Unusual SARS-CoV- 2 intrahost diversity reveals lineage superinfection
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| Data de Publicação: | 2022 |
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Resumo: | Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães, Núcleo de Bioinformática (NBI), Recife, PE, Brasil. |
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Dezordi, Filipe ZimmerResende, Paola CristinaNaveca, Felipe GomesNascimento, Valdinete Alves doSouza, Victor Costa dePaixão, Anna Carolina DiasAppolinario, LucianaLopes, Renata SerranoMendonça, Ana Carolina da FonsecaRocha, Alice Sampaio Barreto daVenas, Taina Moreira MartinsPereira, Elisa CavalcantePaiva, Marcelo Henrique SantosDocena, CassiaBezerra, Matheus FilgueiraMachado, Laís CeschiniSalvato, Richard SteinerGregianini, Tatiana SchäfferMartins, Leticia GarayPereira, Felicidade MotaRovaris, Darcita BuergerFernandes, Sandra BianchiniRodrigues, Rodrigo RibeiroCosta, Thais OliveiraSousa Jr., Joaquim CesarMiyajima, FabioDelatorre, EdsonGräf, TiagoBello, GonzaloSiqueira, Marilda Agudo Mendonça Teixeira deWallau, Gabriel Luzon behalf of the Fiocruz COVID-19 Genomic Surveillance Network2022-03-21T14:23:31Z2022-03-21T14:23:31Z2022DEZORDI, Filipe Zimmer et al. Unusual SARS-CoV- 2 intrahost diversity reveals lineage superinfection. Microbial Genomics, v. 8, 000751, p. 1 - 9, 2022.2057-5858https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/5176610.1099/mgen.0.000751engMicrobiology SocietySARS-CoV- 2Superinfecção de linhagemIncomumDiversidadeSARS-CoV- 2UnusualIntrahost diversityLineage superinfectionUnusual SARS-CoV- 2 intrahost diversity reveals lineage superinfectioninfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleFundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães, Núcleo de Bioinformática (NBI), Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. -Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. -Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. -Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Universidade Federal de Pernambuco. Centro Acadêmico do Agreste. Núcleo de Ciências da Vida. Caruaru, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Núcleo de Plataformas Tecnológicas. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Microbiologia. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (LACEN/CEVS/SES-RS). Porto Alegre, RS, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública, Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul (LACEN/CEVS/SES-RS). Porto Alegre, RS, Brasil.Centro Estadual de Vigilância em Saúde da Secretaria de Saúde do Estado do Rio Grande do Sul. Porto Alegre, RS, Brasil.Laboratório Central de Saúde Pública do Estado da Bahia (LACEN-BA). Salvador, BA, BrasilLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, BrasilLaboratório Central de Saúde Pública do Estado de Santa Catarina. Florianópolis, SC, BrasilLaboratório Central de Saúde Pública do Estado do Espírito Santo, Vitória, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Ceará. Laboratório de Epidemiologia Competência Analítica Molecular. Fortaleza, CE, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Departamento de Biologia. Alegre, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratório e do Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia. Recife, PE, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães, Núcleo de Bioinformática (NBI), Recife, PE, Brasil.Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV- 2) has infected almost 200 million people worldwide by July 2021 and the pandemic has been characterized by infection waves of viral lineages showing distinct fitness profiles. The simultaneous infection of a single individual by two distinct SARS-CoV- 2 lineages may impact COVID-19 disease progression and provides a window of opportunity for viral recombination and the emergence of new lineages with differential phenotype. Several hundred SARS-CoV- 2 lineages are currently well phylogenetically defined, but two main factors have precluded major coinfection/codetection and recombination analysis thus far: (i) the low diversity of SARS-CoV- 2 lineages during the first year of the pandemic, which limited the identification of lineage defining mutations necessary to distinguish coinfecting/recombining viral lineages; and the (ii) limited availability of raw sequencing data where abundance and distribution of intrasample/ intrahost variability can be accessed. Here, we assembled a large sequencing dataset from Brazilian samples covering a period of 18 May 2020 to 30 April 2021 and probed it for unexpected patterns of high intrasample/intrahost variability. This approach enabled us to detect nine cases of SARS-CoV- 2 coinfection with well characterized lineage-defining mutations, representing 0.61 % of all samples investigated. In addition, we matched these SARS-CoV- 2 coinfections with spatio-temporal epidemiological data confirming its plausibility with the cocirculating lineages at the timeframe investigated. Our data suggests that coinfection with distinct SARS-CoV- 2 lineages is a rare phenomenon, although it is certainly a lower bound estimate considering the difficulty to detect coinfections with very similar SARS-CoV- 2 lineages and the low number of samples sequenced from the total number of infections.info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82991https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/51766/1/license.txt5a560609d32a3863062d77ff32785d58MD51ORIGINALPaoolaResende_MarildaSiqueira_etal_IOC_2022.pdfPaoolaResende_MarildaSiqueira_etal_IOC_2022.pdfapplication/pdf7244752https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/51766/2/PaoolaResende_MarildaSiqueira_etal_IOC_2022.pdf0ecced28be8755de74b0470f6c2d8adaMD52icict/517662022-03-23 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