Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Farias, Guilherme Borlido de Carvalho
Data de Publicação: 2021
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10316/98773
Resumo: Dissertação de Mestrado em Investigação Biomédica apresentada à Faculdade de Medicina
id RCAP_38c9b05f089df69d02129ad3fc6060c0
oai_identifier_str oai:estudogeral.uc.pt:10316/98773
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysisFenotipagem de monócitos e células dendríticas nas infeções por SARS-CoV-2 e VIH: Análises manuais e automatizadas de citometria de fluxoMonócitosCélulas dendríticasVIHSARS-CoV-2Citometria de fluxoMonocytesDendritic cellsHIVSARS-CoV-2Flow cytometryDissertação de Mestrado em Investigação Biomédica apresentada à Faculdade de MedicinaMonócitos e células dendríticas (CDs) coordenam a reposta inflamatória e ativam o ramo adaptativo do sistema imune, sendo fundamentais na resposta a infeções virais. Este trabalho utiliza abordagens automatizadas e manuais na análise de dados de citometria defluxo para caracterizar o fenótipo dos monócitos e CDs em doentes infetados pelo Vírus da Imunodeficiência Humana (VIH) e Síndrome Respiratória Aguda Grave Coronavírus 2(SARS−CoV−2).SARS−CoV−2 causa doença do coronavírus 2019 (COVID-19), que em casos graves leva a uma forte resposta inflamatória. Doentes com COVID-19 grave requerem internamento nos cuidados intensivos. A gestão de recursos de saúde associada a estes é um dos problemas principais desta pandemia. O primeiro objetivo deste estudo foi caracterizar o fenótipo de monócito e CDs durante a recuperação de COVID-19 grave. Ao fazê-lo revelámos que a recuperação de COVID-19 foi associada a um fenótipo imuno-modulatório acompanhado pela manutenção de níveis elevados de citocinas regulatórias. Outro foco foi o estádio inicial da infeção por VIH-1, que causa uma infeção vitalícia com crescente desregulação do sistema imune. Estes estádios inicias são difíceis de estudar, uma vez que a maioria dos doentes são assintomáticos durante as mesmas. No entanto, estes eventos são determinísticos na progressão da doença. Sendo assim, aproveitamos a oportunidade para estudar o fenótipo destas células numa doente no estádio agudo da infeção por VIH e compará-la a uma coorte de doentes com infeção de SARS-CoV-2 aguda. Este estudo revelou que a perda dos monócitos não clássicos Slan+ era comum a ambas as infeções. Por fim, expandimos o painel de citometria de fluxo, tirando proveito da tecnologia de citometria de fluxo espectral, e testando-o em dois doentes crónicos infetados VIH−2 em tratamento, um vírus com uma doença atenuada comparado a VIH-1. Este novo painel permitiu a caracterização de monócitos e CDs circulantes com análises automatizadas e manuais.Monocytes and dendritic cells (DCs) are crucial in the response to viral infections, starting and coordinating the inflammatory response and also activating the adaptive immune system components, subsequently having a determinant role in disease outcome. This work utilizes unsupervised and supervised approaches for flow cytometry data analysis, characterizing circulating monocyte and DC phenotype in patients infected by Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and Human Immunodeficiency Virus(HIV).SARS-CoV-2 infection, the etiological agent of Coronavirus Disease 2019 (COVID-19),can lead to rampant inflammatory response. Cytokine storm in COVID-19 worsens clinical symptoms. Patients developing severe disease have high case-fatality and require admission to intensive care units and respiratory support. Therefore, severe COVID-19 patients became the bottleneck for the management of the pandemic. Firstly, the aim of the present study was to profile circulating monocytes and DCs in the recovery of patients surviving severeCOVID−19. We revealed that the cell phenotype at discharge was characterized by increased immunomodulatory marker expression and accompanied by persistently high levels of immune regulatory cytokines. Another focus was acute HIV-1 infection. HIV-1 causes a chronic inflammation, progressively dysregulating the immune system responses. Early infection events are thought to be determinant for disease progression. However, data on these stages are scarce for the lack of clinical manifestations, causing difficulties in early detection. We studied the phenotype of circulating monocytes and DCs in an acute HIV-1 patient in comparison to a cohort of SARSCoV-2 infected patients. In this new analysis, we revealed that Slan+ non-classical monocyte depletion was shared by both acute infections. Finally, the flow-cytometry panel was expanded, taking advantage of a state-of-the-art spectral flow cytometer, testing it on two chronic HIV-2 patients. HIV-2 displays an attenuated disease without treatment compared to HIV-1. The new panel allowed to assess the phenotype of circulating monocytes and dendritic cells.Outro - Fundação para a Ciência e Tecnologia (FCT), “APOIO ESPECIAL RESEARCH 4COVID-19”; Projecto:"COVID-19 prognosis: innate immune determinants​" ID:6137889592021-12-22info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesishttp://hdl.handle.net/10316/98773http://hdl.handle.net/10316/98773TID:202931900engFarias, Guilherme Borlido de Carvalhoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2022-02-09T21:44:24Zoai:estudogeral.uc.pt:10316/98773Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:16:31.331602Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
Fenotipagem de monócitos e células dendríticas nas infeções por SARS-CoV-2 e VIH: Análises manuais e automatizadas de citometria de fluxo
title Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
spellingShingle Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
Farias, Guilherme Borlido de Carvalho
Monócitos
Células dendríticas
VIH
SARS-CoV-2
Citometria de fluxo
Monocytes
Dendritic cells
HIV
SARS-CoV-2
Flow cytometry
title_short Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
title_full Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
title_fullStr Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
title_full_unstemmed Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
title_sort Phenotyping circulating monocytes and dendritic cells in SARS-CoV-2 and HIV infections: Unsupervised and supervised approaches to flow cytometry data analysis
author Farias, Guilherme Borlido de Carvalho
author_facet Farias, Guilherme Borlido de Carvalho
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Farias, Guilherme Borlido de Carvalho
dc.subject.por.fl_str_mv Monócitos
Células dendríticas
VIH
SARS-CoV-2
Citometria de fluxo
Monocytes
Dendritic cells
HIV
SARS-CoV-2
Flow cytometry
topic Monócitos
Células dendríticas
VIH
SARS-CoV-2
Citometria de fluxo
Monocytes
Dendritic cells
HIV
SARS-CoV-2
Flow cytometry
description Dissertação de Mestrado em Investigação Biomédica apresentada à Faculdade de Medicina
publishDate 2021
dc.date.none.fl_str_mv 2021-12-22
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10316/98773
http://hdl.handle.net/10316/98773
TID:202931900
url http://hdl.handle.net/10316/98773
identifier_str_mv TID:202931900
dc.language.iso.fl_str_mv eng
language eng
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799134061543817216

Registros relacionados