Mutações na região LTR do HTLV e sua implicação na presença do vírus na saliva e origem na Bahia
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2010 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) |
Texto Completo: | https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/4205 |
Resumo: | O HTLV-1 é o agente etiológico da ATL, HAM/TSP e outras perturbações inflamatórias. Alguns estudos tentam analisar as variações do HTLV-1 em diferentes fluidos corpóreos e seu impacto sobre a infecção pelo HTLV. A coinfecção HTLV/HIV-1 é associada com graves manifestações clínicas, imunodeficiência marcante e infecções oportunistas, bem como comportamento de risco. Salvador, capital do Estado da Bahia, Brasil, tem a maior prevalência para o HTLV-1 (1,74%) encontrada no país. Poucos estudos descrevem esta coinfecção em Salvador e áreas vizinhas, e muito menos investigam como estes vírus circulam ou avaliam a relação entre eles. Para descrever a epidemiologia molecular do HTLV-1 e as características da coinfecção HTLV/HIV-1 em mulheres, nós realizamos um corte transversal envolvendo 107 mulheres infectadas com HIV-1 do centro de referência da DST/HIV/AIDS, localizado na cidade de Feira de Santana. Amostras das pacientes foram testadas por ELISA e a infecção pelo HTLV confirmada usando o WB e PCR. A análise filogenética foi realizada nas seqüências LTR do HTLV para obter mais informações sobre a epidemiologia molecular e a origem deste vírus na Bahia. Quatro das cinco amostras reativas no ELISA foram confirmadas como HTLV-1 no WB e PCR e uma amostra confirmada como HTLV- 2. A soroprevalência da infecção pelo HTLV nestas mulheres foi de 4,7%, menor que o esperado, provavelmente pela baixa prevalência da infecção pelo HTLV esta área ou devido a medidas de controle de DST/AIDS implementadas desde a realização do estudo anterior. A análise filogenética da região LTR das quatro seqüências do HTLV-1 revelou que todos os isolados foram classificados como subgrupo Transcontinental do subtipo Cosmopolita e se agrupam no principal grupo latinoamericano, que possui um ancestral comum com isolados da África do Sul, sugerindo uma introdução pós Colombiana deste vírus na Bahia. A seqüência de HTLV-2 foi classificada como subtipo c, a variante brasileira do subtipo 2a. Também foi observado que quatro mulheres coinfectadas HTLV/HIV-1 apresentavam comportamento de risco, sendo duas por exposição parenteral, enquanto que duas eram profissionais do sexo, demonstrando que esta coinfecção é mais freqüente em grupos de risco. Para determinar a carga proviral em PBMC e células do lavado bucal um PCR em tempo real foi realizado e para analisar variações da região tax-LTR do HTLV-1 em indivíduos infectados uma nested-PCR da região tax-LTR do HTLV-1 em PBMC e células do lavado bucal, seguida por clonagem molecular, seqüenciamento de DNA e a análise computacional foram realizadas. A diferença entre as medianas da carga proviral foi significativa, comparando os indivíduos com provírus detectado em células lavado bucal (n = 8) e os 18 indivíduos sem provírus detectado em células lavado bucal (101278.5 vs 23290.0 cópias por 106 PBMC, p = 0.0245). A análise filogenética, comparando clones de lavado bucal e PBMC, não mostrou nenhum perfil clonal entre os indivíduos com carga proviral detectada em células do lavado bucal e também não mostrou significância estatística no teste de Hudson. A diversidade genética, entre os clones de PBMC e lavado bucal variou de 0,003 a 0,008. O perfil de sítios de modificação pós-traducional no fragmento de tax analisado foi equivalente entre os grupos analisados. Todas as seqüências analisadas foram classificadas como subgrupo transcontinental do subtipo Cosmopolita. |
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Rego, Filipe Ferreira de AlmeidaCastro Filho, Bernardo GalvãoAlcantara, Luiz Carlos Júnior2012-07-19T17:10:40Z2012-07-19T17:10:40Z2010REGO, Filipe Ferreira de Almeida. Mutações na região LTR do HTLV e sua implicação na presença do vírus na saliva e origem na Bahia. 2010. 90 f. Dissertação (Mestrado em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativa) - Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz, Fundação Oswaldo Cruz, Salvador, 2010.