Bioinformatic pipeline specification language and sharing system

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Dantas, Bruno Miguel das Neves
Data de Publicação: 2019
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: eng
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10400.21/15274
Resumo: Projecto final para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores.
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spelling Bioinformatic pipeline specification language and sharing systemNGSPipesFluxo de trabalhoPartilhaLinguagem especifica de domínioSistema de fluxo de trabalho científicoNGSPipesWorkflowSharingDomain specific languageScientific workflow systemProjecto final para obtenção do Grau de Mestre em Engenharia Informática e de Computadores.O projeto Infraestrutura de suporte à execução de fluxos de trabalho para a bioinfor matica, daqui em diante designado NGSPipes, é uma ferramenta para criação e execução de fluxos de execução de processamento e análise em serie de dados NGS(Next Generations Sequencing). O projeto NGSPipes[24] foi desenvolvido no âmbito da tese final de curso da Licenciatura em Engenharia Informática e de Computadores no Instituto Superior de Engenharia de Lisboa. O projeto NGS Pipes tem como principal objetivo, auxiliar a comunidade científica na criação e execução de pipelines de cariz biológica sem a necessidade de conhecimentos de programação. O projeto Linguagens e modelos de partilha para fluxos de trabalho de ferramentas bioinformaticas, é uma extensão do projeto NGSPipes. Este projeto tem como principal objetivo estender o NGSPipes adicionando funcionalidades essenciais para o desenvolvimento e partilha de pipelines. Para realizar esta extensão, o sistema NGSPipes foi comparado com outros sistemas de modo a definir um conjunto de características essenciais ao desenvolvimentos de pipelines. Após esta comparação, definimos uma nova linguagem de especificação mantendo as vantagens da versão anterior do NGSPipes e adicionando primitivas de paralelismo e definição de argumentos. Para permitir a cooperação entre membros da comunidade, foi desenvolvida uma plataforma para que os utilizadores possam partilhar as suas ferramentas e pipelines.The project Infrastructure to support the execution of workflows for bioinformatics, from now on referred to as NGSPipes, is a platform for creation and execution of pipelines of NGS(Next Generations Sequencing) data. NGSPipes project[24] was developed within final thesis of Computer Science degree at Instituto Superior de Engenharia de Lisboa. The main goal of NGSPipes is to help scientific community to develop and execute biological pipelines without the need for programming knowledge. The project Bioinformatic pipeline specification language and sharing system, is an extension of NGSPipes project. The main goal of this project is to extend NGSPipes by adding essential features for the development and sharing of pipelines. To achieve this extension, we compared NGSPipes against other systems and defined a set of essential features to develop pipelines. After this comparison we defined a new language specification keeping the advantages of previous NGSPipes version and adding parallelism and argument definition primitives. To enable cooperation between community members, it was developed a platform to allow users to share tools and pipelines.Vaz, Cátia Raquel JesusSimão, José Manuel de Campos Lages GarciaRCIPLDantas, Bruno Miguel das Neves2023-01-09T11:31:36Z2019-082019-08-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10400.21/15274TID:203154002engDANTAS, Bruno Miguel da Neves - Bioinformatic pipeline specification language and sharing system. Lisboa: Instituto Superior de Engenharia de Lisboa, 2019. Dissertação de Mestradoinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-08-03T10:12:37Zoai:repositorio.ipl.pt:10400.21/15274Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T20:22:58.477238Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
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