Caracterização de cultivares portuguesas de Castanea sativa Mill.: uma análise proteómica
Autor(a) principal: | |
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Data de Publicação: | 2017 |
Tipo de documento: | Dissertação |
Idioma: | por |
Título da fonte: | Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) |
Texto Completo: | http://hdl.handle.net/10348/7959 |
Resumo: | O castanheiro europeu (Castanea sativa Mill.) é uma espécie agro-florestal com elevada importância económica para as regiões Norte e Centro de Portugal. Durante muitos séculos, constituiu a base alimentar das populações rurais, devido à sua boa adaptação às condições edafoclimáticas, até ao aparecimento do milho e da batata. As cultivares portuguesas de castanha possuem qualidades reconhecidas no mercado internacional e dada a sua importância, torna-se cada vez mais necessário programas que monitorizem a sua biodiversidade tendo em vista a preservação do património genético nacional. A caracterização das proteínas de reserva da castanha é uma importante ferramenta na avaliação da sua variabilidade genética. Neste sentido, propusemos avaliar a aplicabilidade das proteínas de reserva da castanha como marcadores de diversidade genética em Castanea sativa Mill.. Foi realizada electroforese monodimensional (SDS-PAGE) de 21 cultivares portuguesas para definir os seus perfis proteicos, que se revelaram altamente polimórficos para as albuminas e globulinas, tendo sido identificadas 20 e 25 bandas, respectivamente. Este trabalho demonstrou níveis elevados de diversidade inter-varietal e intra-varietal, com valores de similaridade genética a variar entre 0,55 e 0,95. Através de uma análise ao conteúdo de proteína bruta na semente da castanha, pudemos apurar um valor médio de 7,7g por 100g de matéria seca, para as cultivares em estudo. Também através de uma análise dos aminoácidos pudemos verificar que o aminoácido predominante é o ácido aspártico. Numa fase posterior do trabalho, foi realizada electroforese bidimensional (2-DE), que permitiu a separação dos péptidos, primeiro pelo seu pI e posteriormente de acordo com sua massa molecular relativa por meio de SDS-PAGE, de modo a obter um proteoma completo das cultivares ‘Judia’ e ‘Rebolão’. Posteriormente através de uma análise por espectrometria de massa, ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-TOF-MS), e bioinformática, foi possível identificar as sequências de proteína presentes e inferir da sua função biológica. Através dos géis 2-DE foi possível detectar 81 spots para a cultivar ‘Judia’ e 174 para a cultivar ‘Rebolão’. A maioria das proteínas identificadas foram relacionadas com funções biológicas, como armazenamento de substratos nutritivos, tolerância ao stress térmico, fixação de carbono, metabolismo de hidratos de carbono, catabolismo da quitina e associados a actividade antifúngica. Concluiu-se desta forma, que a análise de proteínas de reserva é uma ferramenta útil, fornecendo informação complementar para explicar a diversidade genética e adaptativa dentro de diferentes cultivares e a espectrometria de massa revelou-se crucial na identificação de algumas proteínas presentes na castanha podendo inferir-se acerca das suas funções. |
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Caracterização de cultivares portuguesas de Castanea sativa Mill.: uma análise proteómicaProteínas de reservaEletroforese em gel bidimensional (2-DE)Eletroforese em gel poliacrilamida (SDS-PAGE)Espectrometria de massas por ionização e dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-TOF-MS)ProteómicaBiologia molecularCastanea sativaO castanheiro europeu (Castanea sativa Mill.) é uma espécie agro-florestal com elevada importância económica para as regiões Norte e Centro de Portugal. Durante muitos séculos, constituiu a base alimentar das populações rurais, devido à sua boa adaptação às condições edafoclimáticas, até ao aparecimento do milho e da batata. As cultivares portuguesas de castanha possuem qualidades reconhecidas no mercado internacional e dada a sua importância, torna-se cada vez mais necessário programas que monitorizem a sua biodiversidade tendo em vista a preservação do património genético nacional. A caracterização das proteínas de reserva da castanha é uma importante ferramenta na avaliação da sua variabilidade genética. Neste sentido, propusemos avaliar a aplicabilidade das proteínas de reserva da castanha como marcadores de diversidade genética em Castanea sativa Mill.. Foi realizada electroforese monodimensional (SDS-PAGE) de 21 cultivares portuguesas para definir os seus perfis proteicos, que se revelaram altamente polimórficos para as albuminas e globulinas, tendo sido identificadas 20 e 25 bandas, respectivamente. Este trabalho demonstrou níveis elevados de diversidade inter-varietal e intra-varietal, com valores de similaridade genética a variar entre 0,55 e 