RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval
Autor(a) principal: | |
---|---|
Data de Publicação: | 2012 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | https://repositorio.cespu.pt/handle/20.500.11816/201 http://hdl.handle.net/20.500.11816/201 |
Resumo: | O Intervalo post mortem (PMI) representa o período de tempo decorrido entre a morte e a altura em que o cadáver é encontrado. A determinação precisa do PMI é uma das informações mais importantes na altura da autópsia, sendo crucial para a investigação criminal, civil e forense. Apesar da variadíssima literatura acerca deste assunto, a determinação precisa do PMI ainda apresenta muitas dificuldades, mesmo para patologistas experientes. Atualmente, existem múltiplas técnicas para determinar o PMI que englobam métodos de várias áreas das ciências forenses. Os patologistas forenses avaliam normalmente processos físicos (temperatura corporal, livor mortis), físico-químicos (rigor mortis), bioquímicos (concentração de eletrólitos, atividade enzimática), microbiológicos (decomposição) e entomológicos. No entanto, todos estes métodos são imprecisos no cálculo do PMI, dando-nos na melhor das hipóteses uma estimativa, que só deverá ser aceite após a consideração de todos os fatores que possam influenciar os resultados. Idealmente, para determinar de forma precisa o PMI, será necessário um parâmetro que altere constantemente, o qual se possa correlacionar com o tempo da morte. A degradação post mortem dos ácidos nucleicos parece ter esta característica. Com os avanços da biologia molecular, a análise da degradação ao longo do tempo dos ácidos nucleicos (DNA e RNA) tem desempenhado um papel fundamental na medicina, assim como nas ciências forenses. Neste contexto, o potencial do RNA nas ciências forenses tem sido estudado com vários objetivos, como a identificação de fluidos corporais, a determinação do tempo das amostras biológicas através da análise da degradação do RNA e a determinação do PMI. A estimativa do PMI, baseada somente na degradação do mRNA, pode ser limitada por vários fatores físicos e químicos que ocorrem no momento na morte ou durante o PMI. Por outro lado, o perfil do microRNA (miRNA) oferece grandes vantagens quando comparado com o mRNA. Estas pequenas sequências de RNA não codificante têm demostrado uma maior estabilidade e são muito mais sensíveis e específicas do que todos os métodos usados em ciências forenses para a quantificação de mRNA. Contudo, o seu potencial na estimativa do PMI é, até agora, desconhecido. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a degradação do RNA e do miRNA em diferentes matrizes biológicas, assim como desenvolver um modelo matemático que possa ser usado como método auxiliar para uma determinação mais x precisa do PMI. Foi proposta uma avaliação combinada da degradação do mRNA e do miRNA, o que poderá trazer grandes vantagens em relação aos métodos atuais, uma vez que não existe um método fiável e preciso para estimar o PMI. Foi realizada uma cinética de 11 horas, com um “checkpoint” a cada hora para análise do RNA total extraído do coração, musculo esquelético, fígado e pâncreas de um modelo murino. O perfil de degradação do RNA total foi avaliado no RNA electrophoresis (ExperionTM Bio-Rad), através do indicador da qualidade do RNA (RQI). A transcrição de vários genes referência (Tropomiosina, Albumina, Beta-Actina, GAPDH, 18S rRNA, HPRT, Ciclofilina, BHMT, MLCK, SRP72, Cyp2E1 e RPS29) foi analisada através de PCR quantitativo em tempo real e expressa pelos valores de threshold cycle (Ct). Para diminuir possíveis erros, todos os resultados foram normalizados relativamente aos valores de Ct do gene RPS29. A análise quantitativa da transcrição nestes órgãos permitiu a identificação de genes que se correlacionam com o PMI de forma específica em cada órgão. Exceto a Tropomiosina e a Cyp2E1, todos os genes demonstraram uma degradação gradual com o tempo no músculo-esquelético, enquanto no coração não foi encontrada qualquer correlação significativa. Além disso, a Albumina, o GAPDH e a Cyp2E1 foram identificados no fígado como tendo a melhor correlação (p<0,0001). Contrariamente, todos os miRNA estudados permaneceram inalterados durante o PMI, o que confirma a sua alta estabilidade. A relação destes genes estáveis (miRNA) com os degradáveis (mRNA) será usada para o desenvolvimento de um modelo matemático com valor preditivo na determinação do PMI. Este estudo poderá fornecer um novo paradigma na estimativa do PMI e tornarse num método complementar aos tradicionais. O modelo matemático será, posteriormente, aplicado em amostras recolhidas a partir de cadáveres intatos de ratinho, sendo mais tarde testado e validado em amostras humanas post mortem. |
