Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2020 |
Tipo de documento: | Tese |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/54403 |
Resumo: | Historicamente, a utilização de vacinas tem se mostrado a maneira mais eficaz de prevenção a doenças. Durante o processo de produção de vacinas, rígidas normas devem ser seguidas, a fim de minimizar o risco de contaminação microbiana, logo o programa de monitoramento ambiental deve garantir que as áreas produtivas se mantenham dentro dos níveis de controle adequados. Bacillus e gêneros relacionados pertencem aos principais grupos isolados destes ambientes e a sua identificação é particularmente difícil, devido a similaridades entre espécies estreitamente relacionadas. A maioria dos sistemas de identificação microbiana possuem bases de dados direcionadas para micro-organismos de interesse clínico, o que dificulta a identificação de bactérias de origem ambiental. MALDI-TOF MS se apresenta como uma ferramenta promissora na identificação bacteriana, por ser um método rápido, eficaz e de baixo custo. No entanto, a base de dados (BD) ainda é limitada quanto a bactérias de origem ambiental. Este estudo visa a ampliação da BD do programa Saramis associado a MALDI-TOF MS para a melhoria na identificação de Bacillus e gêneros relacionados provenientes de áreas produtivas de uma unidade produtora de imunobiológicos. Para isso, 97 linhagens deste grupo, isoladas entre 2016 e 2017, foram analisadas inicialmente em sistema VITEK® MS RUO, porém 33 delas não foram identificadas. Após introdução de etapa de préextração com ácido fórmico 70%, este número reduziu para 22. A partir da análise do gene 16S rRNA, os seguintes gêneros foram encontrados: Bacillus (53,3%), Penibacillus (30,4%), Cytobacillus (6,5%), Lysinibacillus (4,3%), Metabacillus, Neobacillus, Oceanobacillus, Terribacillus e Sporosarcina (1,1% para cada gênero). Os resultados foram inconclusivos, quanto ao gênero, para cinco linhagens e 12 linhagens foram apontadas como possíveis novas espécies. Quarenta perfis taxonômicos foram identificados e um representante de cada foi selecionado para a análise dos genes rpoB e gyrB. Após análise filogenética dos três genes, 26 linhagens foram identificadas em nível de espécie, 12 em nível de gênero e duas delas foram consideradas inconclusivas. Após as análises, 32 espectros de massa foram incluídos na BD do programa Saramis, a partir das linhagens isoladas em BioManguinhos e 19 espectros foram inseridos a partir de 21 linhagens isoladas de outras salas limpas e cedidas pela Coleção de Bactérias do Ambiente e Saúde (CBAS/IOC/Fiocruz). Inicialmente, das 97 linhagens analisadas, 77,3% foram identificadas por MALDI-TOF MS (gênero ou espécie). A análise do gene 16S rRNA permitiu a identificação de 94,9% das linhagens. Após a ampliação da BD do programa Saramis, o percentual de identificação subiu de 77,3% para 96,9%, superando o percentual de identificação obtido a partir de metodologia genotípica. Das 21 linhagens cedidas pela CBAS, todas foram indentificadas, sendo que 16 não haviam sido identificadas antes da ampliação da BD. Portanto, a identificação molecular de Bacillus e gêneros relacionados, através do sequenciamento de genes housekeeping e a introdução dos espectros obtidos a partir da análise por MALDITOF MS no programa Saramis, de modo a se obter uma BD customizada, se mostrou uma ferramenta extremamente promissora e eficaz na identificação de Bacillus e gêneros relacionados de origem farmacêutica industrial |
id |
CRUZ_27777de4971f2ed3daa1a5d56eefd438 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.arca.fiocruz.br:icict/54403 |
network_acronym_str |
CRUZ |
network_name_str |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
repository_id_str |
2135 |
spelling |
Costa, Luciana Veloso daVieira, Verônica Viana2022-08-04T11:54:55Z2022-08-04T11:54:55Z2020COSTA, Luciana Veloso da. Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas. 2020. 170f. Tese, (Doutorado)-Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2020.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/54403Historicamente, a utilização de vacinas tem se mostrado a maneira mais eficaz de prevenção a doenças. Durante o processo de produção de vacinas, rígidas normas devem ser seguidas, a fim de minimizar o risco de contaminação microbiana, logo o programa de monitoramento ambiental deve garantir que as áreas produtivas se mantenham dentro dos níveis de controle adequados. Bacillus e gêneros relacionados pertencem aos principais grupos isolados destes ambientes e a sua identificação é particularmente difícil, devido a similaridades entre espécies estreitamente relacionadas. A maioria dos sistemas de identificação microbiana possuem bases de dados direcionadas para micro-organismos de interesse clínico, o que dificulta a identificação de bactérias de origem