Geração e análise comparativa de seqüências genômicas de Trypanossoma rangeli

• Autor(a) principal: Wagner, Glauber
• Data de Publicação: 2006
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
• Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/36075
• topic: Trypanosoma; Doença de Chagas; Trypanosoma Cruzi; Trypanosoma rangeli; GSS; Genome; Annotation; Bioinformatic; Trypanosoma Rangeli

O protozoário hemoflagelado Trypanosoma (Herpetosoma) rangeli Tejera, 1920, (Kinetoplastida: Trypanosomatidae) compartilha diversas espécies de hospedeiros invertebrados e vertebrados com T. cruzi, agente etiológico da doença de Chagas. Recentemente, foram publicados os genomas de 3 espécies de tripanosomatídeos de alta relevância em saúde humana (Tri-Tryps). Porém, espécies não-patogênicas não possuem o mesmo status, e como T. rangeli não determina nenhuma patogenia ao homem, poucos trabalhos no âmbito genômico tem sido desenvolvidos. Duas abordagens metodológicas têm sido utilizadas na busca de genes em diversas espécies, a GSS (Genome Sequence Survey) que visa a geração de seqüências de clones de DNA genômico gerados aleatoriamente e a EST (Expressed Sequence Tags) que visa a geração de seqüências a partir de bibliotecas de cDNA. Neste trabalho seqüenciamos 1.720 seqüências genômicas de T. rangeli cepa SC58 através de GSS. Foi também desenvolvido no âmbito do presente estudo um sistema de anotação de seqüências, chamado GARSA (Genomic Analysis Resources for Sequence Annotation). Neste sistema, é possível executar 21 programas de bioinformática, que vão desde a avaliação de qualidade e limpeza das seqüências até análise filogenética e domínios protêicos, numa forma simples e intuitiva. Após a limpeza dos 1.720 cromatogramas, um total de 915 seqüências foram agrupadas em 375 seqüências não redundantes (GSS-nr). O conteúdo G+C das regiões codificantes foi de 55%. Análises de similaridade utilizando os programas BLAST e Interpro, identificaram similaridade em 68% das seqüências, sendo 53% proteínas hipotéticas de organismos pertencentes à mesma família, notadamente o T. cruzi. Também foram encontradas seqüências associadas ao processo de edição de mRNA (DEAD box helicase), bem como seqüências relacionadas a superfície do parasito, como trans-sialidase, metaloproteases e mucinas Foram realizadas anotações funcionais baseadas no vocabulário proposto pelo Consórcio Gene Ontology, sendo que a maior parte das anotações dentro da categoria de função molecular está relacionada com RNA helicase, serino peptidases e proteínas ligantes. Para 31% das seqüências não foi possível inferir as funções com base na similaridade com genes já determinados, podendo estas serem seqüências ainda não determinadas, seqüências específicas de T. rangeli ou regiões intergências. Até o presente momento nenhum trabalho com a finalidade de seqüenciar o genoma de T. rangeli foi desenvolvido, portanto este trabalho pode ser considerado como o primeiro com o objetivo de explorar em maior escala o genoma desta espécie.