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/4205O HTLV-1 é o agente etiológico da ATL, HAM/TSP e outras perturbações inflamatórias. Alguns estudos tentam analisar as variações do HTLV-1 em diferentes fluidos corpóreos e seu impacto sobre a infecção pelo HTLV. A coinfecção HTLV/HIV-1 é associada com graves manifestações clínicas, imunodeficiência marcante e infecções oportunistas, bem como comportamento de risco. Salvador, capital do Estado da Bahia, Brasil, tem a maior prevalência para o HTLV-1 (1,74%) encontrada no país. Poucos estudos descrevem esta coinfecção em Salvador e áreas vizinhas, e muito menos investigam como estes vírus circulam ou avaliam a relação entre eles. Para descrever a epidemiologia molecular do HTLV-1 e as características da coinfecção HTLV/HIV-1 em mulheres, nós realizamos um corte transversal envolvendo 107 mulheres infectadas com HIV-1 do centro de referência da DST/HIV/AIDS, localizado na cidade de Feira de Santana. Amostras das pacientes foram testadas por ELISA e a infecção pelo HTLV confirmada usando o WB e PCR. A análise filogenética foi realizada nas seqüências LTR do HTLV para obter mais informações sobre a epidemiologia molecular e a origem deste vírus na Bahia. Quatro das cinco amostras reativas no ELISA foram confirmadas como HTLV-1 no WB e PCR e uma amostra confirmada como HTLV- 2. A soroprevalência da infecção pelo HTLV nestas mulheres foi de 4,7%, menor que o esperado, provavelmente pela baixa prevalência da infecção pelo HTLV esta área ou devido a medidas de controle de DST/AIDS implementadas desde a realização do estudo anterior. A análise filogenética da região LTR das quatro seqüências do HTLV-1 revelou que todos os isolados foram classificados como subgrupo Transcontinental do subtipo Cosmopolita e se agrupam no principal grupo latinoamericano, que possui um ancestral comum com isolados da África do Sul, sugerindo uma introdução pós Colombiana deste vírus na Bahia. A seqüência de HTLV-2 foi classificada como subtipo c, a variante brasileira do subtipo 2a. Também foi observado que quatro mulheres coinfectadas HTLV/HIV-1 apresentavam comportamento de risco, sendo duas por exposição parenteral, enquanto que duas eram profissionais do sexo, demonstrando que esta coinfecção é mais freqüente em grupos de risco. Para determinar a carga proviral em PBMC e células do lavado bucal um PCR em tempo real foi realizado e para analisar variações da região tax-LTR do HTLV-1 em indivíduos infectados uma nested-PCR da região tax-LTR do HTLV-1 em PBMC e células do lavado bucal, seguida por clonagem molecular, seqüenciamento de DNA e a análise computacional foram realizadas. A diferença entre as medianas da carga proviral foi significativa, comparando os indivíduos com provírus detectado em células lavado bucal (n = 8) e os 18 indivíduos sem provírus detectado em células lavado bucal (101278.5 vs 23290.0 cópias por 106 PBMC, p = 0.0245). A análise filogenética, comparando clones de lavado bucal e PBMC, não mostrou nenhum perfil clonal entre os indivíduos com carga proviral detectada em células do lavado bucal e também não mostrou significância estatística no teste de Hudson. A diversidade genética, entre os clones de PBMC e lavado bucal variou de 0,003 a 0,008. O perfil de sítios de modificação pós-traducional no fragmento de tax analisado foi equivalente entre os grupos analisados. Todas as seqüências analisadas foram classificadas como subgrupo transcontinental do subtipo Cosmopolita.HTLV-1/HIV-1 coinfection is associated with severe clinical manifestations, marked immunodeficiency and opportunistic pathogenic infections, as well as risk behavior. Salvador, the capital of the State of Bahia, Brazil, has the highest HTLV-1 prevalence (1.74%) found in Brazil. Few studies exist which describe this coinfection found in Salvador and its surrounding areas, much less investigate how these viruses circulate or assess the relationship between them. HTLV-1 is the etiological agent of ATL, HAM/TSP and inflammatory disturbs, including salivary disorders. Few studies attempts to analyze the HTLV-1 intrahost variations into different corporeal fluids and their impact on HTLV outcome infection. To investigate the prevalence of HTLV/HIV coinfection in surrounding areas, as well as the molecular epidemiology of HTLV, a cross sectional study was carried out involving 107 women infected with HIV-1 from the DST/HIV/AIDS Reference Center located in the neighboring City of Feira de Santana. Patient samples were submitted to ELISA and HTLV infection was confirmed using Western Blot and Polymerase Chain Reaction (PCR). Phylogenetic analysis using Neighbor-Joining (NJ) and Maximum Likelihood (ML) was performed on HTLV LTR sequences in order to gain further insights about