Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Lopes, Ana Filipa Polido
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10773/28010
Resumo: As florestas possuem um alto valor patrimonial do ponto de vista ambiental e económico. Como tal, é de extrema importância a sua preservação e o constante estudo das espécies florestais e de toda a sua envolvência. Uma das ameaças a estas espécies são as doenças causadas por fungos, provocando lesões no hospedeiro, desde a podridão de frutos até à morte. O presente estudo pretende contribuir para um melhor conhecimento destes agentes patogénicos, caracterizando isolados de fungos encontrados nas espécies florestais Eucalyptus globulus, Pinus pinaster e Quercus suber em Portugal. Neste estudo foi efetuada uma caracterização de um conjunto de isolados obtidos dos hospedeiros eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, sintomáticos e assintomáticos, distribuídos por diversas zonas do país. Inicialmente foi realizada uma tipagem por MSP-PCR, de forma a avaliar a diversidade genética presente na coleção de isolados. Após a obtenção dos perfis por MSP-PCR, foi criado um dendrograma de forma a facilitar o agrupamento dos isolados de acordo com a similaridade dos seus perfis. Deste modo, foram selecionados 18 isolados representativos de cada grupo para proceder à sua identificação inicial pela sequenciação da região ITS (Internal Transcribed Spacer) pertencente ao cluster ribossomal (rDNA). Pela análise das sequências da região ITS foi possível identificar 7 géneros de fungos diferentes, sendo eles Diaporthe, Harknessia, Discula, Arcopilus, Epicoccum, Neofusicoccum e Gnomoniopsis. Devido à escassez de estudos do género fúngico Diaporthe, relativo a espécies florestais em Portugal, os isolados a ele pertencentes foram submetidos a uma análise multi-locus usando as sequências dos genes que codificam para o fator de alongamento da transcrição 1-alfa (tef1-α), β-tubulina (tub2), histona (his3) e calmodulina (cal). De entre os isolados foram identificadas as espécies D. rudis, D. foeniculina e D. malorum. A análise filogenética multi-locus sugeriu a existência de três potenciais novas espécies. Como tal, procedeu-se à realização de testes de crescimento a diferentes temperaturas e à sua caracterização morfológica, assim como à respetiva descrição taxonómica detalhada. Desta forma, o presente estudo representa a primeira comprovação da presença de fungos do género Diaporthe em eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, em Portugal. A sua importância, enquanto agentes patogénicos destas espécies de interesse florestal, necessita ser esclarecida em estudos futuros.
id RCAP_7e90e5f373f4d3f2100cf8314d728c45
oai_identifier_str oai:ria.ua.pt:10773/28010
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestaisEucalyptus globulusEucaliptoPinus pinasterPinheiro-bravoQuercus suberSobreiroFungosDiaportheIdentificaçãoTaxonomiaAs florestas possuem um alto valor patrimonial do ponto de vista ambiental e económico. Como tal, é de extrema importância a sua preservação e o constante estudo das espécies florestais e de toda a sua envolvência. Uma das ameaças a estas espécies são as doenças causadas por fungos, provocando lesões no hospedeiro, desde a podridão de frutos até à morte. O presente estudo pretende contribuir para um melhor conhecimento destes agentes patogénicos, caracterizando isolados de fungos encontrados nas espécies florestais Eucalyptus globulus, Pinus pinaster e Quercus suber em Portugal. Neste estudo foi efetuada uma caracterização de um conjunto de isolados obtidos dos hospedeiros eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, sintomáticos e assintomáticos, distribuídos por diversas zonas do país. Inicialmente foi realizada uma tipagem por MSP-PCR, de forma a avaliar a diversidade genética presente na coleção de isolados. Após a obtenção dos perfis por MSP-PCR, foi criado um dendrograma de forma a facilitar o agrupamento dos isolados de acordo com a similaridade dos seus perfis. Deste modo, foram selecionados 18 isolados representativos de cada grupo para proceder à sua identificação inicial pela sequenciação da região ITS (Internal Transcribed Spacer) pertencente ao cluster ribossomal (rDNA). Pela análise das sequências da região ITS foi possível identificar 7 géneros de fungos diferentes, sendo eles Diaporthe, Harknessia, Discula, Arcopilus, Epicoccum, Neofusicoccum e Gnomoniopsis. Devido à escassez de estudos do género fúngico Diaporthe, relativo a espécies florestais em Portugal, os isolados a ele pertencentes foram submetidos a uma análise multi-locus usando as sequências dos genes que codificam para o fator de alongamento da transcrição 1-alfa (tef1-α), β-tubulina (tub2), histona (his3) e calmodulina (cal). De entre os isolados foram identificadas as espécies D. rudis, D. foeniculina e D. malorum. A análise filogenética multi-locus sugeriu a existência de três potenciais novas espécies. Como tal, procedeu-se à realização de testes de crescimento a diferentes temperaturas e à sua caracterização morfológica, assim como à respetiva descrição taxonómica detalhada. Desta forma, o presente estudo representa a primeira comprovação da presença de fungos do género Diaporthe em eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, em Portugal. A sua importância, enquanto agentes patogénicos destas espécies de interesse florestal, necessita ser esclarecida em estudos futuros.Forests are very valuable resources from the environmental as well as the economical point of view. Hence, their preservation, study of forest species and overall environment is of utmost importance. One of the threats to those species are disturbances caused by fungi, that cause injuries in the host that can ultimately result in damages in fruits and consequently death. The present study aims to contribute to better knowledge of the pathogenic agents by characterizing fungal isolates found in the following forest species from Portugal: Eucalyptus globulus, Pinus pinaster and Quercus suber. In this study it