origens e cepas de referência identificados como Cronobacter spp. (Enterobacter sakazakii)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81914https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/9190/1/license.txt7d48279ffeed55da8dfe2f8e81f3b81fMD51ORIGINALRIAL_71_21-31.pdfRIAL_71_21-31.pdfapplication/pdf259366https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/9190/2/RIAL_71_21-31.pdf877dbe41fb3cf0716a157e61681b4747MD52TEXTRIAL_71_21-31.pdf.txtRIAL_71_21-31.pdf.txtExtracted texttext/plain54207https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/9190/3/RIAL_71_21-31.pdf.txtd92f67d2905b41cacd3bb2aaa6f0c329MD53icict/91902019-04-18 13:40:39.993oai:www.arca.fiocruz.br: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ório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-04-18T16:40:39Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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