Evolução in vitro do vírus Zika e seu impacto sobre a aptidão viral em diferentes modelos biológicos – in vitro e in vivo

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Nascimento, Valdinete Alves do
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/53306
Resumo: As infecções ocasionadas por arbovírus representam sérios problemas de saúde pública em regiões tropicais e subtropicais do planeta. No Brasil, além da circulação dos diferentes sorotipos do vírus dengue, no ano de 2015 houve a emergência do vírus (ZIKV), que representou um grande desafio para a saúde pública do país. Este vírus pertence à família Flaviviridae, gênero Flavivirus, sendo, portanto, um vírus de genoma RNA fita simples e de polaridade positiva. É de conhecimento científico que os vírus de genoma RNA possuem altas taxas de variação em suas sequências, relacionadas à falta de atividade de correção da RNA polimerase e a alta taxa de replicação viral. Estas variações podem resultar no acúmulo de mutações que culminem na seleção de uma variante atenuada ou potencialmente mais virulenta. Estudos realizados com a linhagem Asiática demonstraram que durante os últimos 50 anos o ZIKV vem acumulando importantes mutações em seu genoma, além de possíveis eventos de recombinação no envelope e NS5. Foi verificado ainda que amostras isoladas no Brasil possuem em média 18 mutações quando comparadas com amostras isoladas de epidemias em outros países. Considerando a necessidade de uma maior compreensão dos mecanismos relacionados ao processo evolutivo do ZIKV e o fato de sua replicação ser propensa a erros, podendo introduzir continuamente no ambiente novas variantes virais, este trabalho teve como objetivo avaliar a evolução in vitro do vírus Zika e seu impacto sobre a aptidão viral em diferentes modelos biológicos. Foram realizadas duas séries de 40 passagens subsequentes do ZIKV em células oriundas de Aedes albopictus (C6/36) e Aedes aegypti (Aag-2). Ao término do processo de evolução em cada linhagem celular foi obtido o genoma viral da passagem inicial e das passagens múltiplas de cinco até a passagem 40, utilizando a abordagem de sequenciamento de alto rendimento com a tecnologia Illumina. Realizou-se também ensaios para verificar o impacto do processo de evolução sobre a aptidão viral em modelos in vitro, com as células C6/36 e Aag-2, bem como in vivo com os mosquitos Aedes albopictus e Aedes aegypti. No vírus evoluído em C6/36 foram detectadas duas mutações sinônimas na sequência consenso de P40_C6/36, sendo uma na NS1 (T > C) e a outra na NS3 (A > G). Além disso detectou-se 13 sítios variáveis, sendo três mutações sinônimas e 10 não sinônimas, por meio da chamada de variantes, nas regiões codificantes paras as proteínas NS1, NS2A, NS2B, NS3 e NS5. Já no vírus evoluído em Aag-2 foi detectada uma substituição não sinônima na sequência consenso da região codificante para NS5, quanto as variantes minoritárias, foram detectados apenas dois sítios variáveis. Os experimentos in vitro mostraram que o processo de adaptação favoreceu a aptidão viral na linhagem em que o vírus foi evoluído, com maiores cargas virais em diferentes tempos avaliados em experimentos de cinética de infecção. Todavia, os testes in vivo não apresentaram resultados claros apontando a necessidade da realização de novos experimentos. Com os dados obtidos neste estudo espera-se contribuir com o aumento do conhecimento relacionado ao processo evolutivo do ZIKV
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Este vírus pertence à família Flaviviridae, gênero Flavivirus, sendo, portanto, um vírus de genoma RNA fita simples e de polaridade positiva. É de conhecimento científico que os vírus de genoma RNA possuem altas taxas de variação em suas sequências, relacionadas à falta de atividade de correção da RNA polimerase e a alta taxa de replicação viral. Estas variações podem resultar no acúmulo de mutações que culminem na seleção de uma variante atenuada ou potencialmente mais virulenta. Estudos realizados com a linhagem Asiática demonstraram que durante os últimos 50 anos o ZIKV vem acumulando importantes mutações em seu genoma, além de possíveis eventos de recombinação no envelope e NS5. Foi verificado ainda que amostras isoladas no Brasil possuem em média 18 mutações quando comparadas com amostras isoladas de epidemias em outros países. Considerando a necessidade de uma maior compreensão dos mecanismos relacionados ao processo evolutivo do ZIKV e o fato de sua replicação ser propensa a erros, podendo introduzir continuamente no ambiente novas variantes virais, este trabalho teve como objetivo avaliar a evolução in vitro do vírus Zika e seu impacto sobre a aptidão viral em diferentes modelos biológicos. Foram realizadas duas séries de 40 passagens subsequentes do ZIKV em células oriundas de Aedes albopictus (C6/36) e Aedes aegypti (Aag-2). Ao término do processo de evolução em cada linhagem celular foi obtido o genoma viral da passagem inicial e das passagens múltiplas de cinco até a passagem 40, utilizando a abordagem de sequenciamento de alto rendimento com a tecnologia Illumina. Realizou-se também ensaios para verificar o impacto do processo de