Análise do polimorfismo genético da PvCelTOS (P. vivax Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoites) em isolados de diferentes áreas endêmicas da Amazônia Brasileira
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Data de Publicação: | 2017 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/22945 |
Resumo: | A PvCelTOS (Plasmodium vivax Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoites) desempenha um papel importante na travessia de células hospedeiras. Mesmo sendo essencial para o progresso da PvCelTOS como uma candidata vacinal, o conhecimento sobre a sua diversidade genética permanece desconhecido. Assim, investigamos o polimorfismo genético da PvCelTOS a partir da amplificação gênica por PCR e sequenciamento de 119 amostras de isolados de P. vivax oriundos de cinco diferentes localidades da Amazônia Brasileira (Manaus, Novo Repartimento, Porto Velho, Plácido de Castro e Oiapoque) e avaliamos o potencial impacto de mutações não sinônimas na estrutura tridimensional e nos epítopos da PvCelTOS através de ferramentas de predição in silico. Nossos dados mostram que os isolados de campo apresentam alta similaridade (99,3% de pb) com a cepa de referência Sal-1, apresentando apenas quatro polimorfismos de um único nucleotídeo (SNP) nas posições 24A, 28A, 109A e 352C. A frequência da mutação sinônima C109A (82%) foi maior do que todas as outras (p<0,0001). As mutações não sinônimas G28A e G352C foram observadas em 9,2% e 11,7% dos isolados, respectivamente. A grande maioria dos isolados (79,8%) revelou homologia completa da sequência de aminoácidos com Sal-1, 10,9% apresentaram homologia completa com o genoma Brazil I e duas sequências não descritas da PvCelTOS foram observadas em 9,2% dos isolados de campo. Em relação à análise de predição, previu-se que a substituição Nterminal (Gly10Ser) estava dentro de um potencial epítopo de célula B e exposta à superfície da proteína, enquanto que a substituição Val118Leu não é um epítopo predito Por conseguinte, os nossos dados sugerem que, o SNP G28A pode interferir em epítopos potenciais de células B na região N-terminal da PvCelTOS, enquanto que não parece haver interferência nos epítopos de células TCD8+. Além disso, sua sequência genética é altamente conservada entre isolados de diferentes regiões geográficas, sendo uma característica importante em relação ao seu potencial como vacina candidata. |
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Chaves, Lana BitencourtTotino, Paulo Renato RivasMorgado, Fernanda NazaréCardoso, Cynthia ChesterCardoso, Juliana FernandesGuimarães, Monick LindenmeyerLima Junior, Josué da Costa2017-10-24T17:42:36Z2017-10-24T17:42:36Z2017CHAVES, L. B. Análise do polimorfismo genético da PvCelTOS (P. vivax Cell Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoites) em isolados de diferentes áreas endêmicas da Amazônia Brasileira . 2017. 105 f. Dissertação (Mestrado em Biologia Parasitária)-Instituto Oswaldo Cruz, Fundação Oswaldo Cruz, Rio de Janeiro, RJ, 2017.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/22945A PvCelTOS (Plasmodium vivax Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoites) desempenha um papel importante na travessia de células hospedeiras. Mesmo sendo essencial para o progresso da PvCelTOS como uma candidata vacinal, o conhecimento sobre a sua diversidade genética permanece desconhecido. Assim, investigamos o polimorfismo genético da PvCelTOS a partir da amplificação gênica por PCR e sequenciamento de 119 amostras de isolados de P. vivax oriundos de cinco diferentes localidades da Amazônia Brasileira (Manaus, Novo Repartimento, Porto Velho, Plácido de Castro e Oiapoque) e avaliamos