id |
RCAP_450f3ec21d03f08c329eba6fe0df54ff |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repositorio.cespu.pt:20.500.11816/201 |
network_acronym_str |
RCAP |
network_name_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository_id_str |
7160 |
spelling |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem intervalIntervalo post mortemPMImRNAPCR quantitativo em tempo realqPCRreal-time quantitative polymerase chain reactionO Intervalo post mortem (PMI) representa o período de tempo decorrido entre a morte e a altura em que o cadáver é encontrado. A determinação precisa do PMI é uma das informações mais importantes na altura da autópsia, sendo crucial para a investigação criminal, civil e forense. Apesar da variadíssima literatura acerca deste assunto, a determinação precisa do PMI ainda apresenta muitas dificuldades, mesmo para patologistas experientes. Atualmente, existem múltiplas técnicas para determinar o PMI que englobam métodos de várias áreas das ciências forenses. Os patologistas forenses avaliam normalmente processos físicos (temperatura corporal, livor mortis), físico-químicos (rigor mortis), bioquímicos (concentração de eletrólitos, atividade enzimática), microbiológicos (decomposição) e entomológicos. No entanto, todos estes métodos são imprecisos no cálculo do PMI, dando-nos na melhor das hipóteses uma estimativa, que só deverá ser aceite após a consideração de todos os fatores que possam influenciar os resultados. Idealmente, para determinar de forma precisa o PMI, será necessário um parâmetro que altere constantemente, o qual se possa correlacionar com o tempo da morte. A degradação post mortem dos ácidos nucleicos parece ter esta característica. Com os avanços da biologia molecular, a análise da degradação ao longo do tempo dos ácidos nucleicos (DNA e RNA) tem desempenhado um papel fundamental na medicina, assim como nas ciências forenses. Neste contexto, o potencial do RNA nas ciências forenses tem sido estudado com vários objetivos, como a identificação de fluidos corporais, a determinação do tempo das amostras biológicas através da análise da degradação do RNA e a determinação do PMI. A estimativa do PMI, baseada somente na degradação do mRNA, pode ser limitada por vários fatores físicos e químicos que ocorrem no momento na morte ou durante o PMI. Por outro lado, o perfil do microRNA (miRNA) oferece grandes vantagens quando comparado com o mRNA. Estas pequenas sequências de RNA não codificante têm demostrado uma maior estabilidade e são muito mais sensíveis e específicas do que todos os métodos usados em ciências forenses para a quantificação de mRNA. Contudo, o seu potencial na estimativa do PMI é, até agora, desconhecido. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a degradação do RNA e do miRNA em diferentes matrizes biológicas, assim como desenvolver um modelo matemático que possa ser usado como método auxiliar para uma determinação mais x precisa do PMI. Foi proposta uma avaliação combinada da degradação do mRNA e do miRNA, o que poderá trazer grandes vantagens em relação aos métodos atuais, uma vez que não existe um método fiável e preciso para estimar o PMI. Foi realizada uma cinética de 11 horas, com um “checkpoint” a cada hora para análise do RNA total extraído do coração, musculo esquelético, fígado e pâncreas de um modelo murino. O perfil de degradação do RNA total foi avaliado no RNA electrophoresis (ExperionTM Bio-Rad), através do indicador da qualidade do RNA (RQI). A transcrição de vários genes referência (Tropomiosina, Albumina, Beta-Actina, GAPDH, 18S rRNA, HPRT, Ciclofilina, BHMT, MLCK, SRP72, Cyp2E1 e RPS29) foi analisada através de PCR quantitativo em tempo real e expressa pelos valores de threshold cycle (Ct). Para diminuir