Estratégia genômica para controle epidemiológico de neisseria meningitidis por meio de tipificação genética baseada no pefil de dissociação de dna de alta resolução e sequenciamento genômico : implicações nas ações de vigilância em saúde de doenças infecciosas

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Santos, Debora Ribeiro de Souza
Data de Publicação: 2022
Tipo de documento: Tese
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/60092
Resumo: Neisseria meningitidis (Nm) ou meningococo é o agente causador da doença meningocócica. Diferenças na composição da sua cápsula polissacarídica permitem a classificação da Nm em 12 sorogrupos distintos. A caracterização genética de isolados de meningococos é extremamente importante para o monitoramento epidemiológico da doença meningocócica (DM), através da identificação de clones epidêmicos circulantes, a fim de subsidiar ações específicas de Vigilância Sanitária para contenção de surtos. Esse monitoramento epidemiológico é realizado em diferentes países através da técnica de Multilocus Sequence Typing (MLST). No Brasil, o MLST não é realizado rotineiramente devido ao seu custo elevado. No entanto, métodos baseados na qPCR podem ser utilizados para o mesmo fim, com redução dos custos e maior facilidade de processamento quando comparados ao sequenciamento de DNA. O objetivo desse estudo é estabelecer uma estratégia para o controle epidemiológico da Nm através da detecção de assinaturas genéticas em genes do MLST pelo método de high-resolution DNA melting analysis (HRM) para identificar os principais clones hipervirulentos circulantes no país. No total, 920 reações de qPCR-HRM foram realizadas no termociclador Thermo Fisher QuantStudioTM 5 Real-Time PCR Systems e 1.082 reações foram realizadas no QuantStudioTM 7 Flex Real-Time PCR Systems. Os genes testados foram abcZ, adk, aroE, fumC, gdh e pdhC e os resultados obtidos foram semelhantes nos dois equipamentos. A porcentagem na detecção dos alelos testados para cada complexo clonal ficou entre 77% e 100% de acerto. Após busca ativa no PubMLST verificou-se que ao inserir nesse banco de dados resultados de ao menos quatro alelos, foi possível determinar o complexo clonal em 99% a 100% das amostras depositadas no banco. Os resultados obtidos neste estudo sugerem que é possível identificar os complexos clonais de Nm através da análise da temperatura das curvas de melting (TM) geradas por HRM. Também foi realizado o sequenciamento do genoma de três cepas do cc11/ET15 e duas do sorogrupo W a fim de avaliar os genes de virulência apresentados por essas cepas. Os resultados encontrados revelam a presença de fatores de resistência, elementos genéticos móveis e fatores de virulência não encontrados em cepas não ET-15 que poderiam explicar as altas taxas de letalidade atribuídas a essa variante e também ao sorogrupo W. Essas informações podem auxiliar na vigilância epidemiológica e nas estratégias de vacinação para evitar a disseminação de novos clones hipervirulentos
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A caracterização genética de isolados de meningococos é extremamente importante para o monitoramento epidemiológico da doença meningocócica (DM), através da identificação de clones epidêmicos circulantes, a fim de subsidiar ações específicas de Vigilância Sanitária para contenção de surtos. Esse monitoramento epidemiológico é realizado em diferentes países através da técnica de Multilocus Sequence Typing (MLST). No Brasil, o MLST não é realizado rotineiramente devido ao seu custo elevado. No entanto, métodos baseados na qPCR podem ser utilizados para o mesmo fim, com redução dos custos e maior facilidade de processamento quando comparados ao sequenciamento de DNA. O objetivo desse estudo é estabelecer uma estratégia para o controle epidemiológico da Nm através da detecção de assinaturas genéticas em genes do MLST pelo método de high-resolution DNA melting analysis (HRM) para identificar os principais clones hipervirulentos circulantes no país. 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Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porNeisseria meningitidisGenomagenéticaNeisseria meningitidisGenomagenéticaEstratégia genômica para controle epidemiológico de neisseria meningitidis por meio de tipificação genética baseada no pefil de dissociação de dna de alta resolução e sequenciamento genômico : implicações nas ações de vigilância em saúde de doenças infecciosasinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/doctoralThesis2022Instituto Nacional de Controle de Qualidade em SaúdeFundação Oswaldo CruzRio de JaneiroPrograma de Pós-Graduação em Vigilância Sanitáriainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/60092/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINAL2022_tese_debora-santos.pdfapplication/pdf2044973https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/60092/2/2022_tese_debora-santos.pdf195f49391e9d95dddb5982bbe1ba2977MD52icict/600922023-08-15 10:13:11.648oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352023-08-15T13:13:11Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false
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