Infecções hospitalares e caracterização genética de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos de Boa Vista, Roraima

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Caldart, Raquel Voges
Data de Publicação: 2020
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47485
Resumo: A infecção hospitalar é uma das questões centrais da saúde pública mundial. Sendo assim, esta pesquisa teve como objetivo principal investigar este tema em um hospital de referência de Boa Vista, Roraima, Amazônia brasileira que possui características geográficas e populacionais singulares em relação a outras capitais do Brasil. Caracterizamos aspectos clínicos e determinamos os perfis de resistência às drogas das principais espécies bacterianas relacionadas aos casos de infecção hospitalar. Em particular, determinamos a epidemiologia molecular de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos recuperados destes pacientes no período entre 2016 e 2018. Usamos as bases de dados do Serviço de Controle de Infecção Hospitalar e do Laboratório Central de Saúde Pública para estabelecer perfis dos pacientes e infecções. O perfil de susceptibilidade antimicrobiana foi definido pelos métodos de difusão em disco e pela determinação da concentração inibitória mínima. A epidemiologia molecular de A. baumannii foi baseada nos perfis obtidos pela eletroforese em gel de campo pulsado e nos STs (sequencias tipo). Os genes codificadores das \03B2-lactamases das classes A, B e D foram rastreados e sequenciados. Dentre as características dos pacientes, destaca-se a prevalência de homens (61,4%), idosos (29,3%), pacientes internados em unidades de terapia intensiva (48,5%), com longo período de hospitalização (75,2%) e uso de antibióticos previamente a coleta de exame microbiológico (73,5%). Bactérias do grupo ESKAPE (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa e Enterobacter species) são as prevalentes nestas infecções (68,7%), com destaque para A. baumannii (22,6%). Dentre as amostras clínicas mais coletadas temos as do trato respiratório (42,8%). E em 73,3% dos pacientes isolou-se bactéria com perfil de multirresistência às drogas. Quanto às infecções por A. baumannii, essas foram mais prevalentes nas unidades de terapia intensiva (65,1%) tendo 52,8% destes pacientes evoluído para óbito. A análise dos 27 isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos demonstrou que todos apresentavam sensibilidade apenas a colistina e tetraciclinas e pertenciam a três clones internacionais, CI-1 (33,3%), CI-5 (44,5%) e CI-6 (22,2%), este último identificado pela primeira vez no Brasil no presente estudo. O principal determinante da resistência aos carbapenêmicos dos isolados deste estudo pertencentes aos CI-1 e CI-5 (77,8%) é o gene blaOXA-23 associado a sequências de inserção do tipo ISAba1 e ISAba3, respectivamente, enquanto os isolados do CI-6 (22,2%) carreiam o blaOXA-72. Esse estudo revelou que a epidemiologia das infecções hospitalares por A. baumannii em Boa Vista, região Amazônica, é semelhante as demais regiões metropolitanas do país assim como em outras partes do mundo.
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spelling Caldart, Raquel VogesVicente, Ana Carolina Paulo2021-06-01T15:46:10Z2021-06-01T15:46:10Z2020CALDART, Raquel Voges. Infecções hospitalares e caracterização genética de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos de Boa Vista, Roraima. 2020. 120 f. Tese (Doutorado em Biologia Parasitária) - Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, 2020.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/47485A infecção hospitalar é uma das questões centrais da saúde pública mundial. Sendo assim, esta pesquisa teve como objetivo principal investigar este tema em um hospital de referência de Boa Vista, Roraima, Amazônia brasileira que possui características geográficas e populacionais singulares em relação a outras capitais do Brasil. Caracterizamos aspectos clínicos e determinamos os perfis de resistência às drogas das principais espécies bacterianas relacionadas aos casos de infecção hospitalar. Em particular, determinamos a epidemiologia molecular de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos recuperados destes pacientes no período entre 2016 e 2018. Usamos as bases de dados do Serviço de Controle de Infecção Hospitalar e do Laboratório Central de Saúde Pública para estabelecer perfis dos pacientes e infecções. O perfil de susceptibilidade antimicrobiana foi definido pelos métodos de difusão em disco e pela determinação da concentração inibitória mínima. A epidemiologia molecular de A. baumannii foi baseada nos perfis obtidos pela eletroforese em gel de campo pulsado e nos STs (sequencias tipo). Os genes codificadores das \03B2-lactamases das classes A, B e D foram rastreados e sequenciados. 