Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Dall'Agnol, Bruno
Data de Publicação: 2015
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS
Texto Completo: http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106
Resumo: Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia.
id P_RS_775d76d278babf5acc0cbcb96f1d4d7b
oai_identifier_str oai:tede2.pucrs.br:tede/7106
network_acronym_str P_RS
network_name_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS
repository_id_str
spelling Ferreira, Carlos Alexandre Sanchez607.363.300-97http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4727049T3Reck Junior, Joséhttp://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4736602T9020.771.380-41Dall'Agnol, Bruno2016-12-23T13:17:24Z2015-03-18http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia.Anaplasma marginale é um patógeno transmitido por vetores que causa uma doença conhecida como anaplasmose. Até o momento, não há genomas sequenciados de cepas brasileiras disponíveis. O objetivo deste trabalho foi comparar genomas completos de cepas brasileiras de A. marginale (Palmeira e Jaboticabal) com genomas de cepas de outras regiões (cepas norte-americanas e australianas). O sequenciamento do genoma foi realizado por sequenciamento de alto rendimento. As reads foram mapeadas utilizando o genoma da cepa Florida de A. marginale como uma sequência de referência. A identificação de polimorfismos de nucleotídeo único (SNPs) e inserções/deleções (INDELs) foi realizada. Os dados mostraram diferenças significativas entre as duas cepas brasileiras, e sua comparação com as cepas norte-americanas (Flórida e St. Maries) revelou mais diferenças de nucleotídeos do que com as cepas australianas (Gypsy Plains e Dawn). Esses resultados lançam luz sobre a história evolutiva de A. marginale e fornecem a primeira informação genômica de isolados da América do Sul. Avaliar sequências dos genomas de cepas de diferentes regiões é essencial para aumentar o conhecimento do pangenoma desta rickettsia.Submitted by Setor de Tratamento da Informação - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-12-23T13:17:24Z No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5)Made available in DSpace on 2016-12-23T13:17:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf: 1004622 bytes, checksum: f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c (MD5) Previous issue date: 2015-03-18application/pdfhttp://tede2.pucrs.br:80/tede2/retrieve/167047/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.jpgporPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do SulPrograma de Pós-Graduação em Biologia Celular e MolecularPUCRSBrasilFaculdade de BiociênciasGENOMABACTÉRIASBIOLOGIA CELULARCIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERALCaracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesis819824693009663736060060060036528317262667714-1634559385931244697info:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RSinstname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)instacron:PUC_RSTHUMBNAILDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.jpgDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.jpgimage/jpeg3283http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/5/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.jpg3f6377645dfaf3fe4fd26c62e907ea72MD55TEXTDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.txtDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.txttext/plain76499http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/4/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.txt6b1b948f3282b51a2ad1ebed4a7a9956MD54LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-8610http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/3/license.txt5a9d6006225b368ef605ba16b4f6d1beMD53ORIGINALDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdfDIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdfapplication/pdf1004622http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/2/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdff24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2cMD52tede/71062016-12-23 12:01:02.666oai:tede2.pucrs.br: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Biblioteca Digital de Teses e Dissertaçõeshttp://tede2.pucrs.br/tede2/PRIhttps://tede2.pucrs.br/oai/requestbiblioteca.central@pucrs.br||opendoar:2016-12-23T14:01:02Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)false
dc.title.por.fl_str_mv Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
title Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
spellingShingle Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
Dall'Agnol, Bruno
GENOMA
BACTÉRIAS
BIOLOGIA CELULAR
CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
title_short Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
title_full Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
title_fullStr Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
title_full_unstemmed Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
title_sort Caracterização genotípica de cepas brasileiras de Anaplasma marginale (Theiler, 1910)
author Dall'Agnol, Bruno
author_facet Dall'Agnol, Bruno
author_role author
dc.contributor.advisor1.fl_str_mv Ferreira, Carlos Alexandre Sanchez
dc.contributor.advisor1ID.fl_str_mv 607.363.300-97
dc.contributor.advisor1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4727049T3
dc.contributor.advisor-co1.fl_str_mv Reck Junior, José
dc.contributor.advisor-co1Lattes.fl_str_mv http://buscatextual.cnpq.br/buscatextual/visualizacv.do?id=K4736602T9
dc.contributor.authorID.fl_str_mv 020.771.380-41
dc.contributor.author.fl_str_mv Dall'Agnol, Bruno
contributor_str_mv Ferreira, Carlos Alexandre Sanchez
Reck Junior, José
dc.subject.por.fl_str_mv GENOMA
BACTÉRIAS
BIOLOGIA CELULAR
topic GENOMA
BACTÉRIAS
BIOLOGIA CELULAR
CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
dc.subject.cnpq.fl_str_mv CIENCIAS BIOLOGICAS::BIOLOGIA GERAL
description Anaplasma marginale is a vector-borne pathogen that causes a disease known as anaplasmosis. To date, there are no sequenced genomes of Brazilian strains available. The aim of this work was to compare whole genomes of Brazilian strains of A. marginale (Palmeira and Jaboticabal) with genomes of strains from other regions (North-American and Australian strains). Genome sequencing was performed by next-generation sequencing. Reads were mapped using the genome of the Florida strain of A. marginale as a reference sequence. Identification of single nucleotide polymorphisms (SNPs) and insertions/deletions (INDELs) was performed. Data showed significant differences between the two Brazilian strains, and their comparison with North-American strains (Florida and St. Maries) revealed more nucleotide differences than with Australian strains (Gypsy Plains and Dawn). These results shed light into the evolutionary history of A. marginale and provide the first genome information of South American isolates. Assessing sequences of the genomes of strains from different regions is essential to increase knowledge of the pan-genome of this rickettsia.
publishDate 2015
dc.date.issued.fl_str_mv 2015-03-18
dc.date.accessioned.fl_str_mv 2016-12-23T13:17:24Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106
url http://tede2.pucrs.br/tede2/handle/tede/7106
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.relation.program.fl_str_mv 8198246930096637360
dc.relation.confidence.fl_str_mv 600
600
600
dc.relation.department.fl_str_mv 36528317262667714
dc.relation.cnpq.fl_str_mv -1634559385931244697
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.publisher.none.fl_str_mv Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
dc.publisher.program.fl_str_mv Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular
dc.publisher.initials.fl_str_mv PUCRS
dc.publisher.country.fl_str_mv Brasil
dc.publisher.department.fl_str_mv Faculdade de Biociências
publisher.none.fl_str_mv Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS
instname:Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)
instacron:PUC_RS
instname_str Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)
instacron_str PUC_RS
institution PUC_RS
reponame_str Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS
collection Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS
bitstream.url.fl_str_mv http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/5/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.jpg
http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/4/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf.txt
http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/3/license.txt
http://tede2.pucrs.br/tede2/bitstream/tede/7106/2/DIS_BRUNO_DALLAGNOL_PARCIAL.pdf
bitstream.checksum.fl_str_mv 3f6377645dfaf3fe4fd26c62e907ea72
6b1b948f3282b51a2ad1ebed4a7a9956
5a9d6006225b368ef605ba16b4f6d1be
f24e6bdb92018aba52853bc890c3dc2c
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RS - Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUCRS)
repository.mail.fl_str_mv biblioteca.central@pucrs.br||
_version_ 1799765323417649152

Registros relacionados