Copy number variation detection in next generation sequencing data

• Autor(a) principal: Caloba, Maria de Lurdes Gonçalves
• Data de Publicação: 2020
• Tipo de documento: Dissertação
• Idioma: eng
• Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
• Texto Completo: http://hdl.handle.net/10348/10751
• topic: Variação-Número-Cópias; Sequenciação-Nova-Geração

As variações genéticas no genoma humano podem ser desde grandes anomalias cromossómicas (aneuploidias segmentais), variações de um único nucleótido (SNVs) a pequenas inserções ou deleções (indels). Ganhos ou uma perdas do número de cópias vão corresponder, respectivamente, a duplicações ou deleções estruturais genómicas. Estes ganhos e perdas de cópias de genes são uma fonte comum de variação genética que têm sido implicados em muitas doenças genómicas. Os objetivos deste trabalho são a validação da deteção de CNVs com dados de NGS, o calculo da percentagem de diagnóstico com esta deteção tanto em amostras para paineis oncológicos como em WES, determinação de parâmetros de qualidade e respectivo limiar de deteção. A validação da análise de CNVs com o programa VarSeq consistiu na junção de casos positivos (com deleções ou duplicações) e negativos confirmados por outro método, na sua análise para calcular a especificidade, sensibilidade, exatidão e valores preditivos positivo e negativo. Depois da validação do software obteve-se a percentagem de diagnóstico. Foram incluidos neste estudo 902 pacientes para análise oncológica e o diagnóstico obtido foi de 2.54% para CNVs. Para as amostras de exoma foram utilizadas um total de 540 amostras cuja análise resultou num diagnóstco para CNVs de 8.15%. Foi possível detetar CNVs com uma sensibilidade de 99.15%, especificidade de 98.85% e exatidão de 98.90% para paineis oncológicos; para WES foi obtida uma sensibilidade de 87.50%, especificificidade de 99.30% e exatidão de 97.84%. CNVs podem ser detetados com exatidão e com uma taxa de diagnóstico entre 3−8% o que é relevante para a gestão clínica e para o aconselhamento genético tanto para os pacientes como para os seus familiares. Este estudo evidencia o potencial da sequenciação de nova geração como método para deteção de CNVs robusto e com uma boa relação custo-benefício, tanto para painéis oncológicos como para exomas.