Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2005 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34198 |
Resumo: | O estudo da diversidade genômica e do perfil molecular dos genes pré-S e S em isolados do VHB foi realizado com a utilização de técnicas da PCR (Polymerase chain reaction) e sequenciamento de DNA. Para genotipagem e análises filogenéticas utilizamos 40 amostras do norte e nordeste do Brasil, selecionadas aleatoriamente de pacientes portadores do VHB: 28 pacientes positivos para o AgHBe, na fase aguda da infecção e provenientes de 8alvador-BA; 12 pacientes positivos para o AgHBs, na fase crônica da infecção e provenientes de Rio Branco AC. O DNA do VHB foi detectado por Nested-PCR utilizando-se primers específicos para as regiões pré-S e S. Os produtos amplificados foram seqüenciados e suas seqüências foram analisadas utilizando os programas Phred/phrap e ABI Prism 8EQSCAPE (Applied Biosystems). O alinhamento foi realizado pelo programa ClustalX (v.1.83) e análises filogenéticas foram realizadas pelos programas Mega3 e PAUP. Das 40 amostras oriundas da região norte e nordeste do Brasil, 57,5%(23/40) foram detectáveis por PCR e seqüenciadas. Das amostras provenientes do norte do Brasil verificamos uma diversidade genotípica; com a identificação dos genótipos A (55,6%), D (22,2%) e F (22,2%). Foi demonstrado, também, que na região nordeste, na qual temos poucos estudos dos aspectos genômicos do VHB, a presença do genótipo A (85,7%) e F (14,3%). No estudo destas amostras foram encontrados os seguintes sítios de mutações na região 8 do vírus: P49R, S61L, 186T e L109P, estando esta última na segunda alça imunodominante da proteína 8 (small protein) do envelope viral. Foram identificadas, também, mutações na região pré-S: G02E, Y129H, A79L, e a mutação 885P no elemento regulatório da região promotora do gene S (AgHBs); A mudança do nucleotídeo ocorreu sempre na primeira ou segunda posição do códon, reforçando a hipótese de seleção positiva. Estes resultados corroboram com estudos de mutações nas regiões pré-S/S do VHB e evidenciam a necessidade de se estabelecer uma vigilância molecular com o intuito de identificar a prevalência de mutações nas diversas regiões brasileiras, buscando relacioná-las aos genótipos circulantes diferentes formas de evolução da doença e impacto da vacina. A detecção de mutantes do AgHBs pode, ainda, ser extremamente útil para testes diagnósticos do VHB em doadores de sangue e órgãos. |
id |
CRUZ_40ec34d8ad3347ab2af4a0e4fdbcc260 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:www.arca.fiocruz.br:icict/34198 |
network_acronym_str |
CRUZ |
network_name_str |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
repository_id_str |
2135 |
spelling |
Silva Filho, Hermes Pedreira daNiel, Christian Maurice GabrielAlcântara, Luiz Carlos JuniorReis, Mitermayer Galvão dosReis, Mitermayer Galvão dos2019-07-17T17:48:32Z2019-07-17T17:48:32Z2005SILVA FILHO, Hermes Pedreira. Aplicabilidade dos genes Pré-S e S do vírus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica. 2005. 60 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal da Bahia; Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2005.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34198O estudo da diversidade genômica e do perfil molecular dos genes pré-S e S em isolados do VHB foi realizado com a utilização de técnicas da PCR (Polymerase chain reaction) e sequenciamento de DNA. Para genotipagem e análises filogenéticas utilizamos 40 amostras do norte e nordeste do Brasil, selecionadas aleatoriamente de pacientes portadores do VHB: 28 pacientes positivos para o AgHBe, na fase aguda da infecção e provenientes de 8alvador-BA; 12 pacientes positivos para o AgHBs, na fase crônica da infecção e provenientes de Rio Branco AC. O DNA do VHB foi detectado por Nested-PCR utilizando-se primers específicos para as regiões pré-S e S. Os produtos amplificados foram seqüenciados e suas seqüências foram analisadas utilizando os programas Phred/phrap e ABI Prism 8EQSCAPE (Applied Biosystems). O alinhamento foi realizado pelo programa ClustalX (v.1.83) e análises filogenéticas foram realizadas pelos programas Mega3 e PAUP. Das 40 amostras oriundas da região norte e nordeste do Brasil, 57,5%(23/40) foram detectáveis por PCR e seqüenciadas. Das amostras provenientes do norte do Brasil verificamos uma diversidade genotípica; com a identificação dos genótipos A (55,6%), D (22,2%) e F (22,2%). Foi demonstrado, também, que na região nordeste, na qual temos poucos estudos dos aspectos genômicos do VHB, a presença do genótipo A (85,7%) e F (14,3%). No estudo destas amostras foram encontrados os seguintes sítios de mutações na região 8 do vírus: P49R, S61L, 186T e L109P, estando esta última na segunda alça imunodominante da proteína 8 (small protein) do envelope viral. Foram identificadas, também, mutações na região pré-S: G02E, Y129H, A79L, e a mutação 885P no elemento regulatório da região promotora do gene S (AgHBs); A mudança do nucleotídeo ocorreu sempre na