Avaliação de testes estatísticos em dados de Q-PCR.
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2008 |
Outros Autores: | , , |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional da EMBRAPA (Repository Open Access to Scientific Information from EMBRAPA - Alice) |
Texto Completo: | http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/48710 |
Resumo: | A Q-PCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) é uma técnica que permite quantificar de forma precisa, especifica e indireta a quantidade de RNA mensageiro presente em uma determinada amostra. A Q-PCR apresenta vantagens metodológicas para a quantificação do RNA mensageiro quando comparada às técnicas de Northern Blot e Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, facilitando estudos de expressão gênica diferenciada. No entanto, experimentos de Q-PCR freqüentemente apresentam limitações amostrais (6= N =12) e são analisados por testes estatísticos tradicionais (paramétricos) sem a devida verificação da condição de normalidade da variável resposta e de homogeneidade das variâncias dos grupos experimentais, exigidas nesses testes. O presente trabalho avaliou quatro testes estatísticos de comparação de médias e/ou medianas, entre os grupos controle(C) e tratado (T), com objetivo de propor o teste mais adequado para estudar expressão gênica com dados de Q-PCR. O experimento foi realizado na Embrapa Pecuária Sudeste ? São Carlos, Brasil, utilizando 10 bezerros Nelore (Bos indicus), divididos aleatoriamente em dois grupos de cinco animais: grupo tratado (T) infestado artificialmente com carrapatos Rhipicephalus (Boophilus) microplus e grupo controle (C) livre de infestação. Os dados foram submetidos a quatro diferentes testes estatísticos, sendo o primeiro paramétrico (ANOVA com teste t) e os demais não-paramétricos (teste de mediana, boot strap, e Rest.). Quando o gene referência (gene de expressão constitutiva) apresentou pequena variação entre os tratamentos (0,6 = P = 1) os testes estatísticos, com exceção do teste de mediana, apresentaram valores de probabilidade confiáveis e semelhantes. Porém, quando o gene referência apresentou variação entre os tratamentos (P = 0,6) todos os testes apresentaram resultados distintos, e o teste Rest©, não-paramétrico, de comparações das médias e com ajustes para eficiência de amplificação do primer e valores de probabilidade do gene referência, foi o mais adequado para analisar dados de Q-PCR. |
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A Q-PCR (Quantitative Polymerase Chain Reaction) é uma técnica que permite quantificar de forma precisa, especifica e indireta a quantidade de RNA mensageiro presente em uma determinada amostra. A Q-PCR apresenta vantagens metodológicas para a quantificação do RNA mensageiro quando comparada às técnicas de Northern Blot e Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction, facilitando estudos de expressão gênica diferenciada. No entanto, experimentos de Q-PCR freqüentemente apresentam limitações amostrais (6= N =12) e são analisados por testes estatísticos tradicionais (paramétricos) sem a devida verificação da condição de normalidade da variável resposta e de homogeneidade das variâncias dos grupos experimentais, exigidas nesses testes. O presente trabalho avaliou quatro testes estatísticos de comparação de médias e/ou medianas, entre os grupos controle(C) e tratado (T), com objetivo de propor o teste mais adequado para estudar expressão gênica com dados de Q-PCR. O experimento foi realizado na Embrapa Pecuária Sudeste ? São Carlos, Brasil, utilizando 10 bezerros Nelore (Bos indicus), divididos aleatoriamente em dois grupos de cinco animais: grupo tratado (T) infestado artificialmente com carrapatos Rhipicephalus (Boophilus) microplus e grupo controle (C) livre de infestação. Os dados foram submetidos a quatro diferentes testes estatísticos, sendo o primeiro paramétrico (ANOVA com teste t) e os demais não-paramétricos (teste de mediana, boot strap, e Rest.). Quando o gene referência (gene de expressão constitutiva) apresentou pequena variação entre os tratamentos (0,6 = P = 1) os testes estatísticos, com exceção do teste de mediana, apresentaram valores de probabilidade confiáveis e semelhantes. Porém, quando o gene referência apresentou variação entre os tratamentos (P = 0,6) todos os testes apresentaram resultados distintos, e o teste Rest©, não-paramétrico, de comparações das médias e com ajustes para eficiência de amplificação do primer e valores de probabilidade do gene referência, foi o mais adequado para analisar dados de Q-PCR. |
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