possíveis erros, todos os resultados foram normalizados relativamente aos valores de Ct do gene RPS29. A análise quantitativa da transcrição nestes órgãos permitiu a identificação de genes que se correlacionam com o PMI de forma específica em cada órgão. Exceto a Tropomiosina e a Cyp2E1, todos os genes demonstraram uma degradação gradual com o tempo no músculo-esquelético, enquanto no coração não foi encontrada qualquer correlação significativa. Além disso, a Albumina, o GAPDH e a Cyp2E1 foram identificados no fígado como tendo a melhor correlação (p<0,0001). Contrariamente, todos os miRNA estudados permaneceram inalterados durante o PMI, o que confirma a sua alta estabilidade. A relação destes genes estáveis (miRNA) com os degradáveis (mRNA) será usada para o desenvolvimento de um modelo matemático com valor preditivo na determinação do PMI. Este estudo poderá fornecer um novo paradigma na estimativa do PMI e tornarse num método complementar aos tradicionais. O modelo matemático será, posteriormente, aplicado em amostras recolhidas a partir de cadáveres intatos de ratinho, sendo mais tarde testado e validado em amostras humanas post mortem.2012-06-12T09:45:22Z2012-01-01T00:00:00Z2012info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttps://repositorio.cespu.pt/handle/20.500.11816/201http://hdl.handle.net/20.500.11816/201porSilva, Fernanda Patrícia Sampaioinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-05-31T13:58:13Zoai:repositorio.cespu.pt:20.500.11816/201Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T17:56:53.931522Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
dc.title.none.fl_str_mv |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
title |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
spellingShingle |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval Silva, Fernanda Patrícia Sampaio Intervalo post mortem PMI mRNA PCR quantitativo em tempo real qPCR real-time quantitative polymerase chain reaction |
title_short |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
title_full |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
title_fullStr |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
title_full_unstemmed |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
title_sort |
RNA and microRNA profiling for the determination of post mortem interval |
author |
Silva, Fernanda Patrícia Sampaio |
author_facet |
Silva, Fernanda Patrícia Sampaio |
author_role |
author |
dc.contributor.author.fl_str_mv |
Silva, Fernanda Patrícia Sampaio |
dc.subject.por.fl_str_mv |
Intervalo post mortem PMI mRNA PCR quantitativo em tempo real qPCR real-time quantitative polymerase chain reaction |
topic |
Intervalo post mortem PMI mRNA PCR quantitativo em tempo real qPCR real-time quantitative polymerase chain reaction |
description |
O Intervalo post mortem (PMI) representa o período de tempo decorrido entre a morte e a altura em que o cadáver é encontrado. A determinação precisa do PMI é uma das informações mais importantes na altura da autópsia, sendo crucial para a investigação criminal, civil e forense. Apesar da variadíssima literatura acerca deste assunto, a determinação precisa do PMI ainda apresenta muitas dificuldades, mesmo para patologistas experientes. Atualmente, existem múltiplas técnicas para determinar o PMI que englobam métodos de várias áreas das ciências forenses. Os patologistas forenses avaliam normalmente processos físicos (temperatura corporal, livor mortis), físico-químicos (rigor mortis), bioquímicos (concentração de eletrólitos, atividade enzimática), microbiológicos (decomposição) e entomológicos. No entanto, todos estes métodos são imprecisos no cálculo do PMI, dando-nos na melhor das hipóteses uma estimativa, que só deverá ser aceite após a consideração de todos os fatores que possam influenciar os resultados. Idealmente, para determinar de forma precisa o PMI, será necessário um parâmetro que altere constantemente, o qual se possa correlacionar com o tempo da morte. A degradação post mortem dos ácidos nucleicos parece ter esta característica. Com os avanços da biologia molecular, a análise da degradação ao longo do tempo dos ácidos nucleicos (DNA e RNA) tem desempenhado um papel fundamental na medicina, assim como