ambiental. MALDI-TOF MS se apresenta como uma ferramenta promissora na identificação bacteriana, por ser um método rápido, eficaz e de baixo custo. No entanto, a base de dados (BD) ainda é limitada quanto a bactérias de origem ambiental. Este estudo visa a ampliação da BD do programa Saramis associado a MALDI-TOF MS para a melhoria na identificação de Bacillus e gêneros relacionados provenientes de áreas produtivas de uma unidade produtora de imunobiológicos. Para isso, 97 linhagens deste grupo, isoladas entre 2016 e 2017, foram analisadas inicialmente em sistema VITEK® MS RUO, porém 33 delas não foram identificadas. Após introdução de etapa de préextração com ácido fórmico 70%, este número reduziu para 22. A partir da análise do gene 16S rRNA, os seguintes gêneros foram encontrados: Bacillus (53,3%), Penibacillus (30,4%), Cytobacillus (6,5%), Lysinibacillus (4,3%), Metabacillus, Neobacillus, Oceanobacillus, Terribacillus e Sporosarcina (1,1% para cada gênero). Os resultados foram inconclusivos, quanto ao gênero, para cinco linhagens e 12 linhagens foram apontadas como possíveis novas espécies. Quarenta perfis taxonômicos foram identificados e um representante de cada foi selecionado para a análise dos genes rpoB e gyrB. Após análise filogenética dos três genes, 26 linhagens foram identificadas em nível de espécie, 12 em nível de gênero e duas delas foram consideradas inconclusivas. Após as análises, 32 espectros de massa foram incluídos na BD do programa Saramis, a partir das linhagens isoladas em BioManguinhos e 19 espectros foram inseridos a partir de 21 linhagens isoladas de outras salas limpas e cedidas pela Coleção de Bactérias do Ambiente e Saúde (CBAS/IOC/Fiocruz). Inicialmente, das 97 linhagens analisadas, 77,3% foram identificadas por MALDI-TOF MS (gênero ou espécie). A análise do gene 16S rRNA permitiu a identificação de 94,9% das linhagens. Após a ampliação da BD do programa Saramis, o percentual de identificação subiu de 77,3% para 96,9%, superando o percentual de identificação obtido a partir de metodologia genotípica. Das 21 linhagens cedidas pela CBAS, todas foram indentificadas, sendo que 16 não haviam sido identificadas antes da ampliação da BD. Portanto, a identificação molecular de Bacillus e gêneros relacionados, através do sequenciamento de genes housekeeping e a introdução dos espectros obtidos a partir da análise por MALDITOF MS no programa Saramis, de modo a se obter uma BD customizada, se mostrou uma ferramenta extremamente promissora e eficaz na identificação de Bacillus e gêneros relacionados de origem farmacêutica industrialFundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porAmpliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2020Instituto Nacional de Controle de Qualidade em SaúdeFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Vigilância SanitáriaBactérias: classificaçãoBactérias: genéticaBacillus: isolamento e purificaçãoEspectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matrizinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/54403/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL2020_tese_luciana-costa.pdfapplication/pdf3575057https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/54403/2/2020_tese_luciana-costa.pdf3bcd8ef3489a48744ac542b2f9ef521fMD52icict/544032022-08-04 08:54:55.645oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-08-04T11:54:55Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
title |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
spellingShingle |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas Costa, Luciana Veloso da Bactérias: classificação Bactérias: genética Bacillus: isolamento e purificação Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz |
title_short |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
title_full |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
title_fullStr |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
title_full_unstemmed |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
title_sort |
Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas |
author |
Costa, Luciana Veloso da |
author_facet |
Costa, Luciana Veloso da |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Costa, Luciana Veloso da |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Vieira, Verônica Viana |
contributor_str_mv |
Vieira, Verônica Viana |
dc.subject.decs.pt_BR.fl_str_mv |
Bactérias: classificação Bactérias: genética Bacillus: isolamento e purificação Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz |
topic |
Bactérias: classificação Bactérias: genética Bacillus: isolamento e purificação Espectrometria de Massas por Ionização e Dessorção a Laser Assistida por Matriz |
description |