was made a characterization of a group of isolates obtained from Eucalyptus globulus, Pinus pinaster e Quercus suber, symptomatic and asymptomatic, with a wide distribution across the country. Initially, a MSP-PCR typing approach was applied to evaluate the genetic diversity present in the collected isolates. The MSP-PCR profiles obtained were used to generate dendrograms to group isolates with similar profiles. From the dendrograms, 18 representative isolates were selected to undergo initial identification by sequencing the ITS (Internal Transcribed Spacer) region from the ribosomal cluster (rDNA). The ITS analysis resulted in the identification of 7 different genera: Diaporthe, Harknessia, Discula, Arcopilus, Epicoccum, Neofusicoccum and Gnomoniopsis. Diaporthe was the most abundant genus present in the isolates and due to the scarcity of studies regarding this fungal genus in forest species in Portugal, the respective isolates were submitted to a multi-locus analysis using the following genes: translation elongation factor 1-alpha (tef1-α), β-tubulin (tub2), histone (his3) e calmodulin (cal). The species D. rudis, D. foeniculina and D. malorum were identified from among the isolates. The multi-locus phylogenetic analysis suggested the existence of three potential new species. As such, growth tests at different temperatures and morphologic characterizations were performed on the potential new species as well as the respective detailed taxonomic description. The present study represents the first prove of the presence of fungi belonging to the genus Diaporthe in eucalyptus, maritime pine and cork oak in Portugal. Their importance as pathogenic agents in forest species needs to be further enlightened in future studies.2021-12-12T00:00:00Z2019-12-02T00:00:00Z2019-12-02info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10773/28010porLopes, Ana Filipa Polidoinfo:eu-repo/semantics/embargoedAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-02-22T11:54:13Zoai:ria.ua.pt:10773/28010Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T03:00:40.208399Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
title Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
spellingShingle Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
Lopes, Ana Filipa Polido
Eucalyptus globulus
Eucalipto
Pinus pinaster
Pinheiro-bravo
Quercus suber
Sobreiro
Fungos
Diaporthe
Identificação
Taxonomia
title_short Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
title_full Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
title_fullStr Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
title_full_unstemmed Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
title_sort Caracterização de isolados de Diaporthe em espécies florestais
author Lopes, Ana Filipa Polido
author_facet Lopes, Ana Filipa Polido
author_role author
dc.contributor.author.fl_str_mv Lopes, Ana Filipa Polido
dc.subject.por.fl_str_mv Eucalyptus globulus
Eucalipto
Pinus pinaster
Pinheiro-bravo
Quercus suber
Sobreiro
Fungos
Diaporthe
Identificação
Taxonomia
topic Eucalyptus globulus
Eucalipto
Pinus pinaster
Pinheiro-bravo
Quercus suber
Sobreiro
Fungos
Diaporthe
Identificação
Taxonomia
description As florestas possuem um alto valor patrimonial do ponto de vista ambiental e económico. Como tal, é de extrema importância a sua preservação e o constante estudo das espécies florestais e de toda a sua envolvência. Uma das ameaças a estas espécies são as doenças causadas por fungos, provocando lesões no hospedeiro, desde a podridão de frutos até à morte. O presente estudo pretende contribuir para um melhor conhecimento destes agentes patogénicos, caracterizando isolados de fungos encontrados nas espécies florestais Eucalyptus globulus, Pinus pinaster e Quercus suber em Portugal. Neste estudo foi efetuada uma caracterização de um conjunto de isolados obtidos dos hospedeiros eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, sintomáticos e assintomáticos, distribuídos por diversas zonas do país. Inicialmente foi realizada uma tipagem por MSP-PCR, de forma a avaliar a diversidade genética presente na coleção de isolados. Após a obtenção dos perfis por MSP-PCR, foi criado um dendrograma de forma a facilitar o agrupamento dos isolados de acordo com a similaridade dos seus perfis. Deste modo, foram selecionados 18 isolados representativos de cada grupo para proceder à sua identificação inicial pela sequenciação da região ITS (Internal Transcribed Spacer) pertencente ao cluster ribossomal (rDNA). Pela análise das sequências da região ITS foi possível identificar 7 géneros de fungos diferentes, sendo eles Diaporthe, Harknessia, Discula, Arcopilus, Epicoccum, Neofusicoccum e Gnomoniopsis. Devido à escassez de estudos do género fúngico Diaporthe, relativo a espécies florestais em Portugal, os isolados a ele pertencentes foram submetidos a uma análise multi-locus usando as sequências dos genes que codificam para o fator de alongamento da transcrição 1-alfa (tef1-α), β-tubulina (tub2), histona (his3) e calmodulina (cal). De entre os isolados foram identificadas as espécies D. rudis, D. foeniculina e D. malorum. A análise filogenética multi-locus sugeriu a existência de três potenciais novas espécies. Como tal, procedeu-se à realização de testes de crescimento a diferentes temperaturas e à sua caracterização morfológica, assim como à respetiva descrição taxonómica detalhada. Desta forma, o presente estudo representa a primeira comprovação da presença de fungos do género Diaporthe em eucalipto, pinheiro-bravo e sobreiro, em Portugal. A sua importância, enquanto agentes patogénicos destas espécies de interesse florestal, necessita ser esclarecida em estudos futuros.
publishDate 2019
dc.date.none.fl_str_mv 2019-12-02T00:00:00Z
2019-12-02
2021-12-12T00:00:00Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10773/28010
url http://hdl.handle.net/10773/28010
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/embargoedAccess
eu_rights_str_mv embargoedAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799137662090608640