0,95. Através de uma análise ao conteúdo de proteína bruta na semente da castanha, pudemos apurar um valor médio de 7,7g por 100g de matéria seca, para as cultivares em estudo. Também através de uma análise dos aminoácidos pudemos verificar que o aminoácido predominante é o ácido aspártico. Numa fase posterior do trabalho, foi realizada electroforese bidimensional (2-DE), que permitiu a separação dos péptidos, primeiro pelo seu pI e posteriormente de acordo com sua massa molecular relativa por meio de SDS-PAGE, de modo a obter um proteoma completo das cultivares ‘Judia’ e ‘Rebolão’. Posteriormente através de uma análise por espectrometria de massa, ionização/dessorção a laser assistida por matriz (MALDI-TOF-MS), e bioinformática, foi possível identificar as sequências de proteína presentes e inferir da sua função biológica. Através dos géis 2-DE foi possível detectar 81 spots para a cultivar ‘Judia’ e 174 para a cultivar ‘Rebolão’. A maioria das proteínas identificadas foram relacionadas com funções biológicas, como armazenamento de substratos nutritivos, tolerância ao stress térmico, fixação de carbono, metabolismo de hidratos de carbono, catabolismo da quitina e associados a actividade antifúngica. Concluiu-se desta forma, que a análise de proteínas de reserva é uma ferramenta útil, fornecendo informação complementar para explicar a diversidade genética e adaptativa dentro de diferentes cultivares e a espectrometria de massa revelou-se crucial na identificação de algumas proteínas presentes na castanha podendo inferir-se acerca das suas funções.The European chestnut (Castanea sativa Mill.) is an agro-forestry specie with great economic importance for Central and Northern regions of Portugal. For many centuries chestnuts provided the staple food in rural populations, because of their good adaptation to soil-climatic conditions, until the appearance of maize and potato. Portuguese cultivars present several characteristics recognized in the international market, thus it is important to create programs that are capable of monitor its biodiversity considering also the preservation of the national genetic heritage. Storage proteins characterization in chestnut is an important tool in the evaluation of genetic variability. In this sense, we proposed to evaluate the applicability of storage protein of chestnut as markers of genetic diversity in Castanea sativa Mill. It was performed one-dimensional electrophoresis (SDS-PAGE) of 21 Portuguese cultivars to define their protein profiles, which revealed to be highly polymorphic for albumins and globulins, with 20 and 25 polymorphic respectively. This study demonstrated high levels of inter-varietal and intra-varietal diversity, with genetic similarity values ranging from 0.55 to 0.95. Through an analysis of crude protein content in the nut, we can calculate an average value of 7.7 g per 100 g of raw chestnuts. Also using an amino acid analysis it can be seen that the predominant amino acid is aspartic acid. At the second stage, it was performed two-dimensional gel electrophoresis (2-DE) enabling the separation of protein, firstly by their pI and then further separated by molecular weight through SDS-PAGE, in order to obtain the complete proteome of the cultivar Judia and ‘Rebolão’. Subsequent analysis by matrix-assisted laser desorption/ionization mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) and bioinformatics it was possible to identify protein sequences present in chestnut and infer their function. Overall, 71 reproducible protein spots were detected by two-dimensional electrophoresis on ‘Judia’ and 171 protein spots were detected on ‘Rebolão’. The majority of the proteins identified were related to nutrient reservoir activity, chitin catabolic process, carbohydrate metabolic process, fixation of carbon, heat stress tolerance and antifungal activity. The storage proteins analysis in castanea sativa is a useful tool by providing additional information to explain the genetic and adaptive diversity within different cultivars and mass spectrometry proved crucial for the identification of some proteins present in chestnuts.2017-08-21T11:10:04Z2017-01-01T00:00:00Z2017info:eu-repo/semantics/publishedVersioninfo:eu-repo/semantics/masterThesisapplication/pdfhttp://hdl.handle.net/10348/7959TID:202034470porFreitas, Michael Gasparinfo:eu-repo/semantics/openAccessreponame:Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos)instname:Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãoinstacron:RCAAP2024-02-02T12:55:35Zoai:repositorio.utad.pt:10348/7959Portal AgregadorONGhttps://www.rcaap.pt/oai/openaireopendoar:71602024-03-20T02:06:09.465926Repositório Científico de Acesso Aberto de Portugal (Repositórios Cientìficos) - Agência para a Sociedade do Conhecimento (UMIC) - FCT - Sociedade da Informaçãofalse |
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