Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli

Detalhes bibliográficos
Autor(a) principal: Alves, Pedro Luís de Almeida, 1988-
Data de Publicação: 2011
Tipo de documento: Dissertação
Idioma: por
Título da fonte: Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
Texto Completo: http://hdl.handle.net/10451/6502
Resumo: Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011
id RCAP_c04e242481b8544a9e69162ff08fb096
oai_identifier_str oai:repositorio.ul.pt:10451/6502
network_acronym_str RCAP
network_name_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository_id_str 7160
spelling Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coliClonagemSistema enzimáticoBactériasExpressão génicaBiologia molecularTeses de mestrado - 2011Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011Os sistemas de restrição e modificação (RM) são sistemas enzimáticos não vitais, de complexidade variável, ubiquitários em Bacteria e Archaea. Actualmente considera-se que existam quatro grandes tipos e vários subtipos. Alguns dos géneros que pertencem à ordem Campylobacterales, nomeadamente Helicobacter e Campylobacter, têm uma característica pouco frequente, a presença de um elevado número de sistemas RM putativos no seu genoma. Analisaram-se os trinta e um genomas completamente sequenciados pertencentes à espécie H. pylori e os nove genomas completamente sequenciados pertencentes à espécie C. jejuni, anotados na REBASE (restriction enzyme database), e verificou-se que os sistemas RM não se encontram distribuídos ao acaso pelo genoma, localizando-se em loci bem definidos. A análise focou-se nos sistemas RM do tipo IIG e tendo as estirpes H. pylori 26695 e C. jejuni RM1221 como modelo, encontraram-se quatro loci em cada uma delas. Foram desenhados primers para os oito loci e usadas dezassete estirpes de H. pylori e cento e sessenta e nove estirpes de Campylobacter para verificar se essa observação era comum entre as diferentes estirpes. Obteve-se amplificação em todos os loci testados mas observaram-se grandes diferenças entre eles, após digestão com HindIII. Pôde também observar-se que nalguns dos loci testados não se obteve amplificação. Todos os produtos de PCR cujo perfil foi diferente, quer de estirpes de H. pylori, quer de estirpes de Campylobacter, foram clonados em pUC19 e transformados em Escherichia coli DH10B, mas apenas sete dos produtos de Campylobacter codificaram para uma enzima de restrição activa. É possível que em H. pylori a maioria destes genes putativos esteja inactivo, não só porque nos genomas sequenciados existem várias ORF com frameshifts, mas também porque podem ter ocorrido movimentos de sequências de DNA entre domínios situados em posições diferentes, no interior de um gene. No futuro, a sequenciação dos clones obtidos poderá permitir perceber se essa é de facto a razão para a falta de actividade observada.Restriction and modification (RM) systems are non-vital enzymatic systems of diverse complexity, which are ubiquitary among Bacteria and Archaea. Currently the RM systems are classified into four major types and several subtypes. Some of the genus which belong to order Campylobacterales, mainly Helicobacter and Campylobacter, have a remarkable characteristic, the presence of a large number of putative RM systems in their genomes. The thirty one complete sequenced H. pylori genomes were analysed as well as the nine complete sequenced C. jejuni genomes annotated in REBASE (restriction enzyme database) and it was found that the RM systems are not randomly distributed over the genome, but instead are located at specific loci. The analysis was directed to type IIG RM systems and having H. pylori 26695 and C. jejuni RM1221 as models, four loci in each of them were found. Primers for the eight loci were designed and seventeen H. pylori strains and a hundred and sixty nine Campylobacter strains were used to test if this observation was common. PCR products were obtained in all loci but large differences between them were observed after digestion with HindIII. It was also realised that some of the loci were empty. All of the different PCR products from H. pylori strains and Campylobacter strains were cloned in pUC19 and transformed in Escherichia coli DH10B, but only seven from Campylobacter showed restriction activity. In H. pylori it is possible that most of these type IIG genes are “turn off” in the majority of the strains tested, not only because in the sequenced genomes there are several ORF with frameshifts, but also because movements of sequences between domains in different positions within a protein coding gene might have occurred . We will sequence some of our clones to see if that is the reason for the lack of activity.Vítor, Jorge Manuel Barreto, 1958-Santos, Mário de Almeida, 1955-Repositório da Universidade de LisboaAlves, Pedro Luís de Almeida, 1988-2012-06-11T15:27:34Z20112011-01-01T00:00:00Zinfo:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10451/6502porinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2023-11-08T15:49:01Zoai:repositorio.ul.pt:10451/6502Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-19T21:31:35.685327Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse
dc.title.none.fl_str_mv Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
title Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
spellingShingle Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
Alves, Pedro Luís de Almeida, 1988-
Clonagem
Sistema enzimático
Bactérias
Expressão génica
Biologia molecular
Teses de mestrado - 2011
title_short Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
title_full Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
title_fullStr Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
title_full_unstemmed Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
title_sort Clonagem e caracterização de sistemas de restrição e modificação do tipo IIG de Epsilonproteobacteria em Escherichia coli
author Alves, Pedro Luís de Almeida, 1988-
author_facet Alves, Pedro Luís de Almeida, 1988-
author_role author
dc.contributor.none.fl_str_mv Vítor, Jorge Manuel Barreto, 1958-
Santos, Mário de Almeida, 1955-
Repositório da Universidade de Lisboa
dc.contributor.author.fl_str_mv Alves, Pedro Luís de Almeida, 1988-
dc.subject.por.fl_str_mv Clonagem
Sistema enzimático
Bactérias
Expressão génica
Biologia molecular
Teses de mestrado - 2011
topic Clonagem
Sistema enzimático
Bactérias
Expressão génica
Biologia molecular
Teses de mestrado - 2011
description Tese de mestrado. Biologia (Microbiologia Aplicada). Universidade de Lisboa, Faculdade de Ciências, 2011
publishDate 2011
dc.date.none.fl_str_mv 2011
2011-01-01T00:00:00Z
2012-06-11T15:27:34Z
dc.type.status.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/publishedVersion
dc.type.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/masterThesis
format masterThesis
status_str publishedVersion
dc.identifier.uri.fl_str_mv http://hdl.handle.net/10451/6502
url http://hdl.handle.net/10451/6502
dc.language.iso.fl_str_mv por
language por
dc.rights.driver.fl_str_mv info:eu-repo/semantics/openAccess
eu_rights_str_mv openAccess
dc.format.none.fl_str_mv application/pdf
dc.source.none.fl_str_mv reponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron:RCAAP
instname_str Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
instacron_str RCAAP
institution RCAAP
reponame_str Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
collection Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)
repository.name.fl_str_mv Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informação
repository.mail.fl_str_mv
_version_ 1799134206166564864

Registros relacionados