primeira ou segunda posição do códon, reforçando a hipótese de seleção positiva. Estes resultados corroboram com estudos de mutações nas regiões pré-S/S do VHB e evidenciam a necessidade de se estabelecer uma vigilância molecular com o intuito de identificar a prevalência de mutações nas diversas regiões brasileiras, buscando relacioná-las aos genótipos circulantes diferentes formas de evolução da doença e impacto da vacina. A detecção de mutantes do AgHBs pode, ainda, ser extremamente útil para testes diagnósticos do VHB em doadores de sangue e órgãos.The study of genomic diversity of the Hepatitis B Virus (HBV) and the molecular profile of the genes pre-S and S was done with PCR techniques (Polymerase Chain Reaction) and DNA sequencing, in isolated individual carriers of the virus. For phylogenetic analyses and genotyping, we used samples from the North and Northeast of Brazil, randomly selecting 40 sera samples from carriers of HBV; 28 positive HBeAg, patients with acute infection, from Salvador-BA and 12 positive HBsAg, in chronic phase, from Rio Branco-AC. The HBV-DNA was detected by Nested-PCR using specific primers for the pre-S and S regions. The amplified products were sequenced, and were analyzed with the program Phred/phrap and the ABI Prism SEQSCAPE Software versão 2,1 (Applied Biosystems). Alignment was performed by ClustalX (v.1.83) program and phylogenetic analysis was done with the programs Mega3 and PAUP. From the 40 samples from the Northeast and Northeastern regions of Brazil, 57, 5% (23/40) were detectable by PCR and were sequenced. From the samples from the North of Brazil, we found some genotypic diversity, and identifiied the genotypes A (55, 6%), D (22, 2%) and F (22, 2%). We also show that in the Northeastern region, where there are few studies about the genomic aspects of HBV, that we have both genotypes A (85, 7%) and F (14, 3%). In these populations we found the following sites of mutations on the S region of the virus; P49R, S61L, I86T and L109P. The final mutation site above is the last one on the second immune-dominant loop of the viral envelope protein. Mutations were also identified on the pre-S region; G02E, Y129H, A79L, and S85P on the region provider of the gene S (HBsAg). All nucleotideos changes had occurred in to first and second codon position, reinforcing the positive selection pressure hypothesis. These findings corroborate with mutations studies about HBV pre-S/S regions and highlight the need for surveillance programs to address questions as such prevalence of mutations related to specific genotypes, clinical outcome and vaccine impact in same Brazilians regions. The detection of HBsAg could be a useful tool for HBV screening tests in blood donors and organ donos.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, BA, Brasil.porCentro de Pesquisas Gonçalo MonizHepatite BVirus da Hepatite BFilogeniaDiversidade genômicaMutaçãoHepatitis BHepatitis B virusPhylogenyGenomic diversityMutationAplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômicainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2005Coordenação de EnsinoUniversidade Federal da Bahia. Centro de Pesquisas Gonçalo MonizMestrado AcadêmicoSalvador/BAPós-Graduação em Patologiainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALHermes Pedreira da Silva Filho Aplicabiblidade...2005.pdfHermes Pedreira da Silva Filho Aplicabiblidade...2005.pdfapplication/pdf31934212https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/2/Hermes%20Pedreira%20da%20Silva%20Filho%20Aplicabiblidade...2005.pdf6841aa6bd4e40e6419eac058cacf8701MD52TEXTHermes Pedreira da Silva Filho Aplicabiblidade...2005.pdf.txtHermes Pedreira da Silva Filho Aplicabiblidade...2005.pdf.txtExtracted texttext/plain132823https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/3/Hermes%20Pedreira%20da%20Silva%20Filho%20Aplicabiblidade...2005.pdf.txt8708aede4e43fca02251546659bf8037MD53icict/341982019-07-18 02:01:39.406oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-07-18T05:01:39Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
dc.title.pt_BR.fl_str_mv |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
title |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
spellingShingle |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica Silva Filho, Hermes Pedreira da Hepatite B Virus da Hepatite B Filogenia Diversidade genômica Mutação Hepatitis B Hepatitis B virus Phylogeny Genomic diversity Mutation |
title_short |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
title_full |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
title_fullStr |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
title_full_unstemmed |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
title_sort |
Aplicabilidade dos genes Pré-S do virus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica |
author |
Silva Filho, Hermes Pedreira da |
author_facet |
Silva Filho, Hermes Pedreira da |
author_role |
author |
dc.contributor.member.none.fl_str_mv |
