Plataformas “open access” para análise de expressão génica e sobrevida em oncologia : uma análise comparativa

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Ramos, Sofia
Data de Publicação: 2020
Outros Autores: Fernandes, Ana Sofia, Saraiva, Nuno
Tipo de documento: Artigo
Idioma: por
eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10437/12735
Resumo: O desenvolvimento da genómica e transcriptómica e o potencial associado à partilha de dados relacionados com o cancro levaram a uma crescente compreensão da sua biologia e à identificação de novos biomarcadores. A análise da expressão génica do tumor e a taxa de sobrevida do doente associada, permitem explorar o impacto de um determinado gene na sobrevida do doente com cancro. Para isso, é essencial escolher plataformas simples de usar, onde seja fácil analisar, comparar e recolher informações para um determinado conjunto de genes de interesse. O objetivo deste artigo é comparar o conteúdo e utilidade de cinco plataformas on-line de acesso aberto para expressão de genes tumorais e análise da sobrevida de doentes a partir de conjuntos de dados do TCGA - cBioPortal, UCSC Xena, GEPIA, UALCAN e ONCOLNC. Exploramos as plataformas acima mencionadas do ponto de vista de um utilizador médio, avaliando a sua aplicabilidade no estudo de diferenças na expressão génica em tecidos tumorais vs tecidos normais, ou de acordo com o estádio do cancro, e o impacto desse padrão de expressão na sobrevida do doente. Embora todas as cinco plataformas sejam muito intuitivas e o acesso aos dados seja fácil, elas variam nas informações disponibilizadas, na visualização dos resultados e nos testes estatísticos realizados. Logo, a escolha de uma plataforma deve ter em consideração os objetivos do estudo. Para alguns propósitos, pode ser necessária uma combinação de plataformas. Palavras-chave: Bases de dados do TCGA; plataformas de open access; expressão génica tumoral; sobrevida do doente
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