Análise filogenética de bactérias rizosféricas de duas espécies frutíferas da amazônia central pela construção de biblioteca genômica 16s rrna
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2008 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Institucional do INPA |
Texto Completo: | https://repositorio.inpa.gov.br/handle/1/5233 http://lattes.cnpq.br/6904496432228560 |
Resumo: | Os microrganismos apresentam grande diversidade fenotípicas e genéticas, desempenhando funções únicas e cruciais na manutenção dos mais variados ecossistemas. Devido a essa complexibilidade, métodos convencionais que usam meios de cultura seletivos são limitados, pois apenas uma pequena fração dos microrganismos pode ser cultivada. Técnicas moleculares vêm sendo aplicadas, com sucesso, para maximizar a caracterização de comunidades microbianas. Considerando a escassez de estudos relacionados à diversidade bacteriana dos solos da Amazônia Central, o presente trabalho teve como objetivo estimar e comparar a comunidade bacteriana do solo rizosférico de duas espécies frutíferas de grande importância regional, o cupuaçu (CUP) e o camu-camu (CAM), cultivadas em dois diferentes tipos de solos. Foram realizadas análises físico-químicas dos solos rizosféricos para determinar se há influência na composição das comunidades bacterianas encontradas no solo. O DNA genômico total das quatro amostras de solo rizosférico extraído foi purificado para remoção de ácidos húmicos e outros contaminantes para ser usado como molde em uma reação em cadeia de polimerase (PCR) utilizando “primers” específicos do gene 16S rRNA para o domínio bactéria. Os “amplicons” foram clonados em vetor TOPO TA e 1.536 clones foram selecionados. As seqüências foram comparadas em banco de dados públicos, como “GenBank” e RDP II. Quando analisadas em nível de espécie, a maior parte das seqüências encontram-se na condição de não conhecidas e ou não cultivadas. Ao comparar as seqüências por classes, dezesseis classes foram encontradas, sendo que, a predominância em todas as bibliotecas foi da classe Acidobacteria, correspondendo 41, 40 e 50% da constituição de CAM2, CUP1 e CUP2 respectivamente. O que sugere que o pH dos solos da Amazônia exerce função seletiva nas comunidades bacterianas neles encontradas. |
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Rodrigues, Fabíola da SilvaLeomil, LucianaOliveira, Luiz Antônio de2020-01-20T20:02:47Z2020-01-20T20:02:47Z2008-08-29https://repositorio.inpa.gov.br/handle/1/5233http://lattes.cnpq.br/6904496432228560Os microrganismos apresentam grande diversidade fenotípicas e genéticas, desempenhando funções únicas e cruciais na manutenção dos mais variados ecossistemas. Devido a essa complexibilidade, métodos convencionais que usam meios de cultura seletivos são limitados, pois apenas uma pequena fração dos microrganismos pode ser cultivada. Técnicas moleculares vêm sendo aplicadas, com sucesso, para maximizar a caracterização de comunidades microbianas. Considerando a escassez de estudos relacionados à diversidade bacteriana dos solos da Amazônia Central, o presente trabalho teve como objetivo estimar e comparar a comunidade bacteriana do solo rizosférico de duas espécies frutíferas de grande importância regional, o cupuaçu (CUP) e o camu-camu (CAM), cultivadas em dois diferentes tipos de solos. Foram realizadas análises físico-químicas dos solos rizosféricos para determinar se há influência na composição das comunidades bacterianas encontradas no solo. O DNA genômico total das quatro amostras de solo rizosférico extraído foi purificado para remoção de ácidos húmicos e outros contaminantes para ser usado como molde em uma reação em cadeia de polimerase (PCR) utilizando “primers” específicos do gene 16S rRNA para o domínio bactéria. Os “amplicons” foram clonados em vetor TOPO TA e 1.536 clones foram selecionados. As seqüências foram comparadas em banco de dados públicos, como “GenBank” e RDP II. Quando analisadas em nível de espécie, a maior parte das seqüências encontram-se na condição de não conhecidas e ou não cultivadas. Ao comparar as seqüências por classes, dezesseis classes foram encontradas, sendo que, a predominância em todas as bibliotecas foi da classe Acidobacteria, correspondendo 41, 40 e 50% da constituição de CAM2, CUP1 e CUP2 respectivamente. O que sugere que o pH dos solos da Amazônia exerce função seletiva nas comunidades bacterianas neles encontradas.The microorganisms present great phenotypic and genetic diversity, performing unique and crucial functions in the maintenance of the most varied ecosystem. Due to this complexibility, conventional methods that use means of selective culture are limited, since only a small fraction of the microorganisms can be cultivated. Molecular techniques are being applied, successfully, to maximize the characterization of microbial communities. Considering the scarcity of studies related to the bacterial diversity of soils in central Amazon, the present study had the objective of estimating and comparing the bacterial community in rhizospheric soil of two fruit species of great regional importance, the cupuaçu (CUP) and the camu-camu (CAM), cultivated in two different types of soil. Physical and chemical analyses of the rhizospheric soil were made to determine if there is influence in the composition of the bacterial communities found in the soil. The total genomic DNA of the four extracted rhizospheric soil samples were purified to remove humic acids and other contaminations, in order to use it as a mold in a polymerase chain reaction (PCR) using specific primers of the 16S rRna gene to the bacteria domain. The amplicons were cloned in a vector TOPO TA and 1.536 clones were selected. The sequences were compared in public data banks, such as GenBank and RDP II. When analyzed on the species level, most of the sequences were found to be in the condition of unknown and/or non-cultivated. Comparing the sequences by classes, sixteen classes were found. Given these results, the predominance in all the libraries belonged to the acidbacteria, corresponding to 41, 40 and 50% of the CAM2, CUP1 e CUP 2 constitution, respectively, which suggests that the pH of the Amazon soils exerts selective function in the bacterial communities where it was found.porInstituto Nacional de Pesquisas da Amazônia - INPAAgricultura no Trópico Úmido - ATUAttribution-NonCommercial-NoDerivs 3.0 Brazilhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/3.0/br/info:eu-repo/semantics/openAccessBactérias rizosféricasMicrobiologiaAnálise filogenética de bactérias rizosféricas de duas espécies frutíferas da amazônia central pela construção de biblioteca genômica 16s rrnainfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisreponame:Repositório Institucional do INPAinstname:Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA)instacron:INPATEXTDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdf.txtDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdf.txtExtracted texttext/plain813069https://repositorio.inpa.gov.br/bitstream/1/5233/2/Disserta%c3%a7%c3%a3o_Fab%c3%adola%20da%20Silva%20Rodrigues.pdf.txt33a628e7d0bf83df2b8ff712f5d0f2a2MD52THUMBNAILDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdf.jpgDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg1385https://repositorio.inpa.gov.br/bitstream/1/5233/3/Disserta%c3%a7%c3%a3o_Fab%c3%adola%20da%20Silva%20Rodrigues.pdf.jpg6dd9a09909fc37c2f5399757629ebbf7MD53ORIGINALDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdfDissertação_Fabíola da Silva Rodrigues.pdfapplication/pdf2359886https://repositorio.inpa.gov.br/bitstream/1/5233/1/Disserta%c3%a7%c3%a3o_Fab%c3%adola%20da%20Silva%20Rodrigues.pdf382d3d54f062a32342869c12abef26c7MD511/52332020-03-11 11:43:57.722oai:repositorio:1/5233Repositório de PublicaçõesPUBhttps://repositorio.inpa.gov.br/oai/requestopendoar:2020-03-11T15:43:57Repositório Institucional do INPA - Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA)false |
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