Niel, Christian Maurice Gabriel Alcântara, Luiz Carlos Junior Reis, Mitermayer Galvão dos |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Silva Filho, Hermes Pedreira da |
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv |
Reis, Mitermayer Galvão dos |
contributor_str_mv |
Reis, Mitermayer Galvão dos |
dc.subject.other.pt_BR.fl_str_mv |
Hepatite B Virus da Hepatite B Filogenia Diversidade genômica Mutação |
topic |
Hepatite B Virus da Hepatite B Filogenia Diversidade genômica Mutação Hepatitis B Hepatitis B virus Phylogeny Genomic diversity Mutation |
dc.subject.en.pt_BR.fl_str_mv |
Hepatitis B Hepatitis B virus Phylogeny Genomic diversity Mutation |
description |
O estudo da diversidade genômica e do perfil molecular dos genes pré-S e S em isolados do VHB foi realizado com a utilização de técnicas da PCR (Polymerase chain reaction) e sequenciamento de DNA. Para genotipagem e análises filogenéticas utilizamos 40 amostras do norte e nordeste do Brasil, selecionadas aleatoriamente de pacientes portadores do VHB: 28 pacientes positivos para o AgHBe, na fase aguda da infecção e provenientes de 8alvador-BA; 12 pacientes positivos para o AgHBs, na fase crônica da infecção e provenientes de Rio Branco AC. O DNA do VHB foi detectado por Nested-PCR utilizando-se primers específicos para as regiões pré-S e S. Os produtos amplificados foram seqüenciados e suas seqüências foram analisadas utilizando os programas Phred/phrap e ABI Prism 8EQSCAPE (Applied Biosystems). O alinhamento foi realizado pelo programa ClustalX (v.1.83) e análises filogenéticas foram realizadas pelos programas Mega3 e PAUP. Das 40 amostras oriundas da região norte e nordeste do Brasil, 57,5%(23/40) foram detectáveis por PCR e seqüenciadas. Das amostras provenientes do norte do Brasil verificamos uma diversidade genotípica; com a identificação dos genótipos A (55,6%), D (22,2%) e F (22,2%). Foi demonstrado, também, que na região nordeste, na qual temos poucos estudos dos aspectos genômicos do VHB, a presença do genótipo A (85,7%) e F (14,3%). No estudo destas amostras foram encontrados os seguintes sítios de mutações na região 8 do vírus: P49R, S61L, 186T e L109P, estando esta última na segunda alça imunodominante da proteína 8 (small protein) do envelope viral. Foram identificadas, também, mutações na região pré-S: G02E, Y129H, A79L, e a mutação 885P no elemento regulatório da região promotora do gene S (AgHBs); A mudança do nucleotídeo ocorreu sempre na primeira ou segunda posição do códon, reforçando a hipótese de seleção positiva. Estes resultados corroboram com estudos de mutações nas regiões pré-S/S do VHB e evidenciam a necessidade de se estabelecer uma vigilância molecular com o intuito de identificar a prevalência de mutações nas diversas regiões brasileiras, buscando relacioná-las aos genótipos circulantes diferentes formas de evolução da doença e impacto da vacina. A detecção de mutantes do AgHBs pode, ainda, ser extremamente útil para testes diagnósticos do VHB em doadores de sangue e órgãos. |
publishDate |
2005 |
dc.date.issued.fl_str_mv |
2005 |
dc.date.accessioned.fl_str_mv |
2019-07-17T17:48:32Z |
dc.date.available.fl_str_mv |
2019-07-17T17:48:32Z |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.citation.fl_str_mv |
SILVA FILHO, Hermes Pedreira. Aplicabilidade dos genes Pré-S e S do vírus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica. 2005. 60 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal da Bahia; Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2005. |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34198 |
identifier_str_mv |
SILVA FILHO, Hermes Pedreira. Aplicabilidade dos genes Pré-S e S do vírus da Hepatite B (VHB) nos estudos de diversidade genômica. 2005. 60 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal da Bahia; Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2005. |
url |
https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/34198 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.publisher.none.fl_str_mv |
Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz |
publisher.none.fl_str_mv |
Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) instacron:FIOCRUZ |
instname_str |
Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
instacron_str |
FIOCRUZ |
institution |
FIOCRUZ |
reponame_str |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
collection |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
bitstream.url.fl_str_mv |
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/1/license.txt https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/2/Hermes%20Pedreira%20da%20Silva%20Filho%20Aplicabiblidade...2005.pdf https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/34198/3/Hermes%20Pedreira%20da%20Silva%20Filho%20Aplicabiblidade...2005.pdf.txt |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 6841aa6bd4e40e6419eac058cacf8701 8708aede4e43fca02251546659bf8037 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ) |
repository.mail.fl_str_mv |
repositorio.arca@fiocruz.br |
_version_ |
1798324922660945920 |