molecular epidemiology and the origins of this virus in Bahia. . Another study was performed to determine the proviral load and HTLV-1 tax-LTR intra-host variations from PBMC and mouthwash cells from HTLV-1 infected individuals. To investigate the proviral load a real-time PCR was performed and to analyze the intrahost variations a nested-PCR, followed by molecular cloning, DNA sequencing and computational analysis were performed. Four out of five reactive samples were confirmed to be infected with HTLV-1, and one with HTLV-2. The seroprevalence of HTLV among HIV-1 coinfected women was found to be 4.7%. Phylogenetic analysis of the LTR region from four HTLV-1 sequences showed that all isolates were clustered into the main Latin American group within the Transcontinental subgroup of the Cosmopolitan subtype. The HTLV-2 sequence was classified as the HTLV-2c subtype. It was also observed that four HTLV/HIV-1 coinfected women exhibited risk behavior with two having parenteral exposures, while another two were sex workers. Conclusion: This paper describes the characteristics of coinfected patients. This coinfection is known to be severe and further studies should be conducted to confirm the suggestion that HTLV-1 is spreading from Salvador to surrounding areas. The difference between the proviral load medians was significant, comparing the individuals with provirus detected on mouthwash cells (n = 8) and the 18 individuals without provirus detected on mouthwash cells (101278.5 vs 23290.0 copies per 106 PBMC, p=0.0245). The analysis, comparing mouthwash and PBMC clones, with regard to the HTLV-1 intrahost variation, showed no clonal profile among the individuals with proviral load detected on mouthwash cells, with no statistic significance on Hudson test. The mean diversity within PBMC and mouthwash clones ranged from 0.003 from 0.008. Results of posttranslational modification sites in tax fragment were equivalent between the analyzed groups. All analyzed sequences were classified into the Transcontinental subgroup of Cosmopolitan subtype.Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.porHTLV-1Virus linfotropico de celulas T Humanas 1Carga viralSalivaHTLV-1Human T cell lymphotropic virus 1Viral loadSalivaMutações na região LTR do HTLV e sua implicação na presença do vírus na saliva e origem na Bahiainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis2010Centro de Pesquisas Gonçalo MonizFundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo MonizSalvadorPós-Graduação em Biotecnologia em Saúde e Medicina Investigativainfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZORIGINALFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdfFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdfapplication/pdf2220242https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/4205/1/Filipe%20Rego%20Mutacoers%20na%20regiao%20LTR%20do%20HTLV%20e%20sua%20implicacao%20na%20presneca%20do%20virus%20na%20saliva%20e%20origem%20na%20Bahia.pdf193c9cd75d86dc42a8117a6eacc730aaMD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-81990https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/4205/2/license.txtb6ead4607e393dee1190c21ba08397beMD52TEXTFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdf.txtFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdf.txtExtracted texttext/plain129009https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/4205/5/Filipe%20Rego%20Mutacoers%20na%20regiao%20LTR%20do%20HTLV%20e%20sua%20implicacao%20na%20presneca%20do%20virus%20na%20saliva%20e%20origem%20na%20Bahia.pdf.txt3bb9d0f46b16eae41fa8ea15df872b17MD55THUMBNAILFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdf.jpgFilipe Rego Mutacoers na regiao LTR do HTLV e sua implicacao na presneca do virus na saliva e origem na Bahia.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1552https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/4205/4/Filipe%20Rego%20Mutacoers%20na%20regiao%20LTR%20do%20HTLV%20e%20sua%20implicacao%20na%20presneca%20do%20virus%20na%20saliva%20e%20origem%20na%20Bahia.pdf.jpgde6b2e15d4d2255d070c53bc8f588ea2MD54icict/42052018-11-01 16:32:18.639oai:www.arca.fiocruz.br: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Repositório InstitucionalPUBhttps://www.arca.fiocruz.br/oai/requestrepositorio.arca@fiocruz.bropendoar:21352018-11-01T19:32:18Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA) - Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)false |
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