Análise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoni

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Fernandes, Núbia Monteiro Gonçalves Soares
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/10914
Resumo: A esquistossomose é uma das mais importantes doenças parasitárias sendo endêmica em 76 países. No Brasil, esta representa um dos mais sérios problemas de saúde pública, persistindo devido às precárias condições de vida nas quais a população está inserida. O Schistosoma mansoni é a única espécie descrita no Brasil responsável por causar a esquistossomose. Este parasito é um metazoário digenético com várias características únicas em sua morfologia, fisiologia e ciclo de vida. Diante disto, é provável uma complexa regulação da expressão gênica em S. mansoni favorecendo mudanças morfológicas e bioquímicas atendendo as suas necessidades fisiológicas e de adaptação aos diversos ambientes. Assim, o mecanismo de regulação pós-transcricional, Spliced leader (SL) trans-splicing, existente no parasito, pode ser importante para viabilizar tais adaptações. Este mecanismo é apenas parcialmente compreendido sendo um amplo campo para pesquisa, auxiliando no desenvolvimento de possíveis ferramentas para o controle da esquistossomose. O SL trans-splicing ocorre através da adição de uma sequência identificada como Spliced leader, que é doada da extremidade 5’ de um RNA pequeno, para alguns pré-mRNAs receptores, formando o éxon 5’ terminal dos mRNAs maduros. Neste trabalho, foi realizado a identificação de transcritos processados por SL trans-splicing na fase de esporocisto do ciclo de vida do S. mansoni através da construção de biblioteca de cDNA enriquecida neste mecanismo. Assim, por meio de um estudo pioneiro de transcriptômica envolvendo a fase de esporocisto, foram construídas bibliotecas do tipo fragmento e utilizado um sequenciador de segunda geração para identificação de 1.191 transcritos processados por SL trans-splicing nesta fase. Neste trabalho foi observado que 10% dos transcritos expressos na fase de esporocisto são processados por SL trans-splicing se comparado à 5ª versão do proteoma predito de S. mansoni e 15%, se comparado com os 6.677 genes expressos identificados no transcriptoma da fase de esporocisto. Ainda, a partir da classificação dos transcritos em categorias funcionais e identificação de vias metabólicas, foi observado que o mecanismo de SL trans-splicing não está articularmente enriquecido, caracterizando-se como um mecanismo ubíquo. Em conjunto, estes dados enriquecem os estudos de transcriptômica do parasito S. mansoni. Compreender as reais funções deste mecanismo pode auxiliar no desenvolvimento futuro de uma ferramenta de intervenção terapêutica para o controle da esquistossomose mansônica
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spelling Fernandes, Núbia Monteiro Gonçalves SoaresMourão, Marina de MoraesPereira, Rosiane Aparecida da SilvaMourão, Marina de MoraesBabá, Elio HideoLopes, Debora de OliveiraSilva, Carlos Eduardo CalzavaraPereira, Rosiane Aparecida da Silva2015-06-18T16:12:19Z2015-06-18T16:12:19Z2015FERNANDES, Núbia Monteiro Gonçalves Soares. Análise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoni. .2015. 81 f. Dissertação (Mestrado em Ciências da Saúde com concentração em Biologia Celular e Molecular)-Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Programa de Pós-graduação em Ciências da Saúde. Belo Horizonte. 2015https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/10914A esquistossomose é uma das mais importantes doenças parasitárias sendo endêmica em 76 países. No Brasil, esta representa um dos mais sérios problemas de saúde pública, persistindo devido às precárias condições de vida nas quais a população está inserida. O Schistosoma mansoni é a única espécie descrita no Brasil responsável por causar a esquistossomose. Este parasito é um metazoário digenético com várias características únicas em sua morfologia, fisiologia e ciclo de vida. Diante disto, é provável uma complexa regulação da expressão gênica em S. mansoni favorecendo mudanças morfológicas e bioquímicas atendendo as suas necessidades fisiológicas e de adaptação aos diversos ambientes. Assim, o mecanismo de regulação pós-transcricional, Spliced leader (SL) trans-splicing, existente no parasito, pode ser importante para viabilizar tais adaptações. Este mecanismo é apenas parcialmente compreendido sendo um amplo campo para pesquisa, auxiliando no desenvolvimento de possíveis ferramentas para o controle da esquistossomose. O SL trans-splicing ocorre através da adição de uma sequência identificada como Spliced leader, que é doada da extremidade 5’ de um RNA pequeno, para alguns pré-mRNAs receptores, formando o éxon 5’ terminal dos mRNAs maduros. Neste trabalho, foi realizado a identificação de transcritos processados por SL