Three SARS-CoV-2 reinfection cases by the new Variant of Concern (VOC) P.1/501Y.V3
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Resumo: | A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/ |
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Naveca, FelipeCosta, Cristiano daNascimento, ValdineteSouza, VictorCorado, AndréNascimento, FernandaCosta, ÁgathaDuarte, DéboraSilva, GeorgeMejía, MatildePessoa, KarinaGonçalves, LucianaBrandão, Maria JúliaJesus, MicheleSilva, MarineideMattos, TirzaAbdalla, Lígia FernandesSantos, João HugoCosta-Filho, RubensSekizuka, TsuyoshiItokawa, KentaroHashino, MasanoriKuroda, MakotoSiqueira, Marilda MendonçaWallau, Gabriel LuzDelatorre, EdsonGräf, TiagoBello, GonzaloResende, Paola Cristina2022-04-27T15:02:27Z2022-04-27T15:02:27Z2021NAVECA, Felipe et al. Three SARS-CoV-2 reinfection cases by the new variant of concern (VOC) P.1/501Y.V3. Research Square, p. 1-13, 2021.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/5243410.21203/rs.3.rs-318392/v1A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/Neste relatório (pre-print), são apresentados três casos de reinfecção causados pela Variante de Preocupação (VOC) P.1, também conhecida como “cepa de Manaus”. As três pacientes eram mulheres adultas, e tiveram a primeira infecção durante a primeira onda da pandemia na primeira metade de 2020. Nos três casos, a linhagem detectada no primeiro diagnóstico molecular era diferente da encontrada posteriormente, evidência da reinfecção. Dois dos casos de reinfecção tiveram apresentação de sintomas leves, enquanto o terceiro foi assintomático, apesar de a quantidade de material genético viral detectado sugerir cargas virais elevadas. As evidências aqui apresentadas sugerem que a imunidade após infecção primária por linhagens anteriores à circulação daquelas contendo a mutação E484K não impede uma nova infecção pela variante P.1, e nem mesmo que pessoas reinfectadas por esta variante espalhem o vírus, embora seja possível que tenha protegido estas três pacientes do desenvolvimento de sintomas graves.The SARS-CoV-2 lineage B.1.1.28 has been evolving in Brazil since February 2020 giving origin to multiple local clades including the new Variant of Concern (VOC) designated P.1 or 501Y.V3. The recent emergence of sub-lineages with convergent mutations in the spike (S) protein raises concern about the potential impact on viral infectivity and immune escape. We describe here the first three confirmed SARSCoV-2 reinfections cases with the new VOC P.1 in residents of the Amazonas state, Brazil. Three female patients, 29, 40, and 50-year-old, were RT-PCR confirmed for SARS-CoV-2 on two occasions, with at least 92 days apart. Next-generation sequencing and phylogenetic analysis were conducted to precisely access the SARS-CoV-2 lineages of each infection event. SARS-CoV-2 genomic analysis confirmed three cases of reinfections caused by the VOC P.1 in patients that were primo-infected by distinct viral lineages 3–9 months earlier. Case 1 (29-year-old) was positive on March 24, 2020 (lineage B.1.195) and then on December 30, 2020 (lineage P.1); case 2 (50-year-old) was positive on October 19, 2020 (lineage B.1.1.33) and on January 19, 2021 (lineage P.1); case 3 (40-year-old) was positive on April 22, 2020 (lineage B.1.195) and on January 29, 2021 (lineage P.1). The three patients displayed low mean Ct values (< 22) at nasopharyngeal samples and reported less severe illness during reinfection. The present study provides the first evidence of the new VOC P.1 causing multiple reinfections during the second epidemic peak in the Amazonas state. Our findings suggest that reinfected individuals may have been infectious. Although immune responses induced by natural infections do not necessarily prevent subsequent infections by the VOC P.1, they may still protect from severe disease.National Council for Scientific and Technological Development (CNPq), Amazonas State Research Support Foundation (FAPEAM), and Fiocruz (Inova).Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Universidade do Estado do Amazonas, Manaus, AM, Brasil.Hospital Adventista de Manaus. Manaus, AM, Brasil.Hospital Pró-Cardíaco. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.National Institute of Infectious Diseases. Pathogen Genomics Center. Tokyo, Japan.National Institute of Infectious Diseases. Pathogen Genomics Center. Tokyo, Japan.National Institute of Infectious Diseases. Pathogen Genomics Center. Tokyo, Japan.National Institute of Infectious Diseases. Pathogen Genomics Center. Tokyo, Japan.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Vitória, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. 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