o potencial impacto de mutações não sinônimas na estrutura tridimensional e nos epítopos da PvCelTOS através de ferramentas de predição in silico. Nossos dados mostram que os isolados de campo apresentam alta similaridade (99,3% de pb) com a cepa de referência Sal-1, apresentando apenas quatro polimorfismos de um único nucleotídeo (SNP) nas posições 24A, 28A, 109A e 352C. A frequência da mutação sinônima C109A (82%) foi maior do que todas as outras (p<0,0001). As mutações não sinônimas G28A e G352C foram observadas em 9,2% e 11,7% dos isolados, respectivamente. A grande maioria dos isolados (79,8%) revelou homologia completa da sequência de aminoácidos com Sal-1, 10,9% apresentaram homologia completa com o genoma Brazil I e duas sequências não descritas da PvCelTOS foram observadas em 9,2% dos isolados de campo. Em relação à análise de predição, previu-se que a substituição Nterminal (Gly10Ser) estava dentro de um potencial epítopo de célula B e exposta à superfície da proteína, enquanto que a substituição Val118Leu não é um epítopo predito Por conseguinte, os nossos dados sugerem que, o SNP G28A pode interferir em epítopos potenciais de células B na região N-terminal da PvCelTOS, enquanto que não parece haver interferência nos epítopos de células TCD8+. Além disso, sua sequência genética é altamente conservada entre isolados de diferentes regiões geográficas, sendo uma característica importante em relação ao seu potencial como vacina candidata.The PvCelTOS (Plasmodium vivax Cell-traversal protein for ookinetes and sporozoites) plays an important role in traversal of host cells. Even essential to PvCelTOS progress as a vaccine candidate, the knowledge about its genetic diversity remains uncharted. Therefore, we investigated the PvCelTOS genetic polymorphism by PCR gene amplification and sequencing of 119 field isolates of P. vivax from five different regions of Brazilian Amazon Region (Manaus, Novo Repartimento, Porto Velho, Plácido de Castro and Oiapoque) and we evaluated the potential impact of non - synonymous mutations found in the three - dimensional structure and in the epitopes of PvCelTOS through in silico prediction tools. Our data show that field isolates presented high similarity (99.3% of bp) with the reference Sal-1 strain, presenting only four Single-Nucleotide Polymorphism (SNP) at positions 24A, 28A, 109A and 352C. The frequency of synonymous C109A (82%) was higher than all others (p<0.0001). The non-synonymous G28A and G352C were observed in 9.2% and 11.7% of isolates, respectively. The great majority of the isolates (79.8%) revealed complete amino acid sequence homology with Sal-1, 10.9% presented complete homology with Brazil I and two undescribed PvCelTOS sequences were observed in 9.2% of field isolates. Concerning the prediction analysis, the N-terminal substitution (Gly10Ser) was predicted to be within a B-cell epitope and exposed at protein surface, while the Val118Leu substitution is not a predicted epitope Therefore, our data suggest that SNP could interfere in potential B-cell epitopes at N-terminal region PvCelTOS, whereas there appears to be no interference in the epitopes of TCD8+cells. In addition, its genetic sequence is highly conserved among isolates from different geographic regions, being an important feature in relation to its potential as a vaccine candidate.