Interatómica da cavidade oral : Oralint v2.0

• Autor(a) principal: Lopes, Sara Filipa Nunes
• Data de Publicação: 2015
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: por
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.14/19598
• topic: Interatómica; Interação proteína-proteína; Biofilme oral; OralInt; Cytoscape; Interatomic; Protein-protein interaction; Oral biofilm; Domínio/Área Científica::Ciências Médicas::Ciências da Saúde

Introdução: As proteínas são moléculas essenciais ao funcionamento do organismo, apresentam inúmeras funções e estão envolvidas na regulação da maioria dos processos celulares. A interação proteína-proteína é um dos mecanismos utilizado na cavidade oral para a relação microrganismo-hospedeiro. Apesar da reconhecida importância dos microrganismos, o conhecimento específico das interações estabelecidas entre estes e o Homem é atualmente um tópico relevante de investigação, que visa compreender do ponto de vista molecular a colonização do corpo humano pelos microrganismos. Muitos resultados da proteómica têm sido publicados sobre proteínas microbianas e proteínas do hospedeiro, hoje é preciso pensar em formas de analisar e interligar os conhecimentos produzidos pelo trabalho laboratorial de forma rápida e eficaz. Com este propósito surgiram métodos computacionais para a previsão da interação proteínaproteína. A análise e interpretação crítica dos dados gerados pelas ciências Ómicas para novas propostas de interação com significado biológico só é possível com os métodos computacionais através de ferramentas bioinformáticas. Objetivos: Analisar e discutir os resultados obtidos pelo OralInt v2.0 à luz dos conhecimentos biológicos. Gerar informação que possibilite melhorar o desempenho do OralInt v2.0. Materiais e métodos: Dos resultados obtidos do OralInt v2.0 foram selecionadas as 200000 interações com maior nível de confiança, que foram analisadas através de diversas ferramentas informáticas. Resultados e Discussão: O OralInt v2.0 analisou 21086 proteínas das quais obteve um elevado número de previsão de interações. Com as 200000 interações apresentando um score entre 1 e 0,925 foi construído o interactoma da cavidade oral, em que constam apenas 10768 proteínas. No entanto 47% das interações são estabelecidas entre proteínas do hospedeiro e proteínas microbianas. Este resultado melhora o desempenho do OralInt v2.0 do que o registado na versão anterior (12%). A análise topológica da rede do interactoma da cavidade oral apresenta uma distribuição de interações compatíveis com outras redes de PPIs estudadas, em que a maioria das proteínas (74%) apresentam um número de previsão de interação baixo ([1-25]). O OralInt v2.0 prevê algumas interações interessantes para Porphyromonas gingivalis e para Streptococcus mutans dois microrganismos importantes na cavidade oral. Conclusão: Este trabalho mostra que a atual versão do OralInt v2.0 já consegue uma previsão próxima do que se pensa ser o ambiente oral (há mais interações microbioma/hospedeiro previstas). No entanto são, necessários ajustes adicionais ao mesmo para que possam figurar interações entre proteínas já descritas na literatura. É ainda necessário olhar para os parâmetros analisados pelo OralInt v2.0 para que os parâmetros biológicos das proteínas tenham um maior peso nas previsões obtidas.