trans-splicing na fase de esporocisto do ciclo de vida do S. mansoni através da construção de biblioteca de cDNA enriquecida neste mecanismo. Assim, por meio de um estudo pioneiro de transcriptômica envolvendo a fase de esporocisto, foram construídas bibliotecas do tipo fragmento e utilizado um sequenciador de segunda geração para identificação de 1.191 transcritos processados por SL trans-splicing nesta fase. Neste trabalho foi observado que 10% dos transcritos expressos na fase de esporocisto são processados por SL trans-splicing se comparado à 5ª versão do proteoma predito de S. mansoni e 15%, se comparado com os 6.677 genes expressos identificados no transcriptoma da fase de esporocisto. Ainda, a partir da classificação dos transcritos em categorias funcionais e identificação de vias metabólicas, foi observado que o mecanismo de SL trans-splicing não está articularmente enriquecido, caracterizando-se como um mecanismo ubíquo. Em conjunto, estes dados enriquecem os estudos de transcriptômica do parasito S. mansoni. Compreender as reais funções deste mecanismo pode auxiliar no desenvolvimento futuro de uma ferramenta de intervenção terapêutica para o controle da esquistossomose mansônicaSchistosomiasis is a major parasitic disease, which is endemic in 76 countries. In Brazil, this is one of the most serious public health problem persisting due to the precarious living conditions in which the population is inserted. Schistosoma mansoni is the only specie described in Brazil responsible for causing schistosomiasis. This parasite is a digenetic metazoan with several unique features in its morphology, physiology and life cycle. Therefore, it is plausible a complex regulation of gene expression in S. mansoni, allowing morphological and biochemical changes that attend their physiological needs and to adapt to different environments. Therefore, the mechanism of post-transcriptional regulation, Spliced leader (SL) trans-splicing, existent in the parasite, may be important to enable these adaptations. This mechanism is only partial understood and thus a wide field for research towards the development of tools for schistosomiasis control. The SL trans-splicing occurs by the addition of a sequence identified as Spliced leader which is donated from the 5 ' end of a small RNA to receptor pre-mRNAs, forming the exon 5' end of mature mRNAs. Here, we carried out the identification of transcripts processed by SL trans-splicing in sporocyst of S. mansoni by constructing cDNA libraries enriched. Thus, by means of a pioneer study of transcriptomics involving the sporocyst stage, fragment libraries were constructed and used next-generation sequencing to identify 1.191 transcripts processed by SL trans-splicing in this stage. In this work, we found that 10% of transcripts expressed in the sporocyst stage are processed by SL trans-splicing when compared to the 5th version of the predicted proteome of S. mansoni and 15%, when compared to the 6,677 expressed genes identified in the transcriptome of the sporocyst stage. After the classification of transcripts in functional categories and identification of metabolic pathways we observed that the SL trans-splicing mechanism does not seem to be particularly enriched, being characterized as an ubiquitous mechanism. Together, our data improve knowledge acquired on transcriptomics studies of the parasite S. mansoni. Understanding the real function of this mechanism can assist in the future development of a therapeutic intervention tool for schistosomiasis control.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil.porEsquistossomoseSchistosoma mansoniAnálise de Sequência de RNA/métodosAnálise em larga escala de transcritos processados por Spliced leader trans-splicing em esporocistos de Schistosoma mansoniinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2015Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa Rene RachouMestrado AcadêmicoBelo Horizonte/MGPrograma de Pós-Graduação em Ciências da Saúdeinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82354https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10914/1/license.txt8b4c200b4e10021c5683c6ccaba07169MD51ORIGINALDissertação Núbia.pdfDissertação Núbia.pdfapplication/pdf1884331https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10914/2/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20N%c3%babia.pdfe96549974d078d915f616503d56a69ffMD52TEXTDissertação Núbia.pdf.txtDissertação Núbia.pdf.txtExtracted texttext/plain155851https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/10914/3/Disserta%c3%a7%c3%a3o%20N%c3%babia.pdf.txtf6d6b948c10201fd8f88d18053b3e410MD53icict/109142019-09-09 12:20:51.962oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-09-09T15:20:51Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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