Historicamente, a utilização de vacinas tem se mostrado a maneira mais eficaz de prevenção a doenças. Durante o processo de produção de vacinas, rígidas normas devem ser seguidas, a fim de minimizar o risco de contaminação microbiana, logo o programa de monitoramento ambiental deve garantir que as áreas produtivas se mantenham dentro dos níveis de controle adequados. Bacillus e gêneros relacionados pertencem aos principais grupos isolados destes ambientes e a sua identificação é particularmente difícil, devido a similaridades entre espécies estreitamente relacionadas. A maioria dos sistemas de identificação microbiana possuem bases de dados direcionadas para micro-organismos de interesse clínico, o que dificulta a identificação de bactérias de origem ambiental. MALDI-TOF MS se apresenta como uma ferramenta promissora na identificação bacteriana, por ser um método rápido, eficaz e de baixo custo. No entanto, a base de dados (BD) ainda é limitada quanto a bactérias de origem ambiental. Este estudo visa a ampliação da BD do programa Saramis associado a MALDI-TOF MS para a melhoria na identificação de Bacillus e gêneros relacionados provenientes de áreas produtivas de uma unidade produtora de imunobiológicos. Para isso, 97 linhagens deste grupo, isoladas entre 2016 e 2017, foram analisadas inicialmente em sistema VITEK® MS RUO, porém 33 delas não foram identificadas. Após introdução de etapa de préextração com ácido fórmico 70%, este número reduziu para 22. A partir da análise do gene 16S rRNA, os seguintes gêneros foram encontrados: Bacillus (53,3%), Penibacillus (30,4%), Cytobacillus (6,5%), Lysinibacillus (4,3%), Metabacillus, Neobacillus, Oceanobacillus, Terribacillus e Sporosarcina (1,1% para cada gênero). Os resultados foram inconclusivos, quanto ao gênero, para cinco linhagens e 12 linhagens foram apontadas como possíveis novas espécies. Quarenta perfis taxonômicos foram identificados e um representante de cada foi selecionado para a análise dos genes rpoB e gyrB. Após análise filogenética dos três genes, 26 linhagens foram identificadas em nível de espécie, 12 em nível de gênero e duas delas foram consideradas inconclusivas. Após as análises, 32 espectros de massa foram incluídos na BD do programa Saramis, a partir das linhagens isoladas em BioManguinhos e 19 espectros foram inseridos a partir de 21 linhagens isoladas de outras salas limpas e cedidas pela Coleção de Bactérias do Ambiente e Saúde (CBAS/IOC/Fiocruz). Inicialmente, das 97 linhagens analisadas, 77,3% foram identificadas por MALDI-TOF MS (gênero ou espécie). A análise do gene 16S rRNA permitiu a identificação de 94,9% das linhagens. Após a ampliação da BD do programa Saramis, o percentual de identificação subiu de 77,3% para 96,9%, superando o percentual de identificação obtido a partir de metodologia genotípica. Das 21 linhagens cedidas pela CBAS, todas foram indentificadas, sendo que 16 não haviam sido identificadas antes da ampliação da BD. Portanto, a identificação molecular de Bacillus e gêneros relacionados, através do sequenciamento de genes housekeeping e a introdução dos espectros obtidos a partir da análise por MALDITOF MS no programa Saramis, de modo a se obter uma BD customizada, se mostrou uma ferramenta extremamente promissora e eficaz na identificação de Bacillus e gêneros relacionados de origem farmacêutica industrial |
publishDate |
2020 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2020 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2022-08-04T11:54:55Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2022-08-04T11:54:55Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/doctoralThesis |
format |
doctoralThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
COSTA, Luciana Veloso da. Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas. 2020. 170f. Tese, (Doutorado)-Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2020. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/54403 |
identifier_str_mv |
COSTA, Luciana Veloso da. Ampliação do banco de dados para Bacillus e gêneros relacionados em sistema MALDI-TOF MS para a identificação de microbiota de áreas limpas farmacêuticas. 2020. 170f. Tese, (Doutorado)-Instituto Nacional de Controle de Qualidade em Saúde, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2020. |
url |
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/54403 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) instacron:FIOCRUZ |
instname_str |
Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
instacron_str |
FIOCRUZ |
institution |
FIOCRUZ |
reponame_str |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
collection |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/54403/1/license.txt https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/54403/2/2020_tese_luciana-costa.pdf |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 3bcd8ef3489a48744ac542b2f9ef521f |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
repository.mail.fl_str_mv |
repositorio.arca@fiocruz.br |
_version_ |
1813009298255511552 |