Estudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil
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Data de Publicação: | 2019 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá) |
Texto Completo: | https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4152 |
Resumo: | A metodologia metagenômica está em crescente desenvolvimento para a identificação de genomas virais, caracterizando as informações biológicas desses agentes sem necessidade de isolamento e cultivo em laboratório com o auxílio de tecnologias avançadas para a geração e processamento de milhões de leituras. Neste contexto propõe-se investigar a presença de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu, no Estado do Pará-Brasil. Um total de 10 amostras (fígado, vísceras e cérebro) de roedores e marsupiais foram submetidos a extração e purificação de RNA, síntese do DNA complementar (cDNA), sequenciamento através da tecnologia Illumina NextSeq e análise bioinformática. No geral os gêneros virais detectados neste trabalho foram: Ortobunyavirus, Hepacivirus, Gammaretrovirus, Betaretrovirus, Epsilonretrovirus, Alpharetrovirus, Pestivirus, Parapoxivirus, Amdoparvovirus, além de vírus de RNA não classificados em nenhum dos gêneros conhecidos. Este estudo apresentou diversidades de agentes virais, com predominância de gêneros da família Retroviridae e dessas detecções apenas o vírus Caraparu (CARV) membro do gênero Ortobunyavirus representa risco a saúde humana. A análise filogenética para os hepacivírus (Hepacivirus de roedor e Hepacivirus F) detectados neste estudo, apresentaram similaridade com o Rodent Hepacivirus isolado do roedor da espécie Proechimys simispinosus, agrupando-se no mesmo clado. Os domínios da poliproteína apresentaram semelhança com os Hepacivirus nas regiões que codificam proteínas estruturais (Core e Env.), não estruturais (NS2, NS4b, NS5a_1a e NS5a_1b), com uma estrutura da peptidase (S29) responsável pela clivagem das proteínas estruturais e com um domínio que corresponde a família Flaviviriade (Flavi_DEAD). Diante disso, os achados deste estudo podem contribuir para o conhecimento científico sobre as comunidades virais que circulam em pequenos animais (roedores e marsupiais) nas proximidades da cidade de Viseu, mesmo que muitos deles não sejam nocivos para a saúde humana. Com isso, estudos contínuos nesses e em outros mamíferos devem ser realizados para obter informações das espécies virais circulantes e de possíveis novas descobertas de vírus e fontes de infecções zoonóticas, nessa e em outras regiões da Amazônia brasileira. |
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Prestes, Nelielma Garcia de OliveiraSilva, Sandro Patroca daRamos, Rommel Thiago JucaMartins, Lívia CaricioSantos, Flávia Barreto dosCruz, Ana Cecília Ribeiro2020-08-25T11:26:15Z2020-08-25T11:26:15Z2019PRESTES, Nelielma Garcia de Oliveira. Estudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil. 88 f. Dissertação (Mestrado em Virologia) - Instituto Evandro Chagas, Programa de Pós-Graduação em Virologia, Ananindeua, 2019.https://patua.iec.gov.br/handle/iec/4152A metodologia metagenômica está em crescente desenvolvimento para a identificação de genomas virais, caracterizando as informações biológicas desses agentes sem necessidade de isolamento e cultivo em laboratório com o auxílio de tecnologias avançadas para a geração e processamento de milhões de leituras. Neste contexto propõe-se investigar a presença de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu, no Estado do Pará-Brasil. Um total de 10 amostras (fígado, vísceras e cérebro) de roedores e marsupiais foram submetidos a extração e purificação de RNA, síntese do DNA complementar (cDNA), sequenciamento através da tecnologia Illumina NextSeq e análise bioinformática. No geral os gêneros virais detectados neste trabalho foram: Ortobunyavirus, Hepacivirus, Gammaretrovirus, Betaretrovirus, Epsilonretrovirus, Alpharetrovirus, Pestivirus, Parapoxivirus, Amdoparvovirus, além de vírus de RNA não classificados em nenhum dos gêneros conhecidos. Este estudo apresentou diversidades de agentes virais, com predominância de gêneros da família Retroviridae e dessas detecções apenas o vírus Caraparu (CARV) membro do gênero Ortobunyavirus representa risco a saúde humana. A análise filogenética para os hepacivírus (Hepacivirus de roedor e Hepacivirus F) detectados neste estudo, apresentaram similaridade com o Rodent Hepacivirus isolado do roedor da espécie Proechimys simispinosus, agrupando-se no mesmo clado. Os domínios da poliproteína apresentaram semelhança com os Hepacivirus nas regiões que codificam proteínas estruturais (Core e Env.), não estruturais (NS2, NS4b, NS5a_1a e NS5a_1b), com uma estrutura da peptidase (S29) responsável pela clivagem das proteínas estruturais e com um domínio que corresponde a família Flaviviriade (Flavi_DEAD). Diante disso, os achados deste estudo podem contribuir para o conhecimento científico sobre as comunidades virais que circulam em pequenos animais (roedores e marsupiais) nas proximidades da cidade de Viseu, mesmo que muitos deles não sejam nocivos para a saúde humana. Com isso, estudos contínuos nesses e em outros mamíferos devem ser realizados para obter informações das espécies virais circulantes e de possíveis novas descobertas de vírus e fontes de infecções zoonóticas, nessa e em outras regiões da Amazônia brasileira.Ministério da Saúde. Secretaria de Vigilância em Saúde. Instituto Evandro Chagas. Programa de Pós-Graduação em Virologia. Ananindeua, PA, Brasil.porMS/SVS/Instituto Evandro ChagasEstudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasilinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisNúcleo de Ensino e Pós-GraduaçãoInstituto Evandro ChagasMestrado AcadêmicoAnanindeua / PAPrograma de Pós-Graduação em VirologiaMetagenômica / classificaçãoGenoma Viral / genéticaHepacivirus / isolamento & purificaçãoVírus de RNA / isolamento & purificaçãoViseu (PA)info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Digital do Instituto Evandro Chagas (Patuá)instname:Instituto Evandro Chagas (IEC)instacron:IECORIGINALEstudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil.pdfEstudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil.pdfapplication/pdf3978055https://patua.iec.gov.br/bitstreams/629eef65-bc67-4166-95e5-ed21a7193d62/download166663421aa2055d9f1ba331e0764e63MD51LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; 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Estudo metagenômico de arbovírus e outros vírus de RNA de vertebrados em roedores e marsupiais procedentes do município de Viseu no Estado do Pará- Brasil Prestes, Nelielma Garcia de Oliveira Metagenômica / classificação Genoma Viral / genética Hepacivirus / isolamento & purificação Vírus de RNA / isolamento & purificação Viseu (PA) |
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