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porPolimorfismo genéticoPlasmodium vivaxVariação genéticaEpítoposPvCelTOSPlasmodium vivaxGenetic diversityPrediction of epitopesPlasmodium vivaxPolimorfismo genéticoEpítoposVariação genéticaAnálise do polimorfismo genético da PvCelTOS (P. vivax Cell-Traversal Protein for Ookinetes and Sporozoites) em isolados de diferentes áreas endêmicas da Amazônia Brasileirainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2017Pós-Graduação em Biologia ParasitáriaFundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo CruzMestrado AcadêmicoRio de Janeiro/RJPrograma de Pós-Graduação em Biologia Parasitáriainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txttext/plain1748https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/22945/1/license.txt8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33MD51ORIGINALlana_chaves_ioc_mest_2017.pdflana_chaves_ioc_mest_2017.pdfapplication/pdf4628963https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/22945/2/lana_chaves_ioc_mest_2017.pdfb3e6f5062f803e9f33729e0b09d7dbb7MD52TEXTlana_chaves_ioc_mest_2017.pdf.txtlana_chaves_ioc_mest_2017.pdf.txtExtracted texttext/plain262489https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/22945/3/lana_chaves_ioc_mest_2017.pdf.txte207f46f25649150777d39779130e969MD53icict/229452019-09-10 20:39:44.276oai:www.arca.fiocruz.br:icict/22945Tk9URTogUExBQ0UgWU9VUiBPV04gTElDRU5TRSBIRVJFClRoaXMgc2FtcGxlIGxpY2Vuc2UgaXMgcHJvdmlkZWQgZm9yIGluZm9ybWF0aW9uYWwgcHVycG9zZXMgb25seS4KCk5PTi1FWENMVVNJVkUgRElTVFJJQlVUSU9OIExJQ0VOU0UKCkJ5IHNpZ25pbmcgYW5kIHN1Ym1pdHRpbmcgdGhpcyBsaWNlbnNlLCB5b3UgKHRoZSBhdXRob3Iocykgb3IgY29weXJpZ2h0Cm93bmVyKSBncmFudHMgdG8gRFNwYWNlIFVuaXZlcnNpdHkgKERTVSkgdGhlIG5vbi1leGNsdXNpdmUgcmlnaHQgdG8gcmVwcm9kdWNlLAp0cmFuc2xhdGUgKGFzIGRlZmluZWQgYmVsb3cpLCBhbmQvb3IgZGlzdHJpYnV0ZSB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gKGluY2x1ZGluZwp0aGUgYWJzdHJhY3QpIHdvcmxkd2lkZSBpbiBwcmludCBhbmQgZWxlY3Ryb25pYyBmb3JtYXQgYW5kIGluIGFueSBtZWRpdW0sCmluY2x1ZGluZyBidXQgbm90IGxpbWl0ZWQgdG8gYXVkaW8gb3IgdmlkZW8uCgpZb3UgYWdyZWUgdGhhdCBEU1UgbWF5LCB3aXRob3V0IGNoYW5naW5nIHRoZSBjb250ZW50LCB0cmFuc2xhdGUgdGhlCnN1Ym1pc3Npb24gdG8gYW55IG1lZGl1bSBvciBmb3JtYXQgZm9yIHRoZSBwdXJwb3NlIG9mIHByZXNlcnZhdGlvbi4KCllvdSBhbHNvIGFncmVlIHRoYXQgRFNVIG1heSBrZWVwIG1vcmUgdGhhbiBvbmUgY29weSBvZiB0aGlzIHN1Ym1pc3Npb24gZm9yCnB1cnBvc2VzIG9mIHNlY3VyaXR5LCBiYWNrLXVwIGFuZCBwcmVzZXJ2YXRpb24uCgpZb3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgdGhlIHN1Ym1pc3Npb24gaXMgeW91ciBvcmlnaW5hbCB3b3JrLCBhbmQgdGhhdCB5b3UgaGF2ZQp0aGUgcmlnaHQgdG8gZ3JhbnQgdGhlIHJpZ2h0cyBjb250YWluZWQgaW4gdGhpcyBsaWNlbnNlLiBZb3UgYWxzbyByZXByZXNlbnQKdGhhdCB5b3VyIHN1Ym1pc3Npb24gZG9lcyBub3QsIHRvIHRoZSBiZXN0IG9mIHlvdXIga25vd2xlZGdlLCBpbmZyaW5nZSB1cG9uCmFueW9uZSdzIGNvcHlyaWdodC4KCklmIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uIGNvbnRhaW5zIG1hdGVyaWFsIGZvciB3aGljaCB5b3UgZG8gbm90IGhvbGQgY29weXJpZ2h0LAp5b3UgcmVwcmVzZW50IHRoYXQgeW91IGhhdmUgb2J0YWluZWQgdGhlIHVucmVzdHJpY3RlZCBwZXJtaXNzaW9uIG9mIHRoZQpjb3B5cmlnaHQgb3duZXIgdG8gZ3JhbnQgRFNVIHRoZSByaWdodHMgcmVxdWlyZWQgYnkgdGhpcyBsaWNlbnNlLCBhbmQgdGhhdApzdWNoIHRoaXJkLXBhcnR5IG93bmVkIG1hdGVyaWFsIGlzIGNsZWFybHkgaWRlbnRpZmllZCBhbmQgYWNrbm93bGVkZ2VkCndpdGhpbiB0aGUgdGV4dCBvciBjb250ZW50IG9mIHRoZSBzdWJtaXNzaW9uLgoKSUYgVEhFIFNVQk1JU1NJT04gSVMgQkFTRUQgVVBPTiBXT1JLIFRIQVQgSEFTIEJFRU4gU1BPTlNPUkVEIE9SIFNVUFBPUlRFRApCWSBBTiBBR0VOQ1kgT1IgT1JHQU5JWkFUSU9OIE9USEVSIFRIQU4gRFNVLCBZT1UgUkVQUkVTRU5UIFRIQVQgWU9VIEhBVkUKRlVMRklMTEVEIEFOWSBSSUdIVCBPRiBSRVZJRVcgT1IgT1RIRVIgT0JMSUdBVElPTlMgUkVRVUlSRUQgQlkgU1VDSApDT05UUkFDVCBPUiBBR1JFRU1FTlQuCgpEU1Ugd2lsbCBjbGVhcmx5IGlkZW50aWZ5IHlvdXIgbmFtZShzKSBhcyB0aGUgYXV0aG9yKHMpIG9yIG93bmVyKHMpIG9mIHRoZQpzdWJtaXNzaW9uLCBhbmQgd2lsbCBub3QgbWFrZSBhbnkgYWx0ZXJhdGlvbiwgb3RoZXIgdGhhbiBhcyBhbGxvd2VkIGJ5IHRoaXMKbGljZW5zZSwgdG8geW91ciBzdWJtaXNzaW9uLgo=Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352019-09-10T23:39:44Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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