evolução sobre a aptidão viral em modelos in vitro, com as células C6/36 e Aag-2, bem como in vivo com os mosquitos Aedes albopictus e Aedes aegypti. No vírus evoluído em C6/36 foram detectadas duas mutações sinônimas na sequência consenso de P40_C6/36, sendo uma na NS1 (T > C) e a outra na NS3 (A > G). Além disso detectou-se 13 sítios variáveis, sendo três mutações sinônimas e 10 não sinônimas, por meio da chamada de variantes, nas regiões codificantes paras as proteínas NS1, NS2A, NS2B, NS3 e NS5. Já no vírus evoluído em Aag-2 foi detectada uma substituição não sinônima na sequência consenso da região codificante para NS5, quanto as variantes minoritárias, foram detectados apenas dois sítios variáveis. Os experimentos in vitro mostraram que o processo de adaptação favoreceu a aptidão viral na linhagem em que o vírus foi evoluído, com maiores cargas virais em diferentes tempos avaliados em experimentos de cinética de infecção. Todavia, os testes in vivo não apresentaram resultados claros apontando a necessidade da realização de novos experimentos. Com os dados obtidos neste estudo espera-se contribuir com o aumento do conhecimento relacionado ao processo evolutivo do ZIKVInfections by arboviruses represent serious public health problems in tropical and subtropical regions of the planet. In Brazil, in addition to the circulation of different dengue virus serotypes, in 2015 there was the emergence of the virus (ZIKV), which represented a major challenge for public health in the country. This virus belongs to the Flaviviridae family, Flavivirus genus, being, therefore, a single-stranded RNA genome virus with positive polarity. It is scientific knowledge that RNA genome viruses have high rates of variation in their sequences, related to the lack of RNA polymerase correction activity and the high rate of viral replication. These variations can result in the accumulation of mutations that culminate in the selection of an attenuated or potentially more virulent variant. Studies carried out with the Asian strain have shown that during the last 50 years ZIKV has been accumulating important mutations in its genome, in addition to possible recombination events in the envelope and NS5. It was also found that samples isolated in Brazil have an average of 18 mutations when compared with samples isolated from epidemics in other countries. Considering the need for a better understanding of ZIKV evolutionary process-related mechanisms and the fact that its replication is error-prone and may continuously introduce new viral variants into the environment, this study aimed to evaluate the Zika virus in vitro evolution and its impact on viral fitness in different biological models. Two series of 40 subsequent passages of ZIKV were performed in cells from Aedes albopictus (C6/36) and Aedes aegypti (Aag-2). At the end of the evolution process in each cell line, the viral genome was obtained from the initial passage and from multiple passages from five to passage 40, using the high-throughput sequencing approach with Illumina technology. Tests were also carried out to verify the impact of the evolution process on viral fitness in vitro models, with C6/36 and Aag-2 cells and in vivo with Aedes albopictus and Aedes aegypti mosquitoes. In the virus evolved in C6/36, two synonymous mutations were detected in the consensus sequence of P40_C6/36, one in NS1 (T > C) and the other in NS3 (A > G). In addition, 13 variable sites were detected, being three synonymous and 10 non-synonymous mutations, through the so-called variants, in the coding regions for the NS1, NS2A, NS2B, NS3, and NS5 proteins. In the virus evolved in Aag-2, a non-synonymous substitution was detected in the consensus sequence of the coding region for NS5, as for the minority variants, only two variable sites were detected. The in vitro experiments showed that the adaptation process favored viral fitness in the strain in which the virus was evolved, with higher viral loads at different times evaluated in infection kinetics experiments. However, in vivo tests did not show clear results showing the need for further experiments. With obtained data in this study, we expect to contribute to increasing knowledge related to the evolutionary ZIKV processFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porVirus ZikaEvoluçãoAptidão viralZika vírusEvolução Molecular DirecionadaAptidão GenéticaEvolução in vitro do vírus Zika e seu impacto sobre a aptidão viral em diferentes modelos biológicos – in vitro e in vivoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2021Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzManausPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecularinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53306/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL000250183.pdfapplication/pdf6894657https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/53306/2/000250183.pdff80874284fe6129247fbb5342b247ce5MD52icict/533062022-06-15 22:11:16.803oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352022-06-16T01:11:16Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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