COVID-19 epidemic in the Brazilian state of Amazonas was driven by long-term persistence of endemic SARS-CoV-2 lineages and the recent emergence of the new variant of concern P.1.

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Autor(a) principal: Naveca, Felipe
Data de Publicação: 2021
Outros Autores: Nascimento, Valdinete, Souza, Victor, Corado, André, Nascimento, Fernanda, Silva, George, Costa, Ágatha, Duarte, Débora, Pessoa, Karina, Mejía, Matilde, Brandão, Maria, Jesus, Michele, Gonçalves, Luciana, Costa, Cristiano da, Sampaio, Vanderson, Barros, Daniel, Silva, Marineide, Mattos, Tirza, Pontes, Gemilson, Abdalla, Lígia Fernandes, Santos, João, Arantes, Ighor, Dezordi, Filipe, Siqueira, Marilda, Wallau, Gabriel, Resende, Paola, Delatorre, Edson, Gräff, Tiago, Bello, Gonzalo
Tipo de documento: Artigo
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Institucional da FIOCRUZ (ARCA)
Texto Completo: https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/52437
Resumo: A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/
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Research Square, p. 1-22, 2021.https://www.arca.fiocruz.br/handle/icict/5243710.21203/rs.3.rs-275494/v1A Rede Genômica Fiocruz é formada por especialistas de todas as unidades da Fundação no país e de institutos parceiros que se empenham diariamente em gerar dados mais robustos sobre o comportamento do SARS-Cov-2 e contribuir para um melhor preparo do país no enfrentamento da pandemia em termos de diagnóstico mais precisos e vacinas eficazes. Saiba mais sobre a Rede Genômica Fiocruz em: http://www.genomahcov.fiocruz.br/Dentre as 27 Unidades Federativas brasileiras, o estado do Amazonas foi uma das mais afetadas pela presente pandemia do novo coronavírus, com a ocorrência de uma segunda onda ao final de 2020 na qual um grande número de casos graves levou a um colapso no sistema de saúde. Este pre-print, resultado da análise do genoma completo de 250 amostras do SARS-CoV-2 coletadas no Amazonas entre março de 2020 e janeiro de 2021, descreve a dinâmica de sucessões de linhagens dominantes no estado. Mais recentemente, ele foi publicado na revista Nature Medicine, após editoração e a revisão por pesquisadores independentes. A publicação apresenta dados que embasam as hipóteses de que a linhagem responsável pela maioria dos casos no primeiro momento da pandemia (entre março e maio de 2020) foi a B.1.195, de que esta foi suplantada pela B.1.1.28, que tornou-se a linhagem dominante no estado entre maio e dezembro de 2020, e de que em dezembro o surgimento de uma variante da B.1.1.28, denominada P.1 e dotada de maior transmissibilidade, foi responsável pela nova ascensão no número de casos e mortes. Desta forma, a dinâmica local de surgimento de novas genéticas virais foi uma importante força-motriz para a forma com a qual a pandemia avançou sobre o estado do Amazonas, influenciada diretamente pela circulação da população e sua relação com o espalhamento do vírus, que culminou com a substituição da B.1.1.28 pela variante de preocupação P.1 em um processo que acredita-se ter durado apenas dois meses.The Northern Brazilian state of Amazonas is one of the most heavily affected country regions by the COVID-19 epidemic and experienced two exponential growing waves in early and late 2020. Through a genomic epidemiology study based on 250 SARS-CoV-2 genomes from different Amazonas municipalities sampled between March 2020 and January 2021 we revealed that the first exponential growth phase was driven mostly by the dissemination of lineage B.1.195 which was gradually replaced by lineage B.1.1.28. The second wave coincides with the emergence of the variant of concern (VOC) P.1 which evolved from a local B.1.1.28 clade in late November and rapidly replaced the parental lineage in less than two months. Our findings support that successive lineage replacements in Amazonas were driven by a complex combination of variable levels of social distancing measures and the emergence of a more transmissible VOC P.1 virus. These data provide unique insights to understanding the mechanisms that underlie the COVID-19 epidemic waves and the risk of disseminating SARS-CoV-2 VOC P.1 in Brazil and potentially worldwide.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Leônidas e Maria Deane. 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Manaus, AM, Brasil.Universidade do Estado do Amazonas. Manaus, AM, Brasil.Hospital Adventista de Manaus. Manaus, AM, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Aggeu Magalhães. Recife, PE, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil.Universidade Federal do Espírito Santo. Vitória, ES, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Gonçalo Moniz. Salvador, BA, Brasil.Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. 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