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A análise dos 27 isolados de A. baumannii resistentes aos carbapenêmicos demonstrou que todos apresentavam sensibilidade apenas a colistina e tetraciclinas e pertenciam a três clones internacionais, CI-1 (33,3%), CI-5 (44,5%) e CI-6 (22,2%), este último identificado pela primeira vez no Brasil no presente estudo. O principal determinante da resistência aos carbapenêmicos dos isolados deste estudo pertencentes aos CI-1 e CI-5 (77,8%) é o gene blaOXA-23 associado a sequências de inserção do tipo ISAba1 e ISAba3, respectivamente, enquanto os isolados do CI-6 (22,2%) carreiam o blaOXA-72. Esse estudo revelou que a epidemiologia das infecções hospitalares por A. baumannii em Boa Vista, região Amazônica, é semelhante as demais regiões metropolitanas do país assim como em outras partes do mundo.Hospital infection is one of the central issues of public health worldwide. The goal of this study was to assess this topic in a reference hospital of Boa Vista, State of Roraima, in the Brazilian Amazon region, which has unique geographical and population characteristics with respect to other capitals in Brazil. Clinical aspects were characterized, and drug resistance profiles of the main bacterial species related to cases of hospital infection were determined, particularly the molecular epidemiology of carbapenemsresistant Acinetobacter baumannii obtained from patients between 2016 and 2018. The profiles of patients and infections were determined using the databases of the Hospital Infection Control Service and the Central Public Health Laboratory. The antimicrobial susceptibility profiles were defined by disk diffusion methods and by determining the minimum inhibitory concentration. The molecular epidemiology of A. baumannii was based on the profiles obtained by pulsed field gel electrophoresis and type sequences. The genes encoding class A, B, and D \03B2-lactamases were tracked and sequenced. Among the characteristics of the patients, there was prevalence of men (61,4%), older adults (29,3%), patients hospitalized in intensive care units (48,5%), patients with long hospital stays (75,2%), and patients with previous exposure to antibiotics (73,5%). Bacteria of the ESKAPE group (Enterococcus faecium, Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa, and Enterobacter) were the most prevalent in these infections (68,7%), especially A. baumannii (22,6%). The most collected clinical samples were those of the respiratory tract (42,8%), and bacteria with multidrug-resistant profiles were isolated in 73,3% of the patients. A. baumannii infections were more prevalent in intensive care units (65,1%), and 52,8% of those patients died. The analysis of the 27 carbapenems-resistant A. baumannii isolates indicated that all of them were sensitive only to colistin and tetracyclines, and belonged to three international clones, i.e., CI-1 (33,3%), CI-5 (44,5%), and CI- 6 (22,2%), the latter having been identified for the first time in Brazil by the present study. The main determinant of carbapenems resistance of the isolates in this study belonging to CI-1 and CI-5 (77,8%) was the blaOXA-23 gene associated with insertion sequences of the ISAba1 and ISAba3 type, respectively, whereas the CI-6 isolates (22,2%) carried blaOXA-72. This study indicated that the epidemiology of hospital infections caused by A. baumannii in Boa Vista, in the Amazon region, was similar to that occurring in other metropolitan regions of the country, as well as in other parts of the world.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porInfecção HospitalarAcinetobacter baumanniiResistência Microbiana a MedicamentosCarbapenêmicosInfecção HospitalarAcinetobacter baumanniiResistência Microbiana a MedicamentosCarbapenêmicosInfecções hospitalares e caracterização genética de Acinetobacter baumannii resistentes aos carbapenêmicos de Boa Vista, Roraimainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2020Instituto Oswaldo CruzFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Biologia Parasitáriainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47485/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALraquel_caldart_ioc_dout_2020.pdfapplication/pdf3656730https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47485/2/raquel_caldart_ioc_dout_2020.pdf49c43158938528d960d66ae124744520MD52TEXTraquel_caldart_ioc_dout_2020.pdf.txtraquel_caldart_ioc_dout_2020.pdf.txtExtracted texttext/plain243493https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/47485/3/raquel_caldart_ioc_dout_2020.pdf.txt6d2a9fa3e219e27800c2dc13b77e606fMD53icict/474852021-06-02 02:00:39.997oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352021-06-02T05:00:39Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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