nas ciências forenses. Neste contexto, o potencial do RNA nas ciências forenses tem sido estudado com vários objetivos, como a identificação de fluidos corporais, a determinação do tempo das amostras biológicas através da análise da degradação do RNA e a determinação do PMI. A estimativa do PMI, baseada somente na degradação do mRNA, pode ser limitada por vários fatores físicos e químicos que ocorrem no momento na morte ou durante o PMI. Por outro lado, o perfil do microRNA (miRNA) oferece grandes vantagens quando comparado com o mRNA. Estas pequenas sequências de RNA não codificante têm demostrado uma maior estabilidade e são muito mais sensíveis e específicas do que todos os métodos usados em ciências forenses para a quantificação de mRNA. Contudo, o seu potencial na estimativa do PMI é, até agora, desconhecido. Este trabalho teve como objetivo caracterizar a degradação do RNA e do miRNA em diferentes matrizes biológicas, assim como desenvolver um modelo matemático que possa ser usado como método auxiliar para uma determinação mais x precisa do PMI. Foi proposta uma avaliação combinada da degradação do mRNA e do miRNA, o que poderá trazer grandes vantagens em relação aos métodos atuais, uma vez que não existe um método fiável e preciso para estimar o PMI. Foi realizada uma cinética de 11 horas, com um “checkpoint” a cada hora para análise do RNA total extraído do coração, musculo esquelético, fígado e pâncreas de um modelo murino. O perfil de degradação do RNA total foi avaliado no RNA electrophoresis (ExperionTM Bio-Rad), através do indicador da qualidade do RNA (RQI). A transcrição de vários genes referência (Tropomiosina, Albumina, Beta-Actina, GAPDH, 18S rRNA, HPRT, Ciclofilina, BHMT, MLCK, SRP72, Cyp2E1 e RPS29) foi analisada através de PCR quantitativo em tempo real e expressa pelos valores de threshold cycle (Ct). Para diminuir possíveis erros, todos os resultados foram normalizados relativamente aos valores de Ct do gene RPS29. A análise quantitativa da transcrição nestes órgãos permitiu a identificação de genes que se correlacionam com o PMI de forma específica em cada órgão. Exceto a Tropomiosina e a Cyp2E1, todos os genes demonstraram uma degradação gradual com o tempo no músculo-esquelético, enquanto no coração não foi encontrada qualquer correlação significativa. Além disso, a Albumina, o GAPDH e a Cyp2E1 foram identificados no fígado como tendo a melhor correlação (p<0,0001). Contrariamente, todos os miRNA estudados permaneceram inalterados durante o PMI, o que confirma a sua alta estabilidade. A relação destes genes estáveis (miRNA) com os degradáveis (mRNA) será usada para o desenvolvimento de um modelo matemático com valor preditivo na determinação do PMI. Este estudo poderá fornecer um novo paradigma na estimativa do PMI e tornarse num método complementar aos tradicionais. O modelo matemático será, posteriormente, aplicado em amostras recolhidas a partir de cadáveres intatos de ratinho, sendo mais tarde testado e validado em amostras humanas post mortem. |
publishDate |
2012 |
dc.date.none.fl_str_mv |
2012-06-12T09:45:22Z 2012-01-01T00:00:00Z 2012 |
dc.type.status.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/publishedVersion |
dc.type.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/masterThesis |
format |
masterThesis |
status_str |
publishedVersion |
dc.identifier.uri.fl_str_mv |
https://repositorio.cespu.pt/handle/20.500.11816/201 http://hdl.handle.net/20.500.11816/201 |
url |
https://repositorio.cespu.pt/handle/20.500.11816/201 http://hdl.handle.net/20.500.11816/201 |
dc.language.iso.fl_str_mv |
por |
language |
por |
dc.rights.driver.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.none.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.source.none.fl_str_mv |
reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação instacron:RCAAP |
instname_str |
Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
instacron_str |
RCAAP |
institution |
RCAAP |
reponame_str |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
collection |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
repository.name.fl_str_mv |
Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação |
repository.mail.fl_str_mv |
|
_version_ |
1799131643196211200 |