COVID-19 in Amazonas, Brazil, was driven by the persistence of endemic lineages and P.1 emergence
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| Data de Publicação: | 2021 |
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Nature Medicine, 2021.1078-8956https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/4783410.1038/s41591-021-01378-71546-170XOs pesquisadores fazem parte da Rede Genômica Fiocruz e de instituições parceiras.A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/Aponta as causas do crescimento do número de casos de Covid-19 no Amazonas e das sucessivas substituições de linhagens do Sars-CoV-2. O estudo indicou que esses fatores foram impulsionados por uma combinação de diminuições das medidas de distanciamento social e pelo surgimento de uma forma mais transmissível do vírus, a variante P.1, identificada em meados de novembro de 2020. Essa variante causou um aumento exponencial da doença, o que estabeleceu a segunda onda da epidemia no estado.The northern state of Amazonas is among the regions in Brazil most heavily affected by the COVID-19 epidemic and has experienced two exponentially growing waves, in early and late 2020. Through a genomic epidemiology study based on 250 severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) genomes from different Amazonas municipalities sampled between March 2020 and January 2021, we reveal that the first exponential growth phase was driven mostly by the dissemination of lineage B.1.195, which was gradually replaced by lineage B.1.1.28 between May and June 2020. The second wave coincides with the emergence of the variant of concern (VOC) P.1, which evolved from a local B.1.1.28 clade in late November 2020 and replaced the parental lineage in <2 months. Our findings support the conclusion that successive lineage replacements in Amazonas were driven by a complex combination of variable levels of social distancing measures and the emergence of a more transmissible VOC P.1 virus. These data provide insights to understanding the mechanisms underlying the COVID-19 epidemic waves and the risk of dissemination of SARS-CoV-2 VOC P.1 in Brazil and, potentially, worldwide.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Ecologia de Doenças Transmissíveis na Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Amazônia. Instituto Leônidas e Maria Deane. Laboratório de Diversidade Microbiana da Amazônia com importância para a Saúde. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Fundação de Vigilância em Saúde do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia. Manaus, AM, Brasil.Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Hospital Adventista de Manaus. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Pernambuco. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Pernambuco. Instituto Aggeu Magalhães. Departamento de Entomologia e Núcleo de Bioinformática. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de Vírus Respiratórios e Sarampo. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Centro de Ciências Exatas, Naturais e da Saúde. Departamento de Biologia. Alegre, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Fiocruz Bahia. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Laboratório de AIDS e Imunologia Molecular. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.porNaturehttps://www.nature.com/articles/s41591-021-01378-7#citeasCoronavirus InfectionsCOVID-19AmazonBrazilCOVID-19CoronavírusSARS-CoV-2Variante P.1ContágioAmazonasBrasilRede Genômica FiocruzGENOMAHCOVCOVID-19CoronavirusSARS-CoV-2Endemic lineagesP.1 emergenceAmazonBrazilInfecções por CoronavirusCoronavirusSARS-CoV-2AmazonasBrasilCOVID-19 in Amazonas, Brazil, was driven by the persistence of endemic lineages and P.1 emergenceinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/articleinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)instname:Fundação Oswaldo Cruz (FIOCRUZ)instacron:FIOCRUZLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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