The role of chromatin on RNA polymerase II transcription termination

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Martins, Ana Filipa Batalha, 1988-
Data de Publicação: 2012
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/8301
Resumo: Tese de mestrado. Biologia (Biologia Molecular e Genética). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2012
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spelling The role of chromatin on RNA polymerase II transcription terminationBiologia molecularCromatinaRNA polimerase IITeses de mestrado - 2012Tese de mestrado. Biologia (Biologia Molecular e Genética). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2012Tem-se tornado cada vez mais evidente que a transcrição no ambiente da cromatina é um processo extremamente complexo e finamente regulado. É agora claro que a maquinaria transcricional eucariótica está adaptada para explorar a presença de nucleossomas de variadíssimas e sofisticadas maneiras. Após activação, os genes sofrem drásticas mudanças na estrutura da cromatina. Isto é possível devido a um sistema de montagem da cromatina dependente da transcrição que integra a acção coordenada de numerosos factores proteicos capazes de modificar as propriedades da cromatina. Estes factores vão cooperar ou competir de forma a alterar o estado da cromatina entre permissivo e não permissivo, levando à activação ou repressão da transcrição. O trabalho apresentado nesta tese focou-se na terminação da transcrição. O objectivo foi investigar de que forma está a cromatina implicada na fase final da transcrição. Assim, levantou-se a hipótese que características específicas da cromatina são observadas nas regiões do DNA onde a RNA polimerase II se dissocia do DNA molde. Para testar esta hipótese, foram utilizadas técnicas bioquímicas, como por exemplo, imunoprecipitação de cromatina e digestão com nucleases. Os resultados revelaram um comportamento dinâmico da RNA polimerase II dependente da transcrição em regiões downstream do limite 3´ dos genes. Além disto, os resultados sugerem que os nucleossomas localizados nesta região são desmontados ineficientemente pelos complexos transcricionais da RNA polimerase II. De facto, experiências adicionais demonstraram que regiões a jusante do local de poliadenilação, onde a terminação ocorre, exibem reduzido recrutamento de chaperones de histonas. Finalmente, foi possível confirmar um enriquecimento de modificações específicas de histonas nas regiões 3’ que flanqueiam os genes. Em conjunto, os resultados aqui apresentados permitem sugerir um modelo pelo qual o estado da cromatina a jusante do local de poliadenilação facilita os eventos moleculares que levam à terminação da transcrição.It has become increasingly evident that transcription in a chromatin environment is an extremely complex and finely tuned process. It is now clear that the eukaryotic transcriptional machinery is adapted to exploit the presence of nucleosomes in a variety of sophisticated ways. Nucleosomes are now seen as a crucial component of this process, rather than a simple passive barrier. Upon activation, genes undergo severe changes in chromatin structure. This is achieved through a transcription-dependent chromatin assembly system that involves the orchestrated action of numerous protein factors capable of modifying chromatin properties. These proteins will cooperate or compete to change the chromatin state between permissive and non-permissive, leading to activation or repression of transcription. Herein we focused on transcription termination. We aimed at investigating whether chromatin is a determinant of the final stage of transcription. In this sense, we hypothesized that specific chromatin features are observed at the DNA regions where RNA Polymerase II dissociates from the transcribed template. To test this hypothesis, we used a biochemical approach, which includes techniques such as chromatin immunoprecipitation and nuclease digestion assays. Our results reveal a transcription-dependent dynamic behavior of RNA Polymerase II molecules in regions downstream the 3’ boundary of genes. Our data further suggest that the nucleosomes occupying this region are inefficiently disassembled by the RNA polymerase II transcription complexes. Notably, the regions downstream the poly(A) site, where termination takes place, exhibited reduced recruitment of histone chaperones. Finally, we were able to confirm the presence of histone modifications enriched at the 3’ flanking region of genes. Altogether, these data allow us to envisage a model by which the chromatin landscape downstream the poly(A) site facilitates the molecular events that drive transcription termination.Almeida, Sérgio Fernandes deDuarte, JúlioRepositório da Universidade de LisboaMartins, Ana Filipa Batalha, 1988-2013-04-15T16:27:51Z20122012-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/8301enginfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T15:52:06Zoai:repositorio.ul.pt:10451